4號(hào)染色體家庭性鼻咽癌易感區(qū)域候選基因的突變篩查.pdf

1、中山大學(xué)博士學(xué)位論文4號(hào)染色體家庭性鼻咽癌易感區(qū)域候選基因的突變篩查姓名：梁慧申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：腫瘤學(xué)指導(dǎo)教師：曾益新200405064號(hào)染色體家族性鼻咽癌易感區(qū)域候選基因的突變篩查中文摘要為后續(xù)的家族性鼻咽癌易感基因研究中的連鎖和關(guān)聯(lián)性分析奠定基礎(chǔ)。根據(jù)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)及文獻(xiàn)報(bào)道提供的基因的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、染色體定位、表達(dá)、已知生物學(xué)背景等多方位信息，我們?cè)诙ㄎ粎^(qū)域中先后選擇了29個(gè)可能與腫瘤有關(guān)的基因作為候選基因，運(yùn)用單核苷酸多態(tài)性

2、分析技術(shù)對(duì)這些基因的外顯子(編碼和非編碼區(qū))、內(nèi)含子一外顯子拼接位點(diǎn)和啟動(dòng)子調(diào)控區(qū)進(jìn)行篩查。。篩查分兩步：第一步挑選在連鎖分析中對(duì)Lod值貢獻(xiàn)最大的31號(hào)家系和34號(hào)家系作為篩查對(duì)象。每個(gè)家系選取兩個(gè)攜帶NPC易感單倍體的患者(31—35、31—44和34—5、34—9)和一個(gè)不攜帶易感單倍體正常對(duì)照(31—15和34一11)共6個(gè)樣本進(jìn)行檢測(cè)，來(lái)尋找與NPC易感單倍體連鎖的變異。第二步篩查是把第一步在31、34號(hào)家系患者中觀察到的與N

3、PC易感單倍體連鎖的位點(diǎn)在該家系中的其他患者和正常個(gè)體及其他家系和更多的群體中進(jìn)行分型。判斷所檢測(cè)位點(diǎn)是否是與NPC易感性連鎖的位點(diǎn)。單核苷酸多態(tài)性分析主要采用PCR一直接測(cè)序法：引物設(shè)計(jì)采用Primer3軟件。為了節(jié)省家系模板資源，DNA擴(kuò)增采用多重半巢式PCR的方法。PCR產(chǎn)物經(jīng)樹脂純化或酶解純化，在ABl377測(cè)序儀上進(jìn)行測(cè)序。測(cè)序圖譜解讀及變異位點(diǎn)搜尋采用Phredphrap／Polyphred／Consed序列分析軟件包或DN

4、ASTAR／Seqman序列分析軟件包或Chromas序列分析軟件進(jìn)行。對(duì)具有酶切位點(diǎn)的SNP位點(diǎn)采用酶切的方法分型。我們?cè)?號(hào)染色體易感區(qū)域中及附近共篩查了29個(gè)基因，包括具有基因組全長(zhǎng)序列或完整編碼序列的28個(gè)基因和1個(gè)靠近D4S405的預(yù)測(cè)基因。總測(cè)序長(zhǎng)度約202Kb，共發(fā)現(xiàn)了260個(gè)單核苷酸變異，其中81個(gè)位于啟動(dòng)子區(qū)(rSNPs)，83個(gè)位于內(nèi)含子區(qū)(iSNPs)，2i個(gè)位于5’UTR和3’UTR區(qū)，1個(gè)位于基因3’末端，42