高通量核酸測序技術(shù)及其在原始現(xiàn)生物種microRNA表達分析中的應(yīng)用.pdf

1、MicroRNA通過與mRNAs中的3'端非編碼區(qū)域(untranslated region，UTR)作用，引起靶基因的降解或抑制其翻譯，最終達到抑制特定基因表達的目的。3'UTR的演化可能與其microRNA的結(jié)合位點的減少或者增加有關(guān)，從而microRNA可以通過對其靶標的影響在生物演化中起到關(guān)鍵性作用。因此可將microRNA看做是一種研究物種演化發(fā)育的標簽分子。本論文通過對文昌魚和舌形貝microRNA的測序，分析了microR

2、NA在原始現(xiàn)生物種中的表達差異，為相關(guān)動物類群演化起源的研究提供了基礎(chǔ)。
　　文昌魚（Branchiostoma lanceolatum）屬于頭索動物亞門（Cephalochordata）。比較基因組學(xué)研究表明，頭索動物亞門是現(xiàn)存脊索動物門（Chordata）中最為原始的亞門。文昌魚做為頭索動物亞門現(xiàn)存的唯一代表，對研究脊索動物早期的演化起源具有重要的生物學(xué)意義。本論文中，我們提取成體文昌魚的總RNA，然后以標準方法特異性提取其中

3、的總MicroRNA，運用東南大學(xué)自主研發(fā)的AG-100高通量測序平臺檢測成體文昌魚的microRNA表達狀態(tài)，通過逐級分析成體文昌魚與現(xiàn)生尾索動物（Urochordata）和脊椎動物（Vertebrata）、microRNA分布關(guān)系，推測出脊索動物門基因組可能擁有l(wèi)et-7a、let-7b、miR-125、miR-34、miR-184、miR-33和miR-210等7個microRNA，為研究脊索動物門microRNA的演化起源提供研

4、究基礎(chǔ)。
　　腕足動物門（Brachiopoda）是最古老的Bodyplan之一，最早發(fā)現(xiàn)于早寒武世，繁盛于志留、泥盆二紀，其后延續(xù)至今。多數(shù)腕足動物類群現(xiàn)已滅絕，舌形貝（Lingula Bruguire）是僅存的現(xiàn)生腕足動物之一，對探索原口動物與后口動物共同祖先（Protostome-deuterostome ancestor,PDA）的microRNA祖征(Plesiomorphy)狀態(tài)具有重要的研究價值。本論文中，我們提取成

5、體舌形貝的總RNA,運用東南大學(xué)自主研發(fā)的AG-100高通量測序平臺檢測成體舌形貝的microRNA表達狀態(tài)，逐級分析成體舌形貝與現(xiàn)生觸手冠類群（Lophophorata）、冠輪動物（Lophotrochozoa）和所有兩側(cè)對稱動物的microRNA分布關(guān)系。推測出PDA基因組可能擁有l(wèi)et-7、miR-10、miR-133、miR-184和miR-92等5個microRNA，為microRNA在真后生動物（Eumetazoa)億萬年演