蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)對(duì)接方法的研究.pdf

1、該文包括三個(gè)部分.第一部分,針對(duì)自由態(tài)分子對(duì)接問(wèn)題,提出了一個(gè)有效的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)軟對(duì)接方法;第二部分,在軟對(duì)接方法的基礎(chǔ)上,我們發(fā)展了一個(gè)依賴于復(fù)合物類型的分子對(duì)接算法;第三部分是關(guān)于對(duì)接算法中打分函數(shù)的研究.論文的主要研究?jī)?nèi)容包括以下方面:(1)在WOdak和Janin的剛性對(duì)接算法基礎(chǔ)上,針對(duì)自由態(tài)分子對(duì)接問(wèn)題,提出了一個(gè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)軟對(duì)接方法.(2)在軟對(duì)接方法的基礎(chǔ)上,我們對(duì)過(guò)濾方案作了進(jìn)一步的改進(jìn),得到了依賴于復(fù)合物類型的

2、分子對(duì)接方法.根據(jù)復(fù)合物界面的特性,對(duì)蛋白酶-抑制劑類、抗原-抗體類和其它類復(fù)合物采用不同的過(guò)濾方法,其中考慮了界面幾何匹配、疏水性和靜電互補(bǔ)性.用該方法對(duì)46個(gè)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)復(fù)合物體系進(jìn)行了對(duì)接測(cè)試,其中有25個(gè)蛋白酶-抑制劑類、11個(gè)抗體-抗原類、10個(gè)其它類型,結(jié)果全部找到了近天然結(jié)構(gòu),并有30個(gè)體系的近天然構(gòu)象排在了前20位.與第一部分的軟對(duì)接算法相比,依賴于復(fù)合物類型的對(duì)接方法抓住了不同類型復(fù)合物中分子間相互作用與識(shí)別的重要差