用DNA序列探討壁虎科蜥蜴間的關(guān)系和云南半葉趾虎的種群結(jié)構(gòu).pdf

1、基于12SrRNA基因全序列及C-mos基因序列片段探討了壁虎科(Gekkonidae)蜥蜴的屬間關(guān)系；用Cyt b基因全序列和ND2-tRNA<'Tyr>基因片段初步研究了云南半葉趾虎(Hemiphyllodactylus yunnanensis)的種群結(jié)構(gòu)；用12SrRNA基因全序列探討了中國壁虎屬(Gekko)七物種間的系統(tǒng)關(guān)系。 1壁虎科蜥蜴的屬間關(guān)系 壁虎科包括了壁虎類蜥蜴85％的屬，廣泛分布于所有大陸及幾乎

2、全部島嶼。到目前為止，壁虎科是壁虎類蜥蜴中屬間關(guān)系最不清楚的一個分支。本研究獲得了壁虎科34個屬和鱗腳虎科2個屬的C-mos基因部分序列和線粒體12S rRNA基因全序列。最大簡約法(MP)和最大似然法(ML)用軟件PAUP 4.0b10進(jìn)行分析。貝葉斯法分析應(yīng)用MrBayes 3.084軟件。按照多數(shù)一致原則(>50％)構(gòu)建一致樹。所有的系統(tǒng)發(fā)生樹都支持壁虎科是單系的。在一致樹中，壁虎科共分為A-F六個支，這六個分支與傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)分組

3、之間有著較大的差異。從構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹中可以發(fā)現(xiàn)Sphaerodactylus位于壁虎亞科的內(nèi)部。結(jié)果同時也顯示除Ailuronyx之外，Teratoscincus+Pristurus是壁虎科其他壁虎的姐妹群，這在一定程度上證明了沙虎亞科的有效性。因此將球趾虎族提升為球趾虎亞科，還是維持Kluge(1987)的球趾虎族，以及沙虎亞科的有效性問題還值得進(jìn)一步研究。 2云南半葉趾虎的種群結(jié)構(gòu) 采自云貴高原的9個地點的云南半

4、葉趾虎共41個個體，囊括了傳統(tǒng)分類的四個亞種。獲得所有樣本的Cytb基因的全序列和31個樣本的ND2-tRNA<'Tyr>基因片段。用MEGA 3.O軟件分析DNA序列差異，定義單元型，并計算亞種內(nèi)及亞種間的遺傳距離(P距離)。根據(jù)Cyt b基因的全序列和ND2-tRNA<'Tyr>基因片段均定義了22個單元型。亞種內(nèi)Cyt b基因的平均遺傳距離為0.09-9.88％： ND2-tRNA<'Tyr>基因的平均遺傳距離為0.37-10.3

5、7％。亞種之間的遺傳距離(Cyt b： 18.33-21.89％：ND2-tRNA<'Tyr>：14.97-18.43％)遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于亞種內(nèi)的距離，僅一個例外就是指名亞種與金平亞種之間的距離(Cyt b：5.30[％]；ND2-tRNA<'Tyr>：4.33％) 較小。用DnaSP 3.14軟件計算各地方種群內(nèi)的核苷酸多樣性(π)和單元型多樣性(h)，分析結(jié)果顯示，云南半葉趾虎具有極高的核苷酸和單元型多樣性。最大簡約法(MP)和最大似然法(

6、ML)用軟件PAUP 4.0b10進(jìn)行分析。貝葉斯法分析應(yīng)用MrBayes 3.084軟件?；趦啥尾煌幕蚝腿N不同的方法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)生樹表明云南半葉趾虎分為兩個單系群。用AMOVA 1.55軟件分析種群的分化和種群結(jié)構(gòu)的地理格局，結(jié)果建議將云南半葉趾虎分為三組。傳統(tǒng)的金平亞種與指名亞種關(guān)系比較近，分為一組，而龍陵亞種和獨山亞種則分別屬于另外兩組。 3中國壁虎屬七物種間的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系 壁虎屬(Gekko)在中國有1

7、1個種。本研究測定了壁虎屬7個種的12S rRNA基因全序列。用MEGA 2.0軟件分析DNA序列差異。最大簡約法(MP)和最大似然法(ML)用軟件PAUP 4.0b10進(jìn)行分析。貝葉斯法分析應(yīng)用MrBayes 3.084軟件。分析結(jié)果表明大壁虎與小型壁虎之間的遺傳距離(23.19-26.36％，平均為24.94[％])比這6種小型壁虎之間的遺傳距離(10.53-18.98％，平均為15.03％)要大很多。而且，大壁虎與小型壁虎之間的遺

8、傳距離和已報道的蜥蜴類12S rDNA的屬間距離不相上下。在重建的分子系統(tǒng)樹中，壁虎屬內(nèi)除大壁虎之外的6種小型壁虎以很高的置信度聚集成一個單系群，大壁虎作為壁虎屬中最原始的一員與屬內(nèi)其他種類以極高的置信度形成姐妹群的關(guān)系。因此，是否將大壁虎與小型壁虎分建新屬值得進(jìn)一步探討。鉛山壁虎與多疣壁虎分別屬于兩個不同的單系群，而它們之間的遺傳距離達(dá)到15.28％，從分子水平上進(jìn)一步證實了鉛山壁虎作為一個種的有效性。從分子水平揭示的小型壁虎親緣關(guān)系