黃瓜第1,3-5染色體分子細(xì)胞遺傳圖譜的構(gòu)建及黃瓜屬rDNA定位比較分析.pdf

1、黃瓜(Cucumis sativus,2n=14)屬于葫蘆科(Cucurbitaceae)黃瓜屬(Cucumis)，是世界上十種最主要的蔬菜作物之一，同時(shí)也是植物性別決定和維管束研究的模式生物。目前，黃瓜的基因組序列精細(xì)圖譜的繪制已基本完成，將物理圖譜和遺傳圖譜整合，構(gòu)建分子細(xì)胞遺傳學(xué)圖譜，對(duì)于基因組序列的正確組裝，遺傳圖上某些遺傳標(biāo)記間的次序、連鎖群的方向和序列拼接時(shí)出現(xiàn)的錯(cuò)誤次序進(jìn)行校正具有重要意義。細(xì)胞遺傳學(xué)圖譜的構(gòu)建是物理作圖領(lǐng)

2、域的前沿，然而對(duì)大多數(shù)物種來(lái)說(shuō)，構(gòu)建細(xì)胞遺傳圖譜還是一項(xiàng)非常有挑戰(zhàn)的工作。本研究以黃瓜測(cè)序品種自交系9930為材料，利用熒光原位雜交技術(shù)獲得黃瓜已組裝序列在每條染色體上的分布情況，構(gòu)建黃瓜每條染色體的高分辨率的分子細(xì)胞遺傳圖譜，為黃瓜近緣種間的比較基因組研究奠定基礎(chǔ)，同時(shí)在比較近緣種基因組間的同線性、揭示基因組間的進(jìn)化關(guān)系方面也具有重要意義。同時(shí)我們利用FISH技術(shù)，選取了黃瓜屬15個(gè)物種進(jìn)行了45S rDNA，5S rDNA定位，以期

3、了解黃瓜屬物種rDNA分布的主要情況及對(duì)它們的親緣關(guān)系進(jìn)行更深入的研究。主要研究結(jié)果如下：
　?。?）根據(jù)基因組組裝圖譜，篩選克隆，利用雙色FISH技術(shù)在中期染色體上確定相鄰克隆的順序，在這個(gè)結(jié)果的基礎(chǔ)上，探針的混合物同著絲粒特有序列TypeⅢ雜交到粗線期染色體上，顯示出間隔的紅綠信號(hào)，分析而得到分子細(xì)胞遺傳圖譜。
　?。?）結(jié)合前人的研究結(jié)果，繪制了黃瓜7條染色體的遺傳圖譜、細(xì)胞遺傳學(xué)圖譜、基因組序列組裝圖譜的示意圖。文中

4、采用相對(duì)圖譜距離（RMP）直觀比較三張圖譜。結(jié)果顯示：三張圖譜中大部分位點(diǎn)的RMP值顯示出了很好的一致性；第2號(hào)染色體的遺傳圖譜上克隆2-10，2-11順序與物理定位不一致；第5號(hào)染色體遺傳圖譜上的3個(gè)克隆的位置與物理位置相差較大；第4號(hào)染色體的基因組序列組裝圖譜上4-4，5，6，7四個(gè)克隆的位置與物理位置相差較大；第5，7號(hào)染色體的序列組裝圖譜上克隆順序存在錯(cuò)誤。
　?。?）所研究的物種中45S rDNA位點(diǎn)數(shù)目為1-5對(duì)，主要