不同源腸炎沙門(mén)菌耐藥表型與耐藥基因型分析.pdf

1、腸炎沙門(mén)菌是一種重要的人獸共患病原菌。人類感染腸炎沙門(mén)菌引起的沙門(mén)菌病主要臨床表現(xiàn)為腹瀉，常伴有惡寒、發(fā)熱，病禽臨床表現(xiàn)為腹瀉、精神沉郁、食欲減退或廢絕。目前，許多發(fā)達(dá)國(guó)家對(duì)腸炎沙門(mén)菌感染已經(jīng)取得了有效的防控，人類的發(fā)病率保持在相對(duì)穩(wěn)定的狀態(tài)，然而在我國(guó)部分地區(qū)報(bào)道中腸炎沙門(mén)菌仍為優(yōu)勢(shì)血清型之一。上世紀(jì)八十年代開(kāi)始，臨床分離株中就發(fā)現(xiàn)了對(duì)氨芐西林、氯霉素、磺胺甲惡唑/甲氧芐啶（復(fù)方新諾明）耐藥的腸炎沙門(mén)菌，近年來(lái)隨著分離株多重耐藥現(xiàn)象愈

2、發(fā)嚴(yán)重，耐藥譜不斷擴(kuò)寬，通過(guò)原有抗菌藥物防治的策略已經(jīng)不能完全解決問(wèn)題。此外，近年來(lái)發(fā)現(xiàn)的耐藥新基因和機(jī)制為腸炎沙門(mén)菌的防控帶來(lái)了巨大挑戰(zhàn)。
　　為了解我國(guó)部分地區(qū)腸炎沙門(mén)菌分離株耐藥性的流行情況和耐藥基因的分布，本研究以361株不同源腸炎沙門(mén)菌為研究對(duì)象，根據(jù)CLSI推薦的微量肉湯稀釋法進(jìn)行藥敏試驗(yàn)，定量檢測(cè)菌株對(duì)18種抗菌藥物的最小抑菌濃度，分析不同來(lái)源腸炎沙門(mén)菌的耐藥特性和多重耐藥情況;調(diào)查質(zhì)粒介導(dǎo)的喹諾酮類藥物耐藥基因(P

3、MQR)和多粘菌素耐藥基因mcr-1在腸炎沙門(mén)菌中的流行和分布情況;通過(guò)對(duì)63株腸炎沙門(mén)菌的全基因組重測(cè)序信息進(jìn)行分析，獲得了主要耐藥基因，分析其與耐藥表型之間的關(guān)系。
　　1不同源腸炎沙門(mén)菌耐藥表型與耐藥基因型分析
　　本研究測(cè)定了我國(guó)部分地區(qū)2009-2016年間361株腸炎沙門(mén)菌對(duì)18種抗菌藥物的最小抑菌濃度(MIC)，結(jié)果顯示腸炎沙門(mén)菌分離株對(duì)第一代喹諾酮類藥物萘啶酸的耐藥率最高，為83.4％（MIC50=512μg

4、/mL）;其次為阿莫西林/克拉維酸(60.1％)和氨芐西林(60.1％)，對(duì)四環(huán)素和鏈霉素的耐藥率也較高，均在28％以上;頭孢唑啉、呋喃妥因和喹乙醇對(duì)腸炎沙門(mén)菌已經(jīng)處于耐藥中介值，耐藥率分別為22.4％、32.9％和21.8％;對(duì)美羅培南、卡那霉素、慶大霉素、環(huán)丙沙星、恩諾沙星、氯霉素和多粘菌素E的敏感性較高，耐藥率在5％-0.5％左右;而阿米卡星的體外抑菌效果最好，無(wú)耐藥菌株出現(xiàn)。
　　不同源的腸炎沙門(mén)菌對(duì)氨芐西林、阿莫西林/克

5、拉維酸、萘啶酸的耐藥情況相似，均處在較高水平，對(duì)其余15種抗菌藥物，耐藥率存在一定的差異。禽源菌株對(duì)四環(huán)素、鏈霉素的耐藥率較高，分別為26.0％和40.7％;人源菌株對(duì)頭孢唑啉、氨曲南、卡那霉素、慶大霉素、磺胺甲惡唑/甲氧芐啶（復(fù)方新諾明）、氯霉素和喹乙醇7種抗菌藥物耐藥率較高。對(duì)不同采集環(huán)節(jié)的禽源菌株耐藥性的比較顯示，養(yǎng)殖環(huán)節(jié)的菌株耐藥情況較嚴(yán)重，且耐藥譜寬泛，對(duì)除阿米卡星外的17種抗菌藥物均有不同程度的耐藥，孵化環(huán)節(jié)和市場(chǎng)環(huán)節(jié)的耐藥

