仿刺參Apostichopus japonicus基因組BAC文庫(kù)的構(gòu)建研究.pdf

1、仿刺參(Apostichopus japonicus)是我國(guó)北方最重要的海水養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)物種之一，在我國(guó)海水養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)占據(jù)重要地位?；蚪M大片段文庫(kù)是基因組學(xué)研究必不可少的基礎(chǔ)工具，基因作圖的先決條件。為了闡明仿刺參基因組的結(jié)構(gòu)與功能，開(kāi)展基因作圖、圖位克隆重要功能基因、QTL定位，最終實(shí)現(xiàn)仿刺參全基因組測(cè)序，本研究在系統(tǒng)地摸索并優(yōu)化了BAC文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中幾個(gè)關(guān)鍵技術(shù)環(huán)節(jié)的基礎(chǔ)上，成功構(gòu)建了一個(gè)仿刺參細(xì)菌人工染色體(Bacterial Art

2、ificialChromosome，BAC)文庫(kù)。
　　 1、仿刺參基因組大小的測(cè)定
　　 仿刺參基因組大小測(cè)定采用流式細(xì)胞術(shù)，以雞(Gallus domesticus)紅血細(xì)胞DNA含量(2.5pg/2C)為內(nèi)標(biāo)，用仿刺參(A.japonicus)體腔細(xì)胞測(cè)定了15只刺參的基因組含量，其C-值為(0.84±0.02)pg，由此得出仿刺參基因組大小為(821.5±19.56)Mb。
　　 2、仿刺參BAC文庫(kù)的構(gòu)

3、建及質(zhì)量鑒定
　　 本研究構(gòu)建的仿刺參基因組BAC文庫(kù)由單種酶切文庫(kù)(MboⅠ文庫(kù))構(gòu)成，目前包括19個(gè)384板，總計(jì)7，206個(gè)克隆。隨機(jī)挑取30個(gè)BAC克隆進(jìn)行質(zhì)量鑒定，結(jié)果顯示，MboⅠ文庫(kù)平均插入片段大小約為103kb，覆蓋仿刺參基因組0.9倍?；蚪M文庫(kù)覆蓋率與基因在文庫(kù)中出現(xiàn)的幾率密切相關(guān)，為了確保目的基因在文庫(kù)中出現(xiàn)的高概率，擴(kuò)增庫(kù)容的工作正在進(jìn)行中。同時(shí)，對(duì)5個(gè)隨機(jī)BAC克隆的穩(wěn)定性檢測(cè)表明，插入DNA片段在大腸