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文檔簡介
1、丹參(Salvia miltiorrhizaBunge)屬于雙子葉植物唇形科鼠尾草屬植物,是中國傳統(tǒng)中藥,主要以干燥根部入藥。丹參具備的特征有:生長期短、易培育、繁殖方式多樣、對環(huán)境要求低、基因組小、染色體數(shù)目少(2n=16)等,有利于分子生物學(xué)和遺傳學(xué)的分析。丹參作為重要的傳統(tǒng)中藥,針對它的高通量測序、功能基因研究、體內(nèi)藥用成分的分析和作用機(jī)理等研究也紛紛展開。本研究以中條山二倍體植株和中條山突變體為材料展開。為了更好的了解突變體產(chǎn)生
2、根部粗大的機(jī)制,我們在對對照組和實驗組提取了RNA之后,運(yùn)用Illumina二代測序方法進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序并進(jìn)行分析。本研究主要結(jié)果如下:
1.用去壁低滲法對中條山丹參和突變體進(jìn)行核型分析,結(jié)果表明,突變體植株較正常二倍體細(xì)胞核內(nèi)多了一條小染色體段片;
2.轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)經(jīng)除雜組裝后共得到46770條Unigene,長度在1Kb以上的有15394條?;蚪Y(jié)構(gòu)分析獲得ORF46481個,SSR有63058個,SNP位點(diǎn)有
3、1005151個;
3.中條山二倍體丹參與突變體的差異表達(dá)分析,得到差異基因數(shù)目為5087條,其中表現(xiàn)上調(diào)的基因有2230條,表現(xiàn)下調(diào)的基因有2857條。
4.通過生物信息學(xué)對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋,包括與NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、GO數(shù)據(jù)庫的比對,共獲得33,586條Unigenes注釋結(jié)果。
5.通過qPCR,成功驗證了18個基因的相對表達(dá)量與測序結(jié)果一致,證明了測序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性。
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