簡介：中圖分類號學校代碼10055UDC密級公開碩士學位論文貓傳染性腹膜炎病毒主蛋白酶與抑制劑復合物的晶體學研究CRYSTALLIZATIONPRELIMINARYCRYSTALLOGRAPHICSTUDYOFFELINEINFECTIOUSPERITONITISVIRUSMAINPROTEASEINCOMPLEXWITHANINHIBIT論文作者王金山指導教師周衛(wèi)紅教授申請學位理學碩士培養(yǎng)單位生命科學學院學科專業(yè)生物化學與分子生物學研究方向生物醫(yī)藥答辯委員會主席楊海濤評閱人米立志李鑫南開大學研究生院二○一五年五月南開大學學位論文原創(chuàng)性聲明南開大學學位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明所呈交的學位論文，是本人在導師指導下進行研究工作所取得的研究成果。除文中已經(jīng)注明引用的內(nèi)容外，本學位論文的研究成果不包含任何他人創(chuàng)作的、已公開發(fā)表或者沒有公開發(fā)表的作品的內(nèi)容。對本論文所涉及的研究工作做出貢獻的其他個人和集體，均已在文中以明確方式標明。本學位論文原創(chuàng)性聲明的法律責任由本人承擔。學位論文作者簽名王金山2015年5月14日非公開學位論文標注說明本頁表中填寫內(nèi)容須打印根據(jù)南開大學有關規(guī)定，非公開學位論文須經(jīng)指導教師同意、作者本人申請和相關部門批準方能標注。未經(jīng)批準的均為公開學位論文，公開學位論文本說明為空白。論文題目申請密級□限制≤2年□秘密≤10年□機密≤20年保密期限20年月日至20年月日審批表編號批準日期20年月日南開大學學位評定委員會辦公室蓋章有效注限制★2年可少于2年秘密★10年可少于10年機密★20年可少于20年

簡介：分類號華中農(nóng)業(yè)大學博士學位論文密級抗CRYLAC殺蟲晶體蛋白近等基因系小菜蛾中腸蛋白質(zhì)基因組學研究PROTEOGENOMICANALYSISOFTHEMIDGUTOFNEARISOGENICPLUTELLAXYLOSTELLALEPIDOPTERAPLUTELIDAESTRAINRESISTANTTOCRYLACTOXIN博士研究生朱勛學號2011301010065指導教師李建洪教授張友軍研究員指導小組吳青君教授王少麗副教授SIMONWBAXTER副教授專業(yè)農(nóng)藥學獲得學位名稱農(nóng)學博士研究方向昆蟲分子毒理學獲得學位時間華中農(nóng)業(yè)大學植物科學技術學院二。一四年六月抗CLYIAC殺蟲晶體蛋白近等基因系小菜蛾的中腸蛋白質(zhì)基因組學研究目錄摘要????????????????????????????????一IABSTRACT?????．?．．．．．．．．．．．．?．．?．．．．．．．?．．?．????????．????．?．．．．．．．．．．????III第1章前言?????????????????????????????．11．1蘇云金芽孢桿菌及小菜蛾概述????????????????????11．1．1蘇云金芽孢桿菌????????????????????????L1．1．2BT晶體毒蛋白的殺蟲機理及抗性?????????????????21．1．3小菜蛾及其危害????????????????????????31．1．4小菜蛾對蘇云金芽孢桿菌的抗性?????????????????41．2抗BT小菜蛾的生物學研究進展???????????????????．51．2．1小菜蛾對BT的交互抗性??．??????????????????51．2．2抗性遺傳方式?????????????????????????61．2．3抗性適合度代價????????????????????????81．3昆蟲抗性近等基因系的研究?????????????????????81．3．1近等基因系的研究????。??????????????????．81．3．2昆蟲抗性近等基因系?????????????????????．．101．4蛋白質(zhì)組學???????????????????????????．111．4．1蛋白質(zhì)基因組簡介??????????????????????．111．4．2蛋白質(zhì)組在昆蟲中腸研究中的應用???????????????．．121．4．2蛋白質(zhì)組ITRAQ技術???????????????????．141．4．3目標蛋白的質(zhì)譜定量檢測技術MRM?????????????151．5本研究目的意義和基本內(nèi)容????????????????????．161．5．1本研究的目的意義??????????????????????．．161．5．2本研究技術路線???????????????????????．17第2章小菜蛾抗CRYLAC近等基因系的建立與維持????????????182．1材料與方法???????????????????????????．．182．11試驗材料??????????????????????????．．18

