香港海鷗菌感染宿主的流行病學(xué)調(diào)查、致病性及基因組序列分析.pdf

1、研究目的:
　　1.為了解不同宿主香港海鷗菌（Laribacter hongkongensis，LH）的檢出情況，收集廣州市某醫(yī)院門診腹瀉患者、肝病住院患者、健康人群、野生型褐家鼠糞便標(biāo)本及淡水產(chǎn)品腸標(biāo)本進(jìn)行檢測。
　　2.為進(jìn)一步研究香港海鷗菌的致病機(jī)制，以裸鼠為動(dòng)物模型，探討不同宿主來源菌株的致病性。
　　3.為了解不同宿主來源的LH的基因組相似性和差異性，通過全基因組測序，對(duì)基因組的特點(diǎn)、多態(tài)性等進(jìn)行分析。

2、>　　研究方法:
　　1.標(biāo)本收集:收集門診腹瀉患者、肝病病人及健康人群糞便標(biāo)本;采集褐家鼠糞便標(biāo)本及淡水產(chǎn)品（草魚、虎紋蛙）腸拭子。
　　2.LH菌株的分離鑒定:生化初篩及PCR擴(kuò)增特異性片段確認(rèn)。
　　3.LH菌株的耐藥性表型測定:紙片擴(kuò)散法。
　　4.MLST分型:采用港大的MLST方案，確定LH菌株的等位基因譜及ST號(hào)。
　　5.LH感染裸鼠:采用經(jīng)口灌胃方式，共6個(gè)實(shí)驗(yàn)組和1個(gè)對(duì)照組。實(shí)驗(yàn)組有腹瀉

3、病人來源株HLHK9和LH679、肝病病人分離株LHNF250、褐家鼠分離株LHR251、草魚分離株LHY19、虎紋蛙分離株LHW73。
　　6.基因組測序:采用第二代測序技術(shù)Illumina HiSeq2000，測序的菌株包括LHNF250、LHR251、LHY19、LHW73。
　　研究結(jié)果:
　　1.LH檢出情況:從600份肝病病人糞便標(biāo)本中分離到1株LH，腹瀉病人（168份）和健康人群糞便標(biāo)本（500份）未檢出

4、;野生型褐家鼠糞便標(biāo)本191份，檢出率為1.05％(2/191);草魚腸內(nèi)容物拭子37份，陽性率為32.4％(12/37);虎紋蛙腸內(nèi)容物拭子21份，陽性率為71.4％(15/21)。
　　2.藥敏結(jié)果:30株LH對(duì)19種抗生素中的14種均存在一定程度的耐藥?？偰退幝首罡叩臑轭^孢噻吩(100％)，其次為頭孢唑啉(96.7％)、利福平(93.3％)、頭孢哌酮(93.3％);對(duì)頭孢吡肟、亞胺培南、氨曲南、慶大霉素和阿米卡星5種抗生素均

5、表現(xiàn)為敏感。
　　4.MLST分型:肝病病人分離株LHNF250和褐家鼠分離株LHR251、LHR398的分型分別為ST-162、ST-163、ST-164。譜系及聚類分析顯示ST-162、ST-163和ST-164分散存在，鼠源分離株R398與人源分離株的親緣關(guān)系較近。
　　5.LH感染裸鼠:6個(gè)實(shí)驗(yàn)組的所有裸鼠均未發(fā)生腹瀉，病理切片顯示結(jié)腸組織的病變程度（退變、炎性細(xì)胞浸潤和腸粘膜萎縮）從高到低分別為:LH679、HLH

6、K9、LHW73＞LHR251＞LHY19、LHNF250，肝臟組織的病變程度（肝血竇擴(kuò)張、干細(xì)胞水腫和淋巴細(xì)胞浸潤）從高到低為:LH679＞HLHK9、LHW73＞LHR251＞LHY19、LHNF250。
　　6.基因組序列分析:LHNF250、LHR251、LHY19、LHW73的基因組大小分別為3，072，799bp、3，063，288bp、3，265，250bp、3，205，168bp;預(yù)測編碼基因分別有2，880個(gè)、2

7、，879個(gè)、3，113個(gè)、3，031個(gè);基因組平均GC含量分別為62.35％、62.40％、62.53％、62.48％;分別有65個(gè)、63個(gè)、62個(gè)、64個(gè)tRNA。
　　研究結(jié)論:
　　1.從一名肝硬化病人的糞便中分離到LH，提示肝硬化可能為LH感染的潛在危險(xiǎn)因素;從褐家鼠糞便中檢出LH，提示褐家鼠可能是除人和淡水生物以外的另一個(gè)LH的潛在宿主;LH在淡水魚和虎紋蛙的陽性率與之前文獻(xiàn)報(bào)道的一致。上述發(fā)現(xiàn)有助于更加全面了解L

8、H在自然界中的分布情況。
　　2.所有LH分離株至少對(duì)1個(gè)種類的抗生素表現(xiàn)耐藥。大部分菌株對(duì)利福平及第一、三代頭孢菌素類抗生素表現(xiàn)為耐藥，而對(duì)第二、四代頭孢菌素類表現(xiàn)為較低的耐藥性。
　　3.肝病病人和褐家鼠分離株為新的ST型，聚類分析提示鼠來源株與腹瀉病人來源株有更近的親緣關(guān)系，但兩者之間的聯(lián)系有待進(jìn)一步研究。
　　4.根據(jù)結(jié)腸組織及肝臟組織的病理切片顯示的不同程度病變提示提示菌株間的毒力可能存在差異性;初步探討了不