6、情況相對(duì)較低，其中孵化環(huán)節(jié)菌株耐藥表型主要集中在耐氨芐西林、阿莫西林/克拉維酸、萘啶酸和鏈霉素，耐藥率在37.3％-100％之間。
　　禽源、人源和豬源腸炎沙門(mén)分離株的多重耐藥率存在一定差異。361株腸炎沙門(mén)菌中92.3％的菌株對(duì)至少一種抗菌藥物表現(xiàn)耐藥，58.4％的菌株對(duì)至少三種抗菌藥物耐藥。耐三種和四種藥物的菌株比重較大，分別占總菌株數(shù)的16.1％和24.4％，主要耐藥譜為AMP-AMC-STR-NAL和AMP-AMC-STR

7、-NAL-CFZ。不同源腸炎沙門(mén)菌的多重耐藥現(xiàn)象也存在一定的差異，市場(chǎng)環(huán)節(jié)分離的菌株多重耐藥率最高，達(dá)69.2％，其次為養(yǎng)殖環(huán)節(jié)，多重耐藥率為60.2％，此結(jié)果從一定程度上反應(yīng)了腸炎沙門(mén)菌的耐藥性與菌株來(lái)源和采集環(huán)節(jié)有關(guān)。
　　通過(guò)PCR方法對(duì)361株腸炎沙門(mén)菌PMQR耐藥基因(oqxA、oqxB、qnrA、qnrB、qnrC、qnrD、qnrS、qepA和aac(6')-Ⅰb-cr）和多粘菌素耐藥基因mcr-1進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果顯示

8、:PMQR耐藥基因攜帶率為6.9％，其中以aac(6')-Ⅰb-cr基因檢出率最高，為1.9％。未檢測(cè)到qnrB、qnrC、qnrD和mcr-1基因。
　　2全基因組測(cè)序技術(shù)在腸炎沙門(mén)菌耐藥基因檢測(cè)中的應(yīng)用
　　選取不同來(lái)源的63株腸炎沙門(mén)菌，提取基因組進(jìn)行全基因組重測(cè)序，通過(guò)與CARD數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)獲得耐藥相關(guān)基因。63株全基因組測(cè)序的菌株均攜帶13種多重耐藥基因（包括外排泵:mdtK、emrA、marA、H-NS、acr

9、R、mdsB、robA、sdiA、ileS多重耐藥外排蛋白:acrB-TolC、mdtG、emrD;1種移位酶:mdfA）。預(yù)測(cè)到與18種測(cè)定抗菌藥物相關(guān)的耐藥基因包括:氨基糖苷類藥物耐藥基因:aph(3")-Ib、alaS、cysB、aph(6)-Ⅰd、aac(3)-Ⅱc、aadA11;β-內(nèi)酰胺類藥物耐藥基因:blaCTX-M-55、blaTEM-145、 blaTEM-94、 blaCTX-M-3、blaOXA-1、blaTEM-

10、190、blaTEM-1;磺胺類藥物耐藥基因:sul1、dfrA25、dfrA1、sul2、dfrA17;四環(huán)素類耐藥基因tetA、tetC;氯霉素耐藥基因catB3。其中氯霉素耐藥基因catB3，磺胺類耐藥基因dfrA1、dfrA17耐藥表型與耐藥基因型對(duì)應(yīng)很好，符合率均達(dá)到100％。
　　63株腸炎沙門(mén)菌中，與氨基糖苷類藥物相關(guān)的耐藥基因共6種，14株同時(shí)攜帶所檢測(cè)到的6種耐藥基因，其與耐藥表型的對(duì)應(yīng)率在33.3％-85.0％

11、之間，36.5％的菌株對(duì)鏈霉素耐藥，aph(3'')-Ib、alaS、cysB的陽(yáng)性檢出率在73.0％左右;β-內(nèi)酰胺類藥物耐藥基因blaTEM-145、blaTEM-94、blaCTX-M-3、blaOXA-1、blaTEM-190與氨芐西林、阿莫西林/克拉維酸和頭孢唑啉的對(duì)應(yīng)率達(dá)到100％，檢測(cè)菌株對(duì)氨芐西林、阿莫西林/克拉維酸和頭孢唑啉的耐藥率分別為57.1％、50.8％和34.9％，幾種耐藥基因以blaTEM-1檢出率最高，三種

12、抗菌藥物對(duì)應(yīng)blaTEM-1基因檢出率在63.9％-81.8％左右;四環(huán)素tetA基因與耐藥表型的對(duì)應(yīng)率為85.7％，63株檢測(cè)菌株中，18株對(duì)四環(huán)素耐藥，6株未檢測(cè)到tetA基因，檢出率為66.7％;63株檢測(cè)菌株中，21株攜帶sul2基因，其中19株對(duì)磺胺甲惡唑/甲氧芐啶（復(fù)方新諾明）敏感，sul1與復(fù)方新諾的對(duì)應(yīng)率為50％，dfrA1和dfrA17與復(fù)方新諾明的對(duì)應(yīng)率最好，達(dá)到100％，反過(guò)來(lái)看，11株檢測(cè)菌株對(duì)復(fù)方新諾明耐藥，其