簡介：摘要病毒的調(diào)控蛋白在病毒的基因表達與調(diào)控過程中具有重要的作用。BORF1是牛泡沫病毒編碼的唯一調(diào)控蛋白，能夠反式激活位于長末端重復序列和ENV基因內(nèi)部的啟動子。JDVTAT是JEMBRANADISEASEVIRUS編碼的反式調(diào)控因子可以通過結合RNA的TAR序列提高轉錄效率。工CPO和B工CPO分別是人疙疹病毒和牛疙疹病毒編碼的調(diào)節(jié)蛋白可以促進病毒基因的表達。本文以這上述四種蛋白為材料，經(jīng)PCR構建表達質(zhì)粒，并利用大腸桿菌進行表達。通過對誘導條件的優(yōu)化獲得可溶性表達蛋白，結果BORF1和工CPON端片斷在37℃即能夠可溶性表達，而JDVTAT和BICPO需要進行低溫誘導在18℃進行可溶性表達。在此基礎上根據(jù)不同蛋白的特性利用親合層析，離子交換層析和分子排阻層析等方法對蛋白進行純化，通過優(yōu)化條件，四種蛋白均獲得較高純度。對于純化效果理想的BORF1進行結晶相關研究，運用動態(tài)光散射和圓二色譜的方法對分子的均一性和二級結構進行測定。發(fā)現(xiàn)在溶液中BORFI是以多聚體的形式存在的，其二級結構中A螺旋的含量較低。利用氣相擴散法進行BORF1的晶體生長，摸索晶體生長的條件。實驗發(fā)現(xiàn)BORF1在以聚乙二醇PEG作為沉淀劑時，生成了類似晶體的沉淀，并在此基礎上進行晶體生長條件的優(yōu)化。關鍵詞病毒調(diào)控蛋白，蛋白表達，蛋白純化，氣相擴散法，結晶南開大學碩士畢業(yè)學位論文前言1前言11蛋白質(zhì)晶體學的基本原理和實驗方法111蛋白質(zhì)結晶的基本原理及主要影響因素生物大分子包括蛋白質(zhì)，多膚，核酸和多糖等及其復合體是細胞生命功能實現(xiàn)的基礎，生物大分子要發(fā)揮其生物學功能需要具備穩(wěn)定的特征的三維結構及三維結構在各個水平的運動，探求結構與功能的關系是當代分子生物學的中心問題之一。解析生物大分子的三維結構能夠為認識其功能提供新的視點，并有助于解釋己經(jīng)積累多年的生化數(shù)據(jù)。而且，精確的三維結構也是定點突變和分子設計的基礎。迄今為止，已有相當多的生物大分子的結構得到解析〔截止2004年4月，PDB中的結構己經(jīng)超過25,004個，其中大多數(shù)的生物功能已經(jīng)得到了深入研究，并基于結構對這些生物大分子進行了分類和相互關系的研究。蛋白質(zhì)結構的研究手段主要包括X射線衍射、核磁共振NMR、三維電鏡重組及中子衍射等。目前應用最廣泛的是X射線晶體衍射和核磁共振NMRX一射線晶體學適用于研究各種大小蛋白質(zhì)的結構，細菌核糖體30S小亞基和50S大亞基的晶體結構解析己經(jīng)先后完成。X一射線晶體學曾經(jīng)是蛋白質(zhì)結構測定的唯一手段，在現(xiàn)在和可見的將來仍將是原子水平上解析蛋白質(zhì)結構的最主要和最有效的手段。WIMBERLYBTETAL,2000要解析蛋白質(zhì)的結構，首先要得到高分辨率的蛋白質(zhì)晶體。與小分子結晶一樣，蛋白質(zhì)在溶液中達到過飽和狀態(tài)時，分子之間可以以規(guī)則的方式堆積起來形成晶體析出，也可以以無規(guī)則堆積方式形成沉淀。蛋白質(zhì)結晶學研究，簡而言之，就是尋找合適的溶液條件和合適的方法，使蛋白質(zhì)在過飽和溶液中以晶體形式析出，而不是形成沉淀。不同的蛋白質(zhì)具有不同的性質(zhì)，蛋白質(zhì)結晶沒有什么一成不變的規(guī)律可言。要得到蛋白質(zhì)的結晶，需要解決從蛋白克隆、表達、純化，到結晶條件篩選、條件優(yōu)化、等環(huán)節(jié)中可能出現(xiàn)的問題①蛋白質(zhì)純度對結晶的影響蛋白質(zhì)結晶過程中，雜質(zhì)、晶核，還有其他一些未知因素的存在，會對蛋白質(zhì)結晶產(chǎn)生影響。一般來說，蛋白質(zhì)純度越高，越有利于結晶。但有時也有例外，

