基于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡拓撲結構的蛋白質(zhì)功能模塊預測.pdf

1、蛋白質(zhì)是生命活動的直接執(zhí)行者,參與生命的幾乎所有過程,如遺傳、發(fā)育、繁殖、物質(zhì)和能量的代謝、應激等等。揭示生物體內(nèi)成千上萬種蛋白質(zhì)的具體功能、完成功能的機制等是蛋白質(zhì)研究的核心內(nèi)容,是后基因組時代生命科學研究重要領域。在破譯了基因序列的后基因組時代,隨著系統(tǒng)生物學實驗的快速發(fā)展,產(chǎn)生了大量的蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù),利用這些數(shù)據(jù)尋找功能模塊及預測蛋白質(zhì)功能是蛋白質(zhì)組學最富有挑戰(zhàn)性的問題之一。它的研究不僅可以直接闡明生命體在生理或病理條件下的變

2、化機制,而且對生物制藥、農(nóng)業(yè)生物科技等應用領域同樣具有直接的指導作用。
　　本文在深入分析現(xiàn)有蛋白質(zhì)功能預測方法的基礎上,對蛋白質(zhì)功能預測問題進行了深入研究,提出了一種新的蛋白質(zhì)功能預測模型,并進行了相應的實驗分析,取得了較好的結果。論文主要工作包括:
　　(1)總結了現(xiàn)有蛋白質(zhì)功能預測技術。本文從蛋白質(zhì)序列、結構與相互作用入手,系統(tǒng)分析了蛋白質(zhì)功能預測研究現(xiàn)狀,歸納總結出了當前蛋白質(zhì)功能預測所面臨的挑戰(zhàn)和困難,據(jù)此給出了本

3、學位論文的研究內(nèi)容。
　　(2)提出一種更優(yōu)越的蛋白質(zhì)功能路徑搜索方法,采用雙向路徑搜索,選取最優(yōu)路徑。與傳統(tǒng)的各類路徑搜索方法相比較,速度更快,對網(wǎng)絡拓撲結構挖掘更深入。并在酵母蛋白質(zhì)網(wǎng)絡的測試中取得了證實。
　　(3)提出并實現(xiàn)了基于相互作用的蛋白質(zhì)功能預測模型。蛋白質(zhì)是通過與其他蛋白質(zhì)直接或間接的相互作用執(zhí)行其功能的。據(jù)此本文提出了一種結合蛋白質(zhì)相互作用與“小世界網(wǎng)絡”特性的蛋白質(zhì)功能預測新模型。該模型將蛋白質(zhì)相互作用