線蟲中新的snoRNAs的分離鑒定.pdf

1、SnoRNA是目前發(fā)現(xiàn)數(shù)量最多，結(jié)構(gòu)功能和基因表達(dá)研究較為清楚的一類非編碼RNA(ncRNA)，廣泛存在于各種真核細(xì)胞以及古細(xì)菌細(xì)胞的核仁中。根據(jù)結(jié)構(gòu)和功能，它可以分為：boxC/DsnoRNA和boxH/ACAsnoRNA，以及獨(dú)立于這兩類之外的MPR/7-2RNA。SnoRNA在結(jié)構(gòu)、功能以及基因組織表達(dá)、生物合成等方面具有多樣性。秀麗隱桿線蟲(Caenorhabditiselegans，C.elegans)是一種很好的模式生物，基

2、因組中存在相當(dāng)數(shù)量的snoRNA，但目前研究?jī)H鑒定出28種。鑒定C.elegans基因中snoRNA，不僅對(duì)闡明動(dòng)物及人類snoRNA的結(jié)構(gòu)、功能以及基因組織和表達(dá)特點(diǎn)有著重要意義，而且可以為最終闡明ncRNA在細(xì)胞中的作用提供依據(jù)。 本論文以C.elegans為材料，采用本實(shí)驗(yàn)室建立的實(shí)驗(yàn)RNA組學(xué)方法——錨定引物法，利用錨定引物CD-d(T)16和ACA-d(T)16分別構(gòu)建了C.elegans的boxC/DsnoRNA和b

3、oxH/ACAsnoRNA的cDNA文庫(kù)。運(yùn)用5S、5.8S、23S三個(gè)rRNA特異性引物序列，菌落PCR優(yōu)化篩選ACA文庫(kù)，降低rRNA克隆干擾。本實(shí)驗(yàn)測(cè)序分析了近270個(gè)序列，共獲得17種新boxC/DsnoRNA，12種新boxH/ACAsnoRNA，4種已報(bào)道的boxH/ACAsnoRNA，以及4種其它類型的ncRNA。 對(duì)29種新snoRNA進(jìn)行結(jié)構(gòu)功能分析和功能同源性比較發(fā)現(xiàn)：16種boxC/DsnoRNA具有與rR

4、NA或snRNA配對(duì)的反義序列，推測(cè)指導(dǎo)特定位點(diǎn)核苷酸的2′-O-甲基化修飾；9種boxH/ACAsnoRNA具有與rRNA配對(duì)的反義序列，推測(cè)指導(dǎo)特定位點(diǎn)核苷酸的假尿嘧啶化修飾。部分snoRNA在其他物種中找到了功能同源分子，大部分snoRNA在C.briggase基因組中具有相似序列?；蚪M織分析結(jié)果表明，29種snoRNA分布于6條染色體上，12種位于基因間隔區(qū)，16種位于基因內(nèi)含子中，1種跨越基因內(nèi)含子和外顯子。這些snoRNA