高、低產(chǎn)蛋量京海黃雞卵巢組織轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析.pdf

1、京海黃雞是以中國(guó)地方黃雞資源為育種素材，經(jīng)過(guò)十多年精細(xì)化常規(guī)育種與分子標(biāo)記輔助育種相結(jié)合，培育而成的我國(guó)首個(gè)通過(guò)國(guó)家畜禽遺傳資源委員會(huì)審定的肉雞新品種。本研究以300日齡高產(chǎn)和低產(chǎn)蛋量京海黃雞為研究對(duì)象，屠宰后立即取其卵巢組織，提取總RNA，構(gòu)建cDNA文庫(kù)后利用Illumina HiSeq2500平臺(tái)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行生物信息學(xué)分析，發(fā)掘新基因;對(duì)已知基因進(jìn)行結(jié)構(gòu)延伸;運(yùn)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)對(duì)隨機(jī)篩選出的12差異基因的

2、表達(dá)量進(jìn)行驗(yàn)證。通過(guò)基因表達(dá)量差異分析，篩選與繁殖性狀相關(guān)差異表達(dá)基因，并對(duì)其進(jìn)行功能注釋以及通路分析;主要研究結(jié)果如下:
　　(1)利用HiSeq2500進(jìn)行高通量測(cè)序，測(cè)序讀長(zhǎng)為雙端125bp。共得到484992074條有效數(shù)據(jù)(Clean Reads)，總計(jì)61.09 Gb。篩選出1445264個(gè)SNP位點(diǎn)。8個(gè)樣品中平均新預(yù)測(cè)的可變剪接12883個(gè)，并對(duì)7481個(gè)基因進(jìn)行了結(jié)構(gòu)完善。與所選的參考基因組序列對(duì)比，共發(fā)掘443

3、1個(gè)新基因。通過(guò)與各數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行序列對(duì)比，1809個(gè)新基因得到功能注釋，其中1795(99.2％)個(gè)新基因與數(shù)據(jù)庫(kù)中匹配到的序列具有顯著的相似性。新基因GO分析顯示，89個(gè)新基因參與繁殖相關(guān)生物學(xué)過(guò)程，占總數(shù)的2.0％。KEGG分析顯示，新基因參與最多的五個(gè)通路分別為內(nèi)吞(Endocytosis)、絲裂原活化蛋白激酶信號(hào)通路(MAPK signaling pathway)、泛素介導(dǎo)蛋白降解(Ubiquitin mediated prote

4、olysis)、RNA轉(zhuǎn)運(yùn)(RNA transport)以及肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)控(Regulation of actin cytoskeleton)。
　　(2)高產(chǎn)組與低產(chǎn)組相對(duì)比，共篩選出86個(gè)差異表達(dá)基因，其中45個(gè)為新基因。高產(chǎn)組相對(duì)于低產(chǎn)組共有48個(gè)上調(diào)基因，38個(gè)下調(diào)基因。GO分析結(jié)果顯示，在生物學(xué)過(guò)程中，18個(gè)基因與繁殖條目相關(guān)，包括5個(gè)已知基因，分別為透明帶糖蛋白2基因(Zonapellucida glycopro

5、tein2，ZP2)、多巴胺β-羥化酶基因（Dopamine beta-hydroxylase，DBH）、囊性纖維化跨膜傳導(dǎo)調(diào)節(jié)蛋白基因(Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator，CFTR)、中心體蛋白57kDa-like1基因(Centrosomal protein57kDa-like1，CEP57L1)和染色體排列維持磷蛋白基因(Chromosome alignment

6、maintaining phosphoprotein1，CHAMP1)，已有研究表明其中的透明帶糖蛋白2基因與繁殖性狀密切相關(guān)。KEGG分析顯示，細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用通路是最顯著的通路，3個(gè)差異表達(dá)基因參與這一通路，分別為白介素22受體亞基α2，（Interleukin22 receptor subunit alpha2，IL22RA2）、白介素8(Interleukin8，IL8)和抗穆勒氏荷爾蒙(Anti-Mulleria