簡介：中國科學技術大學碩士學位論文豆薯種子蛋白SPE31的分離純化、性質(zhì)研究和初步晶體學分析姓名常少杰申請學位級別碩士專業(yè)生化與分子生物學指導教師龔為民20030801星蔓苧王曼皇避塑坌壅絲垡絲墮塹壅塑塑壟曼箜堂坌塹摘要豆薯PACHYRRHIZUSEROSUS種子經(jīng)磷酸鹽緩沖液抽提，硫酸銨飽和沉淀，DEAESEPHAROSEFASTFLOW柱層析和SUPERDEX75HR10／30柱層析，提取出兩種含量較豐富的蛋白成分，根據(jù)它們在SDSPAGE中的表觀分子量為31KDA和32KDA而將二者分別命名為SPE31和SPE32。SDSPAGE電泳還顯示SPE31的含量要比SPE32的含量少而且二者在聚丙烯酰胺凝膠中的位置極為接近。用杠層析的方法將SPE31和SPE32分離開的嘗試是不成功的，SUPERDEX75HR10／30凝膠過濾層表明二者在溶液中均為單體。在非變性的聚丙烯酰胺凝膠電泳中純化出的蛋自樣品仍然是兩條帶，說明SPE31和SPE32既沒有共價連接也沒有通過非共價作用形成聚集體。在還原性條件下SPE3L和SPE32在SDSPAGE凝膠中的遷移律均小于它們在非還原性條件下的遷移律，表明二者均含有鏈內(nèi)二硫鍵。用雙向電泳和IEFPAGE測得SPE31的等電點為40，SPE32的等電點為42。在用高碘酸和西佛氏試劑相結合的糖蛋白檢測方法PAS方法中SPE31和SPE32均呈現(xiàn)紫色條帶，這表明在二者的多肽鏈上均含有共價結合的雜糖鏈。SPE31的N端20個氨基酸殘基的序列為DAPESWDWSKKGVITEVKFQ，SPE32的N端17個氨基酸殘基臼孽序列為F_XKKC／KEQPSSDDAPESW其中第五位的氨基酸殘基無法確定是半胱氨酸還是賴氨酸，二者之間6個氨基酸殘基的重疊DAPESW。對蛋白序列數(shù)據(jù)庫的同源性搜索結果顯示SPE31和SPE32應屬于木瓜蛋白酶家族的半胱氨酸蛋白酶。在凝膠中的蛋白酶活性檢測顯示SPE31具有明顯的降解明膠蛋白的活性，而SPE32只顯示出極微弱的蛋白酶活性。用懸滴氣象擴散法獲得了此豆薯種子蛋白樣品的質(zhì)量較好的晶體，非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳顯示發(fā)生結晶的是SPE31而不是SPE32。在室內(nèi)的X光源上進行了SPE31晶體261A衍射數(shù)據(jù)的收集，數(shù)據(jù)處理結果顯示晶體所屬的空間群為P41212或P43212，晶胞參數(shù)為AB6I。96凡C145。61A。此外還對在溶液中的SPE31蛋白酶活性檢測和通過RTPCR克隆SPE31的基因進行了有意義的嘗試。2

簡介：中國科學技術大學研究生院碩士研究生畢業(yè)論文GSAT與WTAP蛋白的初步晶體學分析研究生姓名指導教師姓名專業(yè)研究方向呂新懷滕脈坤教授牛立文教授生物化學與分子生物學結構生物學二零零六年八月中國科學技術大學碩士論文目錄刃33勞二篇人W了冷P剪必以及君菏探縈第一章綜述第一節(jié)磯LMS’TUMOUR33第二節(jié)WTI基因的結構與功能34第三節(jié)WTAP蛋白_37第二章實驗材料與方法__42第一節(jié)盯AP重組蛋白質(zhì)的表達與純化42第二節(jié)WTAP1一5毛ST表達質(zhì)粒的構建42第三節(jié)盯AP一GST胭TAP一HIS重組蛋白的表達、純化45第四節(jié)WTAP和賈TA即ISTAG生化性質(zhì)的鑒定46第五節(jié)WTAPWTAP一HIS一TAG晶體生長48第三章實驗結果與討論____48第一節(jié)WTAP一HISTAG重組蛋白質(zhì)的表達與純化48第二節(jié)WTAP毛ST表達質(zhì)粒的構建49第三節(jié)GS升盯AP重組蛋白的表達、純化和酶切50第四節(jié)WTAP和WTAP書ISTAG生化性質(zhì)的鑒定51第五節(jié)WTAP的晶體生長53第六節(jié)小結54參考文獻55附錄二57

