蠟梅開花過程基因表達的ESTs分析與凝集素基因功能的初步鑒定.pdf

1、西南大學博士學位論文蠟梅開花過程基因表達的ESTs分析與凝集素基因功能的初步鑒定姓名：眭順照申請學位級別：博士專業(yè)：園藝學（花卉學）指導教師：李名揚20060601西南大學誨士學位論文鼉曼曼—曼曼■皇雹甚■■———■—奠■奠■■置■——■—|■一IIllllIll高奠■曼■曼量|——●—■■■暑量量魯量目璺毫舞的基因占獨立基因總數(shù)的比例804為％，中豐度表達的基因比例為158％，高豐度表達的基因比例為38％。說明蠟梅開花過程中高豐度基因

2、比較少，絕大多數(shù)為中低豐度表達的基岡。3蠟梅花EST序列功能注釋479個獨立基因(contigs)與NCBI非冗余蛋白質(zhì)和核苷酸數(shù)據(jù)庫進行BLAST比對，共有405個獨立基因編碼的蛋白質(zhì)序列與公共數(shù)據(jù)庫中己登錄的雖白質(zhì)序列顯著同源，其中功能己知的contigs數(shù)為266個，分別注釋相應功能，占獨立基因總數(shù)的555％；GenBank中存在顯著相似性序列但功能未知的contigs為139個，加上74個在國際公用蛋白質(zhì)、核酸數(shù)據(jù)庫中沒有符合要

3、求同源物的contigs，總共213個contigs所代表的基因有可能是新基因(無功能注釋基因)，占獨立基因總數(shù)的445％。從物種來源看，在GenBank中405個contigs比對上的相似序列共來自99個物種，其中來自擬南芥的最多(占比對上物種總數(shù)的324％)，沒有見來自蠟梅科蠟梅屬的相似序列。4蠟梅花EST序列功能分類與特色基因描述利塒基因G0對有功能注釋的蠟梅266個獨立基岡進行分析，266個獨立基因在分f功能中均可以得到分類，在

4、生物學過程得到分類的有225個獨立基因，在細胞組分中得到分類的有179個。在基因G0分析的基礎上，結(jié)合擬南芥基因功能分類方法，把479個獨立基因按生物學功能劃分為10個大類：能量與物質(zhì)代謝相關(guān)基聞(157％)、蛋白質(zhì)合成與降解相關(guān)基因(150％)、抗病及防御相關(guān)基因(69％)、轉(zhuǎn)錄相關(guān)基因(48％)、細胞內(nèi)運輸相關(guān)基閱(44％)、信號轉(zhuǎn)導相戈基因(35％)、細胞結(jié)構(gòu)相關(guān)基因(25％)、細胞生長和分裂相關(guān)基因(17％)、次生代謝相關(guān)基因(

5、1O％)和功能朱知基闋(445％)。從不同大類中選擇共21個基因描述了其具體功能。在有功能注釋的基因中1ipidtransferprotein(脂轉(zhuǎn)移蛋白，LTP)表達豐度位居所有基因的首位，共125條ESTs，占總有效EST數(shù)的“4％，RT—PCR分析表明￡儼基因在蠟梅的萌動期、蕾期、露瓣期、初開期、盛開期、落花期均有高水平的表達。在266個基因中，能量代謝相關(guān)基因、蛋白質(zhì)合成與降解相關(guān)基因、細胞內(nèi)運輸相關(guān)基因的EST數(shù)量位列前三位，

6、信號轉(zhuǎn)導相關(guān)基因的EST數(shù)量占有一定的比例，轉(zhuǎn)錄相關(guān)基因中有關(guān)花發(fā)育的EST數(shù)量比較突出，細胞生長和分裂相關(guān)基因中與激素相關(guān)的最多，可見，蠟梅花從萌動到開放過程中的基因表達情況可以概括為能量和物質(zhì)的代謝與運輸相關(guān)基因占主導地位，抗逆、花發(fā)育、信號轉(zhuǎn)導、激素調(diào)節(jié)等相關(guān)基因為主要特色。5蠟梅Cplectln基因的克隆通過蠟梅花cDNA文庫隨機挑選單克隆子雙向測序獲得871bp的蠟梅甘露糖結(jié)合類型凝集素基因CpJectin全躍cDNA序列。包