基于非天然氨基酸進(jìn)行TRAG-3抗原表位的改造及親和力分析.pdf

1、目的:利用非蛋白氨基酸對(duì)TRAG-3(58-66)( ILLRDAGLV) CTL表位肽進(jìn)行結(jié)構(gòu)修飾,以期篩選到既能克服肽酶水解,又能在體激發(fā)較強(qiáng)CTL反應(yīng)的高親和性CTL模擬表位,為進(jìn)一步探索基于非蛋白氨基酸CTL模擬表位設(shè)計(jì)高效擬肽疫苗奠定基礎(chǔ)。
　　方法:首先,利用非天然氨基酸對(duì) TRAG-3(58-66)( ILLRDAGLV) CTL表位的各個(gè)天然氨基酸位點(diǎn)進(jìn)行替換,即氨基酸由 L型替換為 D型,得到修飾的肽配體(Alt

2、ered peptide ligands. APLs);然后,借助本實(shí)驗(yàn)室的SCI O2工作站及并行計(jì)算系統(tǒng),并對(duì)APLs與HLA-A*0201分子的三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行分子模擬研究與實(shí)驗(yàn)相結(jié)合,進(jìn)行CTL模擬表位的高通量篩選,從中篩選出2條MHC親和力較高的APLs合成、純化和鑒定;最后,通過體外經(jīng)典的T2肽結(jié)合實(shí)驗(yàn)和多肽在人血漿中穩(wěn)定性實(shí)驗(yàn)分析各肽在體內(nèi)抗酶解的能力以及其半衰期。
　　結(jié)果:利用非天然氨基酸對(duì) TRAG-3(58-66

3、)( ILLRDAGLV) CTL表位的各個(gè)天然氨基酸位點(diǎn)進(jìn)行替換,得到了8條 CTL模擬表位肽( APLs)——P1 TRAG-3(58-66) I(D)LLRDAGLV、P2 TRAG-3(58-66) IL(D)LRDAGLV、P3 TRAG-3(58-66 ILL(D)RDAGLV、P4 TRAG-3(58-66) ILLR(D)DAGLV、 P5 TRAG-3(58-66)ILLRD(D)AGLV、 P6 TRAG-3(58-

4、66) ILLRDA(D)GLV、P8 TRAG-3(58-66)ILLRDAGL(D)V、P9 TRAG-3(58-66)ILLRDAGLV(D);利用計(jì)算機(jī)分子模擬研究,我們得到2條CTL模擬表位肽P5 TRAG-3(58-66) ILL RD(D) AG LV、P6 TRAG-3(58-66) ILLRDA(D)GLV,與HLA-A*0201分子相互作用,其氫鍵數(shù)目分別為12、8,P5比天然表位肽(氫鍵數(shù)目為11)要多,P6較天然

5、表位肽略少,且錨定殘基(P2—P9)的距離分別為18.38,16.29,均滿足大部分HLA-A*0201限制性CTL表位的錨定殘基在15—20?之間的要求,其溶劑可及表面積P5中的P2為0,P9為0.193?2, P6中P2為0.386?2,P9為0.902?2,均分別小于天然表位肽中P2為1.401?2,P9為3.035?2,故綜上所述,我們得到2條CTL模擬表位肽P5 TRAG-3(58-66) ILL RD(D) AG LV、P6

6、 TRAG-3(58-66) ILLRDA(D)GLV,與HLA-A*0201分子相互作用,其親和力較天然表位肽要更好;通過體外經(jīng)典的T2肽結(jié)合實(shí)驗(yàn),也驗(yàn)證了與計(jì)算機(jī)分子模擬研究同樣的結(jié)果,FI值分別為1.50,2.09,均較天然表位肽(FI值為1.49)要更好。
　　結(jié)論:利用非蛋白氨基酸替換相對(duì)應(yīng)位點(diǎn)的天然氨基酸進(jìn)行結(jié)構(gòu)改造得到的8個(gè)APLs,通過計(jì)算機(jī)分子模擬研究篩選得到兩條親和力較天然表位更好的模擬表位肽,然后通過體外的親