野生夏葡萄PR3和PR5基因的克隆及生物信息學(xué)分析.pdf

1、根據(jù)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)信息，本文設(shè)計(jì)了特異引物，從野生夏葡萄葉片克隆了PR3和PR5基因。利用公共數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)，采用生物信息學(xué)的理論和方法，對(duì)獲得的野生夏葡萄病程相關(guān)蛋白基因進(jìn)行了較全面的性質(zhì)分析。為后續(xù)的功能研究提供理論基礎(chǔ)，也為利用生物信息學(xué)方法深入研究功能基因提供新的思路。主要研究?jī)?nèi)容結(jié)果如下：
　　 ⑴根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)信息，成功克隆出野生夏葡萄PR3和PR5基因。
　　 ⑵采用生物信息學(xué)方法進(jìn)行信號(hào)肽分析，結(jié)果表明，PR

2、3很可能是具有信號(hào)肽的分泌型蛋白，而PR5具有信號(hào)肽的可能性很小。
　　 ⑶運(yùn)用生物信息學(xué)的方法和工具對(duì)野生夏葡萄PR3和PR5基因的核苷酸和氨基酸序列進(jìn)行分析；并對(duì)它們的疏水性/親水性、跨膜結(jié)構(gòu)域、蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)、三級(jí)結(jié)構(gòu)和功能結(jié)構(gòu)域進(jìn)行預(yù)測(cè)和分析。這些預(yù)測(cè)和分析結(jié)果表明：野生夏葡萄PR3的功能域是chitinase，PR5的功能域是thaumatin。
　　 ⑷NCBI上的電子表達(dá)譜分析表明野生夏葡萄PR3和PR5可

3、能在葡萄多種器官中表達(dá)，但不同的PR基因在不同的組織中表達(dá)強(qiáng)弱不同。
　　 ⑸用PlantCARE分析野生夏葡萄PR3和PR5基因的啟動(dòng)子，發(fā)現(xiàn)它們具有啟動(dòng)子的基本元件TATA-box、CAAT-box，并含有真菌誘導(dǎo)元件Box-W1及與防御和脅迫相關(guān)的作用元件TC-rich repeats，還包含與水楊酸相關(guān)的作用元件TGA-element，與脫落酸相關(guān)的作用元件ABRE，與茉莉酸甲酯相關(guān)的作用元件CGTCA-motif和TG