25422.solid測(cè)序技術(shù)在果蠅microrna與轉(zhuǎn)錄本表達(dá)相關(guān)性研究中的應(yīng)用

1、中山大學(xué)碩士學(xué)位論文SOLiD測(cè)序技術(shù)在果蠅MicrNA與轉(zhuǎn)錄本表達(dá)相關(guān)性研究中的應(yīng)用姓名：楊曉玲申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：生物化學(xué)與分子生物學(xué)指導(dǎo)教師：施蘇華唐恬20100605中山大學(xué)碩士學(xué)位論文SOLID測(cè)序技術(shù)在果蠅MieroRNA與轉(zhuǎn)錄奉表達(dá)相關(guān)性研究中的應(yīng)用條序列，其中有58，329，773條序列可以比對(duì)到基因組，大約覆蓋果蠅轉(zhuǎn)錄組的20倍。我們對(duì)RNAseq技術(shù)進(jìn)行了評(píng)價(jià)，發(fā)現(xiàn)不同Barcode之間的差異基本不會(huì)影響到基因表

2、達(dá)的比較，同時(shí)基因不同區(qū)域的平均reads數(shù)目也趨于相等。然而對(duì)于單個(gè)基因來(lái)說(shuō)，reads的分布并不均勻，這可能與基因本身放入堿基組成有關(guān)。我們對(duì)不同物種，不同性別的基因表達(dá)情況進(jìn)行了比較，發(fā)現(xiàn)分別有39％和27％的基因在物種和性別中表現(xiàn)出15倍以上的差異，但是miRNA靶基因在物種以及性別之間的差異相比于轉(zhuǎn)錄本總體來(lái)說(shuō)卻不明顯。同時(shí)我們也發(fā)現(xiàn)，靶基因中含有越多的保守位點(diǎn)，這種表達(dá)差異越小，而且表達(dá)穩(wěn)定性似乎與miRNA本身的表達(dá)量并沒(méi)