簡介：中國科學技術大學博士學位論文酵母蛋白質(zhì)KTILLP的溶液構象研究及人的蛋白質(zhì)HSPC159的保守結構域的克隆、表達、純化和初步晶體學研究姓名孫建萍申請學位級別博士專業(yè)生物化學與分子生物學指導教師施蘊渝吳季輝20050501新的家族。我們解析的KTILLP溶液結構是CSL．類鋅結合蛋白質(zhì)家族中的笫一個結構，為該類蛋白質(zhì)的研究提供了一個精確的結構模版，對研究KTJLLP同源物的功能具有指導性意義，并且為今后詳盡闡述KTILLP在多個生物學過程中的作用提供了分子生物學的基礎。論文第二部分的第一章是對半乳糖結合凝集素的結構與功能研究進展的綜述。半乳糖凝集素GALECTIN廣泛存在于各種動物體內(nèi)，含有一個或者多個能特異性地結合B一半乳糖苷的保守性糖識別結構域CRD。該章對GALECTIN的分泌，結構，分類，特性做了詳細的綜述。GALECTIN種類繁多，并且隨著各項測序計劃的發(fā)展，越來越多的GALECTIN成員被發(fā)現(xiàn)。它們功能復雜，可能參與細胞與細胞、細胞與細胞間質(zhì)之間的相互作用，細胞粘附、凋亡、免疫反應以及癌癥等多種生物學過程。HSPCI59是新近發(fā)現(xiàn)在一個GALECTIN家族的成員，它雖然含有保守的CRD區(qū)域，但是只含有糖結合關鍵的7個保守殘基中的兩個，可能不具有糖結合活性。第二章詳細介紹了HSPCI59蛋白質(zhì)的表達，其保守結構域基因的亞克隆、表達純化以及合作進行的晶體學初步的研究。該蛋白質(zhì)的功能目前還沒有報道，我們對可能進行的功能研究進行了討論。

簡介：西北大學碩士學位論文酵母蛋白DOA1（UFD3）的原核表達、純化、晶體生長及結構生物學研究姓名劉勇申請學位級別碩士專業(yè)微生物學指導教師劉建玲20080603PROKARYOTICEXPRESSION，PURIFICATION，CRYSTALLIZATIONOFYEASTDOALUFD3PROTEINANDANALYSISOFDOALSTRUCTUREABSTRACTPROTEINDEGRADATIONMEDIATEDBYUBIQUITINPROTEASOMEPATHWAYISANIMPORTANTMECHANISMWHICHMODULATESCELLULARPROTEINACTIVITYANDFUNCTIONDOAL，BELONGINGTOPLAAFAMILYPROTEINS，WASFIRSTLINKEDTOTHEUBIQUITINPROTEASOMEPATHWAYITISKNOWNTOPLAYAKEYROLEDURINGUBIQUITINDEPENDENTPROTEINDEGRADATION，ANDCANBINDDIRECTLYTOUBIQUITINANDCDC48TOFACILITATECDC48RECRUITMENTOFUBIQUITINCDC48ISANAAAATPASEMOLECULARCHAPERONETHATCANINTERACTWITHUBIQUITINBINDINGCOFACTORSTOFACILITATEITSCELLULARFUNCTIONSINTHISPAPERWEWILLSOLVETHESTRUCTUREOFYEASTDOALTHROUGHSTRUCTUREBIOLOGYMETHODSTOCLARIFYTHEFUNCTIONALMECHANISMOFDOALWHICHPARTICIPATEINCDC48一MEDIATEDUBIQUITINATIONPATHWAYANDDNADAMAGEPATHWAYINTHISPAPERINORDERTOSOLVETHESTRUCTUREOFDOALUFD3320C，WECLONEDTHEGENEOFYEASTDOALUFD3320CINTOPET28APLASIMIDANDTHEN6HISTAGGEDDOAL320CWASEXPRESSEDINECOLIRECOMBINANTPROTEINWASFIRSTPURIFIEDONANI2AFFINITYCOLUMNFURTHERPURIFICATIONOFDOALUFD3320CWASCARRIEDOUTBYIONCHANGECHROMATOGRAPHYANDMOLECULAREXCLUSIONCHROMATOGRAPHYCRYSTALSWEREGROWNBYTHEHANGINGDROPVAPORDIFFUSIONMETHODTHECRYSTALSTRUCTUREOFDOALUFD3320CWASDETERMINEDBYSADMETHODTHERESULTSOFTHISRESEARCHINCLUDE1GENECLONINGOFYEASTDOALUFD3320一CINTOPET28AANDPGEX6P一12RECOMBINANTDOALUFD3320CPROTEINPURIFICATIONTOHIGHPURITY3WELLDIFFRACTEDCRYSTALSGROWINGANDDATACOLLECTION4STRUCTUREDETERMINATIONOFDOALUFD3320一CATTHEFIRSTTIMEAROUNDTHEWORLD5STRUCTURALANALYSISANDRESIDUESTHATMAYINVOLVEINBINDINGTOCDC48DETERMIANTIONBYINVITROGSTPULLDOWNEXPERIMENTSTHESERESULTSARECONSIDERABLYUSEFULFORTHEFURHERSTUDYOFFUNCTIONALMECHANISMOFDOALUFD3INCDC48一MEDIATEDUBIQUITINATIONPATHWAYIII

簡介：蘭州大學博士學位論文蛋白質(zhì)晶體學中的直接法研究姓名張濤申請學位級別博士專業(yè)凝聚態(tài)物理指導教師魏福林范海福20100601ABSTRACTABSTRACTTHEPROGRAMOASISWHICHCONBINESDIRECTMETHODSWITHCONVENTIONALPROTEINCRYSTALLOGRAPHICMETHODSHASBEENPROVEDVERYSUCCESSFULFORPHASINGOFPORTEINDIFFRACTIONDATA．INTHISPAPELWEDEVELOPTHEMETHODSANDTHEPROGRAMFROMTHEORY,APPLICATIONANDAUTOMATION，WHICHAREINCLUDEDINTHISPAPER．1，ONEOFTHEESSENTIALPOINTSOFTHEDIRECTMETHODSADPHASINGFORPROTEINSISTOEXPRESSTHEBIMODALSADPHASEDISTRIBUTIONBYTHESUMOFTWOGAUSSIANFUNCTIONSPEAKEDRESPECTIVELYAT紙”I△仇IAND仇”一I△緯1．THEPROBABILITYFOR△純BEINGPOSITIVEPCANBEDERIVEDBASEDONTHECOCHRANDISTRIBUTIONINDIRECTMETHODS．HENCETHESADPHASEAMBIGUITYCANBERESOLVEDBYMULTIPLYINGTHEGAUSSIANFUNCTIONPEAKEDAT仇”I△仇JWITHPANDMULTIPLYINGTHEGAUSSIANFUNCTIONPEAKEDAT紙”一I△仇}WITHPIP．DIRECTMETHODSADPHASINGHASBEENPROVEDPOWERFULINBREAKINGSADPHASEAMBIGUITIES，INPARTICULARWHENANOMALOUSSCATTERINGSIGNALSAREWEAK．HOWEVER，THEAPPROXIMATIONOFBIMODALPHASEDISTRIBUTIONSBYTHESUMOFTWOGAUSSIANFUNCTIONSINTRODUCESCONSIDERABLEERRORS．INTHISPAPERWESHOWTHATAMUCHBETTERAPPROXIMATIONCANBEACHIEVEDBYREPLACINGTHETWOGAUSSIANFUNCTIONSWITHTWOVONMISESDISTRIBUTIONS．THISNEWMETHODLEADSTOSIGNIFICANTIMPROVEMENTOFTHEEFFICIENCYOFDIRECTMETHODSADPHASING．2，INTHISPAPER,WECREATEANEWMODETOCOMBINESAD／SIRITERATIONANDMRITERATIONINPARTIALMODELEXTENSIONOFPROTEINS．THEREARETWOKINDSOFDUALSPACEPARTIALMODELEXTENSIONWHICHINVOLVETHEDIRECTMETHODPROGRAMOASIS．THEFIRSTKIND，NAMEDSAD／SIRITERATIONUSESSAD／SIRINFORMATION，WHILETHESECONDKIND，NAMEDMRITERATIONDOESNOTUSETHATINFORMATION．INGENERAL，SAD／SIRITERATIONISMOREPOWERFULSINCEMOREEXPERIMENTALINFORMATIONISUSED．