肌脂蛋白單體和多聚體氯離子通透性的分子模擬研究.pdf

1、Sarcolipin(SLN)是一種位于肌漿網(wǎng)中的小分子膜蛋白，它可以與肌漿網(wǎng)鈣泵(SERCA)結(jié)合并調(diào)節(jié)其活性。同時(shí)，SLN本身可以在肌漿網(wǎng)膜中自組裝形成五聚體并實(shí)現(xiàn)一定的功能。有研究認(rèn)為SLN的五聚體具有離子通道的作用。
　　本文通過分子動(dòng)力學(xué)模擬的方法探索了SLN在肌漿網(wǎng)膜中對(duì)氯離子的通透作用。首先基于PLB的三維結(jié)構(gòu)，通過同源建模的方法建立了嵌入肌漿網(wǎng)膜中的單體和五聚體SLN的三維結(jié)構(gòu)，隨后各對(duì)兩種結(jié)構(gòu)進(jìn)行了15ns的分子

2、動(dòng)力學(xué)模擬來優(yōu)化模型結(jié)構(gòu)。本文通過平均力勢(shì)和加權(quán)直方圖的方法分別計(jì)算了氯離子通過在膜上的SLN單體以及SLN五聚體自由能的變化，討論了SLN單體和五聚體在肌漿網(wǎng)膜上的Cl-通透性的問題。
　　模擬研究發(fā)現(xiàn)，當(dāng)Cl-通過單體SLN在膜形成的孔道時(shí)，需要克服約130kJ/mol的自由能勢(shì)壘;說明在這種結(jié)構(gòu)下，氯離子不可能通過。然而當(dāng)氯離子通過五聚體SLN在膜上形成的孔道時(shí)，只需克服約40kJ/mol勢(shì)壘，所需的能量大大降低。以上結(jié)果說