腫瘤異質(zhì)性研究的非負(fù)矩陣分解模型.pdf

1、癌癥是一類由于細(xì)胞分裂和凋亡機(jī)制失常而導(dǎo)致的疾病，經(jīng)常表現(xiàn)為惡性腫瘤。腫瘤異質(zhì)性是惡性腫瘤的特征之一，由于無法全面解析它的亞克隆結(jié)構(gòu)，加上治療后容易產(chǎn)生抗藥性和發(fā)生轉(zhuǎn)移，給治療提出極大的挑戰(zhàn)。DNA甲基化作為DNA分子的表觀遺傳修飾，被認(rèn)為是腫瘤和其它人類疾病發(fā)生的原因。通過DNA甲基化估計(jì)腫瘤內(nèi)部各個(gè)亞群的比例有助于了解腫瘤的發(fā)展過程，并能提出合理的個(gè)體化用藥和治療方案。
　　本研究介紹了腫瘤純度估計(jì)和差異甲基化分析的若干計(jì)算方

2、法。分別利用TCGA數(shù)據(jù)庫中不同類型的分子數(shù)據(jù)建立了基于非負(fù)矩陣分解和二次規(guī)劃的腫瘤異質(zhì)性分解的如下幾個(gè)計(jì)算模型：基于DNA甲基化的腫瘤異質(zhì)性分解模型；基于基因表達(dá)的腫瘤異質(zhì)性分解模型；聯(lián)合DNA甲基化基因表達(dá)的腫瘤異質(zhì)性分解模型。數(shù)據(jù)模擬發(fā)現(xiàn)，我們的方法可以成功地估計(jì)出腫瘤內(nèi)部各個(gè)亞群的比例，并且基于多數(shù)據(jù)整合的模型相對(duì)于單個(gè)數(shù)據(jù)類型具有更高的準(zhǔn)確度。作為一個(gè)特例，我們的方法對(duì)于腫瘤純度（設(shè)定腫瘤亞群落數(shù)量為2）的估計(jì)也與Infini