HOWEVER,INMOSTCASESWHENPROTEINSTRUCTURESARESOLVEDWITHTHEMOLECULARREPLACEMENTMETHOD，SAD／SIRINFORMATIONISNOTAVAILABLE．THUSTHEMRITERATIONISPARTICULARLYUSEFULFORTHECOMPLETIONOFMODELSFROMMOLECULARREPLACEMENT．THESAD／SIRITERATIONWILLBEAUTOMATICALLYUSEDINOASISFORDATASETSCONTAININGSAD／SIRSIGNALS，WHILETHEMRITERATIONWILLBEDEDICATEDTODATASETSWITHOUTSAD／SIRSIGNALS．THEPRESENTPAPERSHOWSTHATFORDATACONTAININGSAD／SIRSIGNALS，ACOMBINATIONOFSAD／SIRITERATIONANDMRITERATIONCOULDLEADTOSIGNIFICANTLYBETTERRESULTSTHANTHATOBTAINEDFROMTHESAD／SIRITERATIONALONE．1I

簡介：中國科學技術大學博士學位論文X射線吸收光譜學與晶體學結合的鋅金屬蛋白酶ACUTOLYSINA和ACUTOLYSINC酶活中心結構與功能研究姓名趙偉申請學位級別博士專業(yè)結構生物學指導教師牛立文滕脈坤20070301中國科學技術大學博士論文致謝致謝記得在千年之交的2000年，我來到了中國科大，從長沙到合肥，從軍校到地方高校，同時也從物理轉到了生物。感謝上天的恩惠，在我對生物學還一片茫然之時，把我?guī)У搅说鞍踪|(zhì)晶體學實驗室，同時也讓我走進了結構生物學這一領域。首先，感謝我的導師牛立文教授和滕脈坤教授。他們多年的指導和悉心教誨讓我受益匪淺。牛立文教授嚴謹?shù)膶W術態(tài)度、敏銳的思辨及精益求精的工作作風和滕脈坤教授開放而活躍的科研風格、豐富的經(jīng)驗及鮮活實用的真知灼見都深深的教育了我。在這里，謹向兩位導師致以衷心的感謝和誠摯的祝福。真誠感謝實驗室大家庭多年來對我的幫助和支持。剛進實驗室時的多位師兄和同學，轉眼間已遍布海內(nèi)外。感謝黃慶秋博士、朱中良博士、臧建業(yè)博士、樓曉華博士、劉群博士、汪德強博士、孫金鵬博士、張宏名博士、范軍博士、徐谷峰博士等多位師兄的指教和幫助，他們的踏實和熱心，扎實和辛勤，以及平時的言傳身教給我留下了深刻的印象。感謝高永翔老師、張曉老師、李旭老師和沈兵老師在實驗室管理和建設上的幫助和支持。感謝徐盟同學在計算機網(wǎng)絡維護和管理方面的幫助。感謝王翠萍和王瑞蓮女士在日常實驗工作中的幫助。感謝郭敏、梁治，王靜、朱志強、童水龍、周暉皓、周東文、呂新懷、楊偉麗、陳輝、衛(wèi)雯清同學在晶體數(shù)據(jù)收集和生化實驗中的大力幫助，實驗的順利進行離不開大家的支持。感謝劉一瑋、史諾同學在課題合作中的支持與協(xié)助，他們直接參與了本課題的進展。感謝實驗室中的其他同學在工作和生活中的熱情幫助，他們是涂雄鷹、榮輝、葛宏華、李小武、黃鏵、鄭定海、唐文迎、李恒、黃凱、孫磊、張平、寧方坤、房鵬飛、王婧，他們一同建立了一個團結向上的工作環(huán)境。感謝公共實驗室的老師在大型儀器使用上的輔導和幫助，同時也感謝生命科學學院所有關心和幫助過我的老師和同學。非常感謝北京高能物理所同步輻射實驗室的吳白玉教授。作為課題合作單位的導師，吳教授給于了本人課題上的直接指導和生活上的關照。感謝高能所的董宇輝老師、胡天斗老師、劉鵬老師，他們給與了本人很多幫助和方便。感謝與本人進行課題合作的儲旺盛、李樹軍、楊飛飛、于梅娟同學，他們給了我很多實驗以及物理理論上的幫助和支持，和他們的合作和討論總是融洽而愉快的。同時感謝那里的陳博、陳棟梁、巫翔、鐘俊、趙海峰、高斌、馬思玄、劉宜晉、劉蕾、舒航、姚鵬、陳新、張碩、以及姚德強、候海峰、高增強、黃勝等同學，和他們的交流總是富有成效的。高能所良好的硬件環(huán)境和活躍的學術氛圍給我留下了深刻的印象，在北I致謝

