胃癌外周血基因標(biāo)志物研究.pdf

1、目的：
　　通過收集和分析胃癌患者及對照組的血液全基因表達(dá)譜的找出與胃癌相關(guān)的血液基因標(biāo)志物。
　　方法：
　　1、血樣收集：樣本于2014～2015年采集于安徽醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院包括：胃癌組36份血液樣本；健康對照組：55例；非胃癌的其他腫瘤對照組125例。
　　2、提取RNA和RNA的質(zhì)量控制：用PAXgene Blood RNA抽提試劑盒提取外周血總RNA。評估總RNA的濃度和純度。通過Agilent21

2、00生物分析儀檢測總RNA的片段完整性。
　　3、基因芯片雜交：全血RNA與基因芯片雜交分析，RNA樣品的基因表達(dá)譜利用Affymetrix表達(dá)控制臺軟件處理并經(jīng)MAS5算法標(biāo)準(zhǔn)化，使之可被比較分析差異。
　　4、基因芯片數(shù)據(jù)分析：運用SentinelPairTM, LogRegTM進(jìn)行分析運算，用蒙特卡洛方法(Monte Car lo Method)從大量的數(shù)據(jù)中加速尋找表達(dá)有顯著差異的基因組(gene panel)。比較

3、分析各基因組在各實驗組中的區(qū)別能力，甄別出符合假設(shè)的基因組。并用邏輯回歸統(tǒng)計分析方法評估上述基因構(gòu)成的基因組合對胃癌的診斷作用。
　　結(jié)果：
　　5、通過自我訓(xùn)練的邏輯回歸模型，研究確定了檢測胃癌的四個候選基因包括PURB, SMC1L1, DENND1B和PDCD4。這些基因表達(dá)在胃癌組與健康對照組對比顯示：其中兩個基因（PURB，DENND1B）在胃癌組中過表達(dá)（2.2倍，1.5倍）,另兩個基因（SMC1L1，PDCD4

4、）則呈低表達(dá)（-1.6倍，-1.7倍）。這個四基因組表達(dá)在胃癌與健康對照組之間呈線性倍增變化，差異有統(tǒng)計學(xué)意義（P<0.001）。
　　6、訓(xùn)練集中，這四個基因組顯示的ROC AUC為0.99，準(zhǔn)確率95％，敏感性90%，對健康對照組特異性為100%，對非胃癌的其他腫瘤對照組特異性為95%。
　　7、為了驗證這四個基因組的可能性是否僅僅由于隨機的機會，我們進(jìn)行了2倍交叉驗證，從中我們得出結(jié)論，所觀察到的4個基因組合的表現(xiàn)，不

5、可能是隨機的結(jié)果。
　　8、然后我們用上述建立在訓(xùn)練集上的數(shù)學(xué)預(yù)測模型來評估完全獨立樣本的測試集，評估的結(jié)果與預(yù)測模型在訓(xùn)練集的表現(xiàn)相似：ROC AUG為99%，準(zhǔn)確率94%，敏感性100%，對健康對照組特異性為100%，對非胃癌的其他腫瘤對照組特異性為88%。
　　9、將訓(xùn)練集和測試集的結(jié)果相結(jié)合，得出這個四個基因組診斷胃癌的準(zhǔn)確度為95%，敏感性為92%，特異性為96%。
　　結(jié)論：
　　本研究顯示了使用外周

6、血的基因表達(dá)譜檢測胃癌的可能性。研究發(fā)現(xiàn)了一個外周血四基因組的胃癌特異性基因標(biāo)志物，這個四基因組包含PURB[purine-rich element binding protein B], SMC1L1[structural maintenance of chromosomes1A], DENND1B[DENN/MADD domain containing1B]和PDCD4[programmed cell death4]四個基因。這一基