基于蕓香科、天南星科的植物DNA條形碼通用序列研究.pdf

1、目的：對(duì)比目前熱點(diǎn)植物DNA條形碼候選序列，試圖篩選出植物界的通用條形碼序列。
　　 方法：選取天南星科98屬223種490個(gè)樣本和蕓香科72屬192種300個(gè)樣本，針對(duì)目前熱點(diǎn)條形碼序列進(jìn)行驗(yàn)證，考察的指標(biāo)為樣本的PCR擴(kuò)增效率；候選序列種間、種內(nèi)變異情況的6個(gè)“閾值”、種間和種內(nèi)變異的“barcoding gap”以及“BLAST1法”和“最近距離法”測(cè)得的種、屬水平的鑒定成功率。并將rbcL、matK序列擴(kuò)大到整個(gè)維管植物

2、超過27000個(gè)樣本，在更廣泛的類群更多近緣物種存在時(shí)判斷各自的鑒定能力。
　　 結(jié)果：在天南星樣本的各項(xiàng)考察指標(biāo)中matK序列表現(xiàn)最為優(yōu)異，進(jìn)而擴(kuò)大到維管植物中考察發(fā)現(xiàn)，matK序列在全體15765樣本的鑒定效率為70.1％，而在考察的1674個(gè)屬(屬內(nèi)物種數(shù)≥2)中，72.7％的屬鑒定效率≥70％，12.7％的屬鑒定效率≤40％；rbcL序列在全體11257樣本的鑒定效率為61.6％，而在考察的1619個(gè)屬(屬內(nèi)物種數(shù)≥2)

3、中，56.4％的屬鑒定效率≥70％，21.2％的屬鑒定效率≤40％。由于matK、rbcL序列存在缺陷，我們?cè)谑|香科中對(duì)比陳士林等人的推薦ITS2和目前的熱點(diǎn)條形碼序列，發(fā)現(xiàn)ITS2序列在蕓香科大量近緣屬種存在時(shí)各考察指標(biāo)則優(yōu)于其他序列，同時(shí)基于課題組姚輝等人關(guān)于ITS2在大樣本量的研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)ITS2序列能較好的鑒定matK+rbcL復(fù)合序列無法鑒定的屬。
　　 結(jié)論：相對(duì)于CO1基因在動(dòng)物條形碼研究中的優(yōu)異表現(xiàn)，植物條形碼研