簡介：北京協(xié)和醫(yī)學院中國醫(yī)學科學院博士學位論文DPY30LIKEC端結構域與MUSASHI1RRM1的晶體學研究姓名王先平申請學位級別博士專業(yè)生物化學與分子生物學指導教師強伯勤20080527北京協(xié)和醫(yī)學院博十研究生論文DPY301IKEC端相似的表達純化手段，通過篩查不同的晶體生長條件最終得到分辨率為18A的晶體，數(shù)據(jù)收集之后采用分子置換的方法解析了MUSASHILRRML的結構。MUSASHILRRMI具有典型的RRM結構域的特點，形成D1ALP2P3A2P4的結構特征，其131133形成的疏水面含有保守殘基PHE8、PHE48、PHE50，這三個氨基酸的突變會導致MUSASHIIRRML結合RNA的能力完全喪失。說明該疏水面對于保持RNA結合能力的重要性。通過對DPY301IKEC端結構域和MUSASHIIRRML的結構域的解析，我們對這兩個結構域的三維結構有了清楚的認識，通過對結構域的解析，發(fā)現(xiàn)它們分別是DPY301IKE和MUSASHIL的主要功能區(qū)域，并對其的作用機制進行了合理的推導，為之后的功能研究提供了一定的結構基礎。關鍵詞晶體結構DPY301IKEC端結構域MUSASHIIRRML2

簡介：中國科學技術大學博士學位論③又酵母轉醛醇酶2晶體結構與功能研究及鉤端螺旋體DDG醛縮酶初步晶體學研究作者姓名學科專業(yè)導師姓名完成時間黃鏵生物化學與分子生物學滕脈坤教授牛立文教授二OO八年十一月五目摘要PSTRANDP18STRAND排列在一起組成一個很像啤酒桶的結構內(nèi)核，連接這些彼此平行的13STRAND的7個0【螺旋0C28螺旋，缺失C【1螺旋纏繞在桶的外沿，另外，在核心的伐／口8桶外周還圍繞著7個OC螺旋伐AG螺旋。分析NQML／YGR043C與同源轉醛醇酶的氨基酸序列和二級結構分布，所有轉醛醇酶亞家族的特征性高度保守的殘基都能在NQML／YGR043C5U發(fā)現(xiàn)。比較NQML／YGR043C與同源轉醛醇酶人源轉醛醇酶和大腸桿菌轉醛醇酶B的三維結構，證實其和同源物之間不僅具有非常相似的整體結構和核心的僅／P8桶結構。而且所有關鍵的活性相關的氨基酸殘基，位置和構象都保持了高度的一致。另外在TAL2YEASTNQML／YGR043C晶體結構的表面發(fā)現(xiàn)了文獻報道中提到的轉醛醇酶的可能的底物傳遞通道，這一通道從SERL73殘基直至LYSL44殘基，主要由P4、95STRAND及緊隨P5STRAND的一段LOOP上的若干氨基酸殘基組成。綜上實驗發(fā)現(xiàn)和證據(jù)，證實NQML／YGR043C編碼的確實是一個轉醛醇酶，TAL2YEAST，另外還推斷了TAL2YEAST與其同源酶相似的催化過程。二關于鉤端螺旋體2脫氫3一脫氧葡糖二酸醛縮酶，我們從含有目的基因的質(zhì)粒中克隆出了編碼鉤端螺旋體DDG醛縮酶的基因，并成功構建其PET22B載體的表達質(zhì)粒；表達并純化了鉤端螺旋體DDG醛縮酶蛋白；利用懸滴氣相擴散法篩選出了鉤端螺旋體DDG醛縮酶晶體的初步生長條件，并通過優(yōu)化獲得了分辨率高于3A的晶體；利用金屬離子和甘油濃度梯度篩選出合適的冷凍保護策略，提高了鉤端螺旋體DDG醛縮酶晶體耐受XRAY的能力，足以收取完整的數(shù)據(jù)；在實驗室常規(guī)光源收集了一套22A的常規(guī)數(shù)據(jù)，晶體空間群類型屬于C幺晶胞參數(shù)為A2935A，B1256A，C876A，A790。，T31009。，并利用分子置換方法得到了一個初步的相位。關鍵詞醛縮酶轉醛醇酶；2一脫氫一3一脫氧葡糖二酸醛縮酶；XRAY衍射；晶體結構；ALL38桶；酵母轉醛醇酶2轉醛醇酶活性

簡介：中國科學技術大學碩士學位論文PYLBCD和LR蛋白的初步晶體學作者姓名研究劉賀XLJ負學科專業(yè)生物化學與分子生物學導師姓名龔為民研究員完成時間二。一二年十月七日中國科學技術大學學位論文原創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的學位論文，是本人在導師指導下進行研究工作所取得的成果。除已特別加以標注和致謝的地方外，論文中不包含任何他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果。與我一同工作的同志對本研究所做的貢獻均已在論文中作了明確的說明。作者簽名麴魚簽字日期絲壟竺蘭竺中國科學技術大學學位論文授權使用聲明作為申請學位的條件之一，學位論文著作權擁有者授權中國科學技術大學擁有學位論文的部分使用權，即學校有權按有關規(guī)定向國家有關部門或機構送交論文的復印件和電子版，允許論文被查閱和借閱，可以將學位論文編入中國學位論文全文數(shù)據(jù)庫等有關數(shù)據(jù)庫進行檢索，可以采用影印、縮印或掃描等復制手段保存、匯編學位論文。本人提交的電子文檔的內(nèi)容和紙質(zhì)論文的內(nèi)容相一致。保密的學位論文在解密后也遵守此規(guī)定。母公開口保密年作者簽名翹炱引幣竹匆羔∥導師簽名Z2簽字日期竺蘭簽字日期汐FZIFZ

