系統(tǒng)性紅斑狼瘡X染色體易感基因鑒定.pdf

1、研究背景：系統(tǒng)性紅斑狼瘡（Systemic lupus erythematosus，SLE）是一種多發(fā)于女性的累及多個器官和系統(tǒng)的自身免疫性炎癥性結(jié)締組織疾病，目前該病早期病例、輕型病例和不典型的病例逐漸增多，但是該病嚴重者亦可危及患者生命，常伴發(fā)多個系統(tǒng)的癌癥和自身免疫性疾病。SLE患病率較高，在不同的種族有所不同，全球平均約為12～39/10萬，我國SLE患病率約為30.13～70.41/10萬。本病的病因和發(fā)病機制尚未明確，目前認

2、為可能與以下幾種因素關(guān)系比較密切，主要有基因遺傳、環(huán)境、體內(nèi)雌激素水平等，學者們認為在該病發(fā)病中起到重要作用的的可能是遺傳因素與環(huán)境因素的交互作用。SLE的臨床表現(xiàn)在世界范圍內(nèi)不同的人群種族中存在不同的表現(xiàn)，和歐洲人群系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者相比，中國人群該病患狼瘡腎炎的風險和比例要更高，提示SLE的臨床表型和遺傳異質(zhì)性存著重要關(guān)聯(lián)。在過去幾十年中，全球遺傳學家通過多種遺傳學方法（如連鎖分析，全基因組關(guān)聯(lián)分析等）在不同人群中鑒定出了位于常染色

3、體的70多個與SLE易感性相關(guān)聯(lián)的區(qū)域/基因，這其中本團隊在2009年開展的漢族人群的全基因組關(guān)聯(lián)分析研究也發(fā)現(xiàn)了9個SLE的易感基因位點。通過候選基因等方法在X染色體上鑒定出SLE的易感區(qū)域/基因相對較少，中國人群中僅僅發(fā)現(xiàn)1個。前期的研究提示X染色體上的易感變異與SLE的發(fā)病密切相關(guān)，但是目前大部分位點都是在歐洲人群中發(fā)現(xiàn)的。鑒于遺傳異質(zhì)性在不同種族人群之間差別較大，我們認為在X染色體上鑒定中國漢族人群系統(tǒng)性紅斑狼瘡的遺傳變異鑒定具

4、有重要意義。
　　目的：通過全基因組關(guān)聯(lián)研究方法在中國漢族人群中搜尋X染色體上與系統(tǒng)性紅斑狼瘡關(guān)聯(lián)的遺傳變異，在X染色體上鑒定出中國漢族人群系統(tǒng)性紅斑狼瘡新的易感基因/位點。
　　方法：首先收集SLE病例和健康對照的血樣本，樣本收集來自全國各家醫(yī)院，所以收集原則需要保證收集標準的統(tǒng)一和樣本匹配，主要是地域要匹配。樣本共分為4個獨立的人群：初篩階段（來源于中國中部人群：1023例病例和547例健康對照）、驗證階段1（來源于中國

5、中部人群：1156例病例和2330例健康對照）、驗證階段2（來源于中國南部人群：1012例病例和335例健康對照）、驗證階段3（來源于中國北部人群：274例病例和133例健康對照）。對初篩樣本進行全基因組的標簽SNPs進行基因分型使用Illumina610-Quad Human Beadchip芯片，以千人基因組數(shù)據(jù)（phase1 integrated version3）為參考對初篩數(shù)據(jù)進行全基因組impute，經(jīng)過嚴格的質(zhì)控和全基因組

6、關(guān)聯(lián)分析篩選出與SLE相關(guān)的提示性SNPs，接下來通過Sequenom MassArray iPlex Gold平臺在三個獨立的人群（中國南部人群，中部人群和北部人群）中進行獨立驗證研究。運用 PLINK1.07軟件以樣本地域作為協(xié)變量進行關(guān)聯(lián)分析。通過對初篩數(shù)據(jù)和各個驗證階段的數(shù)據(jù)利用 Metasoft version2.0.0進行Meta分析。運用PLINK1.07軟件對SLE的基因型和表型進行關(guān)聯(lián)性分析。利用GEO數(shù)據(jù)庫進行基因表

7、達分析。
　　結(jié)果：通過對初篩數(shù)據(jù)的統(tǒng)計學分析和質(zhì)控，統(tǒng)計學P值小于0.01SNPs位點有189個，其中包含rs1059702(IRAK1)、rs2239464（MECP2）、rs5914778（LINC01420）、rs2266888（TMEM187）等等，從中篩選出15個未經(jīng)報道的易感基因位點進行獨立驗證。 Sequenom基因分型驗證結(jié)果顯示，在第一階段的中部人群驗證中，有兩個易感基因位點達到統(tǒng)計學顯著意義（P﹤0.05），

8、通過把初篩數(shù)據(jù)（中部人群）和第一階段（中部人群）驗證數(shù)據(jù)一起Meta后只有rs5914778達到全基因組顯著水平（Pcombined=1.00×10–8，OR=1.32）；進一步在第二階段驗證顯示在南部人群的驗證結(jié)果中該位點依然有統(tǒng)計學意義(P=5.31×10-05;OR=1.51)，把GWAS初篩數(shù)據(jù)和驗證階段中部、南部數(shù)據(jù)進行一起Meta分析發(fā)現(xiàn)rs5914778與SLE的關(guān)聯(lián)性更顯著(P=5.26×10-12;OR=1.35)；然

9、而，該位點在中國北部人群中并未顯示出與SLE的相關(guān)性(P=0.33)，遺傳異質(zhì)性分析顯示中國北部人群和中部以及南部人群相比具有一定的遺傳異質(zhì)性(Phet=0.034, I2=65.3)?；蛐秃捅硇头治鲆约盎虮磉_分析未發(fā)現(xiàn)陽性關(guān)聯(lián)。
　　結(jié)論：通過對中國漢族人群中開展SLE X染色體的GWAS研究在Xp11.21區(qū)域內(nèi)發(fā)現(xiàn)一個新的易感變異（rs5914778）與SLE發(fā)病密切相關(guān)，該研究深化了我們對X染色體上的遺傳變異在中國漢族