蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)演化模型.pdf

1、伴隨著后基因組時代的到來，人們已經(jīng)克服了獲取基因結(jié)構(gòu)信息的難度；基因的功能問題將成為研究的熱點(diǎn)。大多數(shù)基因的最終產(chǎn)物是相應(yīng)的蛋白質(zhì)分子，因此要認(rèn)識基因的功能，必然要研究基因所表達(dá)的蛋白質(zhì)分子的功能。蛋白質(zhì)的功能往往體現(xiàn)在與其他蛋白質(zhì)的相互作用之中，細(xì)胞各種重要的生理過程，包括信號的轉(zhuǎn)導(dǎo)，細(xì)胞對外界環(huán)境及內(nèi)環(huán)境變化的反應(yīng)，新陳代謝等，都是以蛋白質(zhì)間的相互作用為紐帶，并形成網(wǎng)絡(luò)。近年來，蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的研究成了蛋白質(zhì)組學(xué)的核心內(nèi)容之一。

2、 生物學(xué)家想知道每個蛋白質(zhì)分子的分子功能、屬于哪條細(xì)胞回路以及每個蛋白質(zhì)分子在細(xì)胞回路中的定位。本文在分析釀酒酵母蛋白質(zhì)分子物質(zhì)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，提出了一種基于馬氏過程的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)演化模型。模型中，任意兩個蛋白質(zhì)分子相互作用的概率正比于它們表層的疏水殘基個數(shù)之和；并且，通過引入類似溫度的系統(tǒng)參數(shù) 來調(diào)節(jié)細(xì)胞內(nèi)的噪音水平。最終，我們得到了在不同噪音水平下，細(xì)胞內(nèi)任意一個蛋白質(zhì)分子參予細(xì)胞生理過程的概率，實現(xiàn)了在基因組水平上分析