簡介：中國科學技術大學碩士學位論文酵母PUB1RRM2和RPA14的克隆、表達、純化及初步晶體學分析姓名崔穎姬申請學位級別碩士專業(yè)結構生物學指導教師滕脈坤牛立文20090501摘要關鍵詞MRNA穩(wěn)定性MRNA翻轉RNA結合蛋白RNA識別結構域RRMPUBL第二個RRM晶體二、RPAL4蛋白的克隆、表達及純化真核生物中有三種不同的RNA聚合酶，即RNA聚合酶I，RNA聚合酶II和RNA聚合酶III。酵母細胞中的RNA聚合酶I由14個亞基組成，核心部分含有10個亞基，當其轉錄特殊的RDNA時還需4個特殊的亞基，即RPA49，RPA43，RPA345，RPAL4。其中的RPAL4和RPA43在體內(nèi)易形成異二聚體，具有較高的保守性，它能與RDNA特異性的轉錄因子RRN3P相互作用，召募RNA聚合酶I結合到RDNA的啟動子上，啟動轉錄；同時RPAL4／RPA43還能結合SSRNA。RPAL4缺失試驗使核心酶失去轉錄活性，說明RPAL4在RNA聚合酶I中起到非常重要的作用，且RPAL4能穩(wěn)定RPA43與核心酶之間的相互作用。從酵母基因文庫中克隆了RPAL4的CDS序列，并構建了PET22BRPAL4質(zhì)粒。重組蛋白RPAL4HISTAG在ECOLIBL21DE3中表達量高，但蛋白比較難純化，經(jīng)過NI柱親合層析、分子篩和離子交換柱的純化，蛋白純度達到90％以上。對該蛋白進行了晶體生長，目前沒有得到可用于衍射的晶體。關鍵詞RNA聚合酶RNA聚合酶IRPAL4RPA43

簡介：中國科學技術大學碩士學位論文SETTAFIΒ和CHMP6的克隆、表達、純化以及初步晶體學分析姓名徐臻申請學位級別碩士專業(yè)生物化學與分子生物學指導教師牛立文滕脈坤20100501摘要及其相關蛋白質(zhì)做了深入的研究工作并做出相關報道，但是具體的作用機制目前仍不甚清楚。對其結構的研究將為人們探索跨膜蛋白的降解機制提供重要基礎。我們的工作主要集中于ESCRTIII中CIIMP6亞基各個結構域的結構生物學研究。本論文研究計劃中，已經(jīng)順利完成了整個課題的前期工作，包括CHMP6人工嵌合蛋白的構建、表達、純化、晶體生長條件的篩選。本文簡要介紹了CHMP6蛋白作為囊泡轉運分類復合體亞單位的生物學功能，并對它與相關蛋白的同源性及保守性進行了一些討論。文章中較為細致地討論了整個實驗的設計，材料與方法，操作過程及其遇到的問題與相應的解決方案，最后闡述了現(xiàn)階段已取得的實驗進展，對實驗結果做出合理的分析，并對于后期實驗方案提出了一些設想與看法。關鍵詞囊泡轉運分類復合體CHMP6X一射線衍射表達與純化

簡介：分類號Q93密級單位代碼10422學號201011475⑧紗L▲紫力；碩士學位論文SHANDONGUNIVERSITYMASTERSDISSERTATION論文題目STLNG蛋白的初步晶體學研究THEPRELIMINARYCRYSTALLIZATIONSTUDYOFTHEPROTEINSTING作者姓名學院名稱專業(yè)名稱指導教師合作導師張俊兵生命科學學院微生物學谷立川教授2013年4月15山東大學碩士學位論文目錄摘要IABSTRACT。。III符號說明V第一章前言111人體天然免疫112一型干擾素的調(diào)控通路213CDIG肝的相關研究414STING蛋白的發(fā)現(xiàn)與研究概況715STING接受CDI_GMP信號的發(fā)現(xiàn)916課題研究內(nèi)容，目的及意義10第二章實驗步驟1321菌株、載體和基因1322實驗試劑1323基因克隆16231聚合酶鏈式反應16232DNA片段雙酶切17233重組質(zhì)粒構建17234重組質(zhì)粒轉化表達菌株BL2117235菌落PCR和蛋白表達TEST篩選陽性克隆子182。4蛋白質(zhì)的提取與純化18241蛋白質(zhì)在LL大瓶中的誘導表達18242蛋白質(zhì)的提取與純化一19243SEL憶T蛋白質(zhì)衍生物的制備20244晶體的普篩與優(yōu)化一2024，5衍射數(shù)據(jù)的收集與處理22246晶體結構的解析2525QUICKCHANGE定點突變27