陸川豬皮膚組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及毛色決定分子機(jī)制初步分析.pdf

1、為探討黑白花陸川豬皮膚毛色形成的分子機(jī)制，應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)廣西本地豬同一頭陸川豬黑色和白色皮膚組織進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，分別獲得了35201618和31171136條讀段序列，其中唯一定位于豬參考基因組（Sscrofa10.2版本）分別占總讀段數(shù)的74.9％、73.6％。經(jīng)堿基測(cè)序錯(cuò)誤率分布檢查、表達(dá)標(biāo)簽測(cè)序質(zhì)量均值的分布峰值分析、ATGC含量分布檢查、測(cè)序時(shí)序列長(zhǎng)度的分布檢查及對(duì)豬參考基因組定位檢測(cè)，顯示測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量較高，基因飽和度分

2、析顯示曲線斜率接近于0，說明數(shù)據(jù)接近于飽和，可用于分析基因的表達(dá)模式。
　　對(duì)獲得的黑色皮膚組織和白色皮膚組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行拼接和系統(tǒng)的生物信息分析。多樣品差異表達(dá)基因分析可知黑色皮膚相對(duì)于白色皮膚有7個(gè)基因表達(dá)顯著上調(diào)，包括:TYRPI(酪氨酸酶相關(guān)蛋白1)，DCT（即TYRP2，酪氨酸酶相關(guān)蛋白2），TRPMI（瞬時(shí)受體勢(shì)M亞基1），KRT35，LOC100524022以及兩個(gè)新基因（知道基因長(zhǎng)度和編碼的蛋白，但功能注釋不全）

3、。其中TYRP1，TRPM1只在Ctrl-Hei中表達(dá)（log2FC得分分別為11.15，9.51），其次是DCT，它在黑色皮膚組織中的表達(dá)量是Ctrl-Bai中的表達(dá)量是25.67倍。再次就是兩個(gè)編碼角蛋白的基因KRT35，LOC100524022。黑色皮膚相對(duì)于白色皮膚組織有8個(gè)基因表達(dá)顯著下調(diào)，包括S100A7，SI00A8，SI00AI2，SI00A9，C14H10orf99，ARG1，LOCI00738912和MMP1。他們的

4、log2FC均在4和6之間，其基因的功能主要包括四個(gè)鈣結(jié)合蛋白S100A7，S100A8，SI00AI2和SI00A9，一個(gè)基質(zhì)金屬蛋白酶（MMP1），一個(gè)精氨酸酶(ARG1)。對(duì)表達(dá)差異基因進(jìn)行GO分析顯示，在黑色皮膚中表達(dá)上調(diào)的基因LOCI00524022，LOC100622023，LOCI00519107，KRT74和LOC106504189顯著富集(p=0.0008)于角蛋白，因而推測(cè)黑色皮膚和白色皮膚所使用的角蛋白有所不同。差