豬瘟病毒廣西野毒株的分離鑒定及序列分析.pdf

1、豬瘟是造成養(yǎng)豬業(yè)嚴重經(jīng)濟損失的動物傳染病，我國將其列為法定的一類動物疫病。豬感染豬瘟是由豬瘟病毒引起的，自然條件下僅發(fā)現(xiàn)豬感染豬瘟病毒。豬瘟病毒是黃病毒科瘟病毒屬的成員，屬于正鏈RNA病毒，與其他瘟病毒屬成員在基因組結(jié)構(gòu)和病毒特性方面具有很高的相似性。豬感染后，引起白細胞減少、免疫抑制，同時表現(xiàn)出內(nèi)臟器官嚴重出血，急性發(fā)病通常引起豬的死亡，嚴重威脅著豬的生命健康。
　　 本實驗通過反轉(zhuǎn)錄PCR對從廣西境內(nèi)收集臨床上疑似CSF的7

2、2份組織病料進行初步診斷，結(jié)合核苷酸BLAST比較、病毒分離、間接免疫熒光檢測，最終獲得兩株CSFV：GXXJ分離株和GXlX09分離株。對GXlX09分離株全基因組序列以及GXXJ分離株的囊膜糖蛋白序列進行遺傳進化樹分析和核苷酸及推定氨基酸同源性分析，發(fā)現(xiàn)GXlX09分離株與GXXJ分離株均屬于2.1亞群。同源性比較結(jié)果顯示，GXlX09分離株與94.4IL94-TWN株核苷酸同源性最低，為82.9％，與Paderborn株同源性最高

3、，為93.4％；開放閱讀框ORF的推定氨基酸同源性比較結(jié)果顯示，GXlX09分離株與LPC株同源性最低，為91.0％，與Paderbom株同源性最高，為97.7％。E2、NS5A、NS5B基因核苷酸和糖蛋白核苷酸序列構(gòu)建的遺傳進化樹與全基因核苷酸序列構(gòu)建的遺傳進化樹最為接近，適于CSFV基因分群。關(guān)鍵氨基酸位點比較結(jié)果表明，GXXJ分離株、GXlX09分離株除了在476R突變?yōu)?76S，GXlX09分離株在L771突變?yōu)?771， N7

4、77突變?yōu)門777，GXXJ分離株在N777突變?yōu)閟777外，其他沒有發(fā)生突變。應用RNAstructure5.03軟件對GXlX09分離株的5UTR和3UTR的RNA二級結(jié)構(gòu)進行預測，發(fā)現(xiàn)Shimen標準株、HCLV株、GXWZ02株、GXlX09分離株的5UTR二級結(jié)構(gòu)相似，它們形成的莖環(huán)結(jié)構(gòu)主要差異在30～150 nt和270～298 nt;而它們的3’UTR二級結(jié)構(gòu)均由4個莖環(huán)結(jié)構(gòu)組成。我們還測定了GXXJ分離株和Shimen標