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1、隨著生命科學(xué)的發(fā)展,蛋白質(zhì)組學(xué)已經(jīng)成為了重要的研究領(lǐng)域。其中,蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的分析研究已經(jīng)成為一個(gè)重要的課題。通過分析蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),挖掘其中的蛋白質(zhì)復(fù)合物和功能模塊,揭示生命發(fā)展的規(guī)律。這一課題主要涉及三方面的內(nèi)容:第一,蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)集的形成;第二,數(shù)據(jù)分析和挖掘的方法;第三,結(jié)果的評(píng)價(jià)。
本文收集了突變頻率較高的19個(gè)乳腺癌基因的相關(guān)蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù),通過整合形成了所有物種的乳腺癌高頻突變基因的蛋白質(zhì)相互作
2、用數(shù)據(jù)集ABPPI和人類乳腺癌高頻突變基因的蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)集HBPPI。并運(yùn)用Cytoscape生物信息分析軟件形成了兩個(gè)數(shù)據(jù)集的可視化蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。然后,運(yùn)用K-medoids圖聚類算法和MCODE圖聚類算法對(duì)兩個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行了聚類。兩種圖聚類算法雖然各有優(yōu)勢(shì),但是也都有不足之處。K-medoids圖聚類算法初始化敏感,聚類結(jié)果多樣化。MCODE圖聚類算法所生成的簇不一定稠密。采用DBindex指標(biāo)對(duì)聚類結(jié)果進(jìn)行評(píng)價(jià),MCOD
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