一套適合于玉米品種鑒定和DNA指紋庫構(gòu)建的SSR核心引物的確定.pdf

1、玉米品種DNA．指紋數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建在玉米品種純度及真實性鑒定、品種權(quán)登記保護、區(qū)試及審定品種質(zhì)量監(jiān)控等方面具有重要應(yīng)用價值，對理清我國玉米種質(zhì)的血緣關(guān)系、雜種優(yōu)勢群劃分、種質(zhì)創(chuàng)新及新品種選育具有重要指導(dǎo)意義。本論文研究目的是以SSR標記為技術(shù)手段，通過對玉米基因組SSR核心引物的篩選，軟件評估和設(shè)計引物、探討引物設(shè)計中的優(yōu)化問題——改善GC含量過高引物的擴增效果等玉米DNA指紋庫構(gòu)建的關(guān)鍵技術(shù)環(huán)節(jié)進行了研究。本論文形成如下研究結(jié)果：

2、 (1)依據(jù)網(wǎng)上和文獻上提供的信息，從玉米數(shù)據(jù)庫公布的1900多對SSR引物中初步篩選出800對引物，通過實驗室用15個骨干自交系復(fù)篩，統(tǒng)計196對引物的多態(tài)性信息。 (2)篩選出分布于玉米10條染色體的500對SSR引物，其中包含實驗室篩選和文獻資料的高多態(tài)性引物，并構(gòu)建分子遺傳圖譜。 (3)利用15個雜交種對引物雜合帶型表現(xiàn)是否正常進行篩選，剔除雜合率低的引物，確定一套在玉米染色體上均勻分布的多態(tài)性高、帶型分布合理

3、的建庫用的100對核心引物。從每條染色體的長臂和短臂各取1對，20對作為建庫的基本核心引物，20對作為擴展核心引物以作進一步遺傳檢測備用。 (4)利用引物設(shè)計軟件對核心引物進行重新優(yōu)化設(shè)計，確定了引物設(shè)計的原則，尤其是確定了玉米SSR引物的設(shè)計原則，并詳細說明了引物設(shè)計的全過程。 (5)從引物設(shè)計角度分析原引物的問題及原因，共設(shè)計了123個引物位點，其中合成了56個引物位點，145對引物，對合成的引物反復(fù)進行研究，實驗篩