保加利亞乳酸桿菌2038株全基因組測序中的文庫構建與缺口補平.pdf

1、蘭州大學碩士學位論文保加利亞乳酸桿菌2038株全基因組測序中的文庫構建與缺口補平姓名：韓輝申請學位級別：碩士專業(yè)：植物學指導教師：曹儀植20060501摘要保加利亞乳酸桿菌是一種常見的存在于發(fā)酵食物或飲料中的革蘭氏陽性細菌。這種細菌在以酸奶酪為主的發(fā)酵中起著非常重要的作用，對這種細菌的全基因組進行測序?qū)⒂兄谌祟惛?、更深入地認識其生理特點和發(fā)酵機理，最終為人類對其的改良提供很好的幫助。本課題采用“全基因組鳥槍法”(Whole—Gen

2、ome，Shotgun)對保加利亞乳酸桿菌2038株進行全基因組測序。因為本課題是一個巨大的工程，不可能由一個人單獨完成，所以我在本課題中只參加了部分文庫構建和缺口補平的工作。shotgun測序過程需要構建小片段(16—4kb)和大片段(6—8kb)兩個不同的測序文庫。首先選取164kb長度的片段克隆KpUCl8／Smal／BAP載體構建小片段文庫，后選取2—3kb長度的片斷克隆入低拷貝載體pSMARTLC中構建小片段文庫，再選取6—8

3、kb長度的片段克隆入低拷貝載體pSMART—LC。在大規(guī)模測序由工作組的其他成員完成后，所有序列經(jīng)phrap組裝后，Contig之間的缺口有120個，序列缺口的填補是通過在相應Contig的末端設計外延性引物，以跨越而過的質(zhì)粒為模板直接進行測序，物理缺El的填補則有所不同，首先需用PCR方法擴增出這些區(qū)域的DNA片段，然后再對PCR產(chǎn)物測序后進行填補。最終得到了完整的一條環(huán)狀染色體序列，長1，872，907bp，復制的起始點定位于開始測