生物研究軟件介紹

1、一、基因芯片：1、基因芯片綜合分析軟件。ArrayVision7.0一種功能強大的商業(yè)版基因芯片分析軟件，不僅可以進行圖像分析，還可以進行數(shù)據(jù)處理，方便protocol的管理功能強大，商業(yè)版正式版：6900美元。Arraypro4.0MediaCyberics公司的產(chǎn)品，該公司的gelproimagepro一直以精確成為同類產(chǎn)品中的佼佼者，相信arraypro也不會差。phetix?ArrayNonlinearDynamics公司的基因

2、片綜合分析軟件。Jexpress挪威Bergen大學(xué)編寫，是一個用JAVA語言寫的應(yīng)用程序，界面清晰漂亮，用來分析微矩陣（microarray）實驗獲得的基因表達數(shù)據(jù)，需要下載安裝JAVA運行環(huán)境JRE1.2后(5.1M)后，才能運行。2、基因芯片閱讀圖像分析軟件ScanAlyze2.44，斯坦福的基因芯片基因芯片閱讀軟件，進行微矩陣熒光圖像分析，包括半自動定義格柵與像素點分析。輸出為分隔的文本格式，可很容易地轉(zhuǎn)化為任何數(shù)據(jù)庫。3、基因

3、芯片數(shù)據(jù)分析軟件Cluster斯坦福的對大量微矩陣數(shù)據(jù)組進行各種簇（Cluster)分析與其它各種處理的軟件。SAMSignificanceAnalysisofMicroarrays的縮寫，微矩陣顯著性分析軟件，EXCEL軟件的插件，由Stanfd大學(xué)編制。4基因芯片聚類圖形顯示TreeView1.5斯坦福開發(fā)的用來顯示Cluster軟件分析的圖形化結(jié)果。現(xiàn)已和Cluster成為了基因芯片處理的標準軟件。FreeView是基于JAVA語

4、言的系統(tǒng)樹生成軟件，接收Cluster生成的數(shù)據(jù)，比Treeview增強了某些功能。5基因芯片引物設(shè)計ArrayDesigner2.00DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計DNA和寡核苷酸引物工具二、RNA二級結(jié)構(gòu)。RNAStructure3.5RNASturcture根據(jù)最小自由能原理，將Zuker的根據(jù)RNA一級序列預(yù)測RNA二級結(jié)構(gòu)的算法在軟件上實現(xiàn)。預(yù)測所用的熱力學(xué)數(shù)據(jù)是最近由Turner實驗室獲得。提供了一些模塊

5、以擴展Zuker算法的能力，使之為一個界面友好的RNA折疊程序。允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當(dāng)前所指向的對象窗口可以使用的功能列表。RNA文庫（RNALibrary）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件?；九渲茫篧indows95Windo

6、ws98或WindowsNT。Pentium以上芯片，32兆內(nèi)存。顯示，表格設(shè)有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內(nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點等數(shù)據(jù)庫中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)?？蓮腗acVectTM、WisconsinPackageTM等數(shù)據(jù)庫中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個很有特色的類似于核酸限制酶分析

7、的蛋白分析，對蛋白進行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。DSgene:Omiga2.0的換代產(chǎn)品，accelrys公司Discoverystudio系列，accelrys公司的insightIIGCG是業(yè)內(nèi)蛋白分析和核酸分析的權(quán)威軟件，DSgene是GCG的個人機簡版，功能強大，而且可以直接與GCG服務(wù)器相連。由于受到vectNTI的界面影響，DSgene與Omiga2.0相比界面有了很大的改變。DNASISfWindows2.5版是日立

8、軟件公司（HitachiSofewareEngineeringCo.Ltd.）97年推出的一個功能強大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫查詢等功能，足可滿足一般實驗室的要求。在DOS時代，DNASIS7等版本便是流傳甚廣并曾給過許多人以幫助的分子生物學(xué)軟件，因此我們有理由期待Win版的DNASIS會帶給我們驚喜。DNASISMAX1.0DNAS

9、IS2.5的更新?lián)Q代產(chǎn)品。綜合序列分析軟件，體積比上一個版本一下膨脹了許多。界面風(fēng)格也改變了很多。DNATools5.1與OmigaDNAsisPCgene等軟件屬于同一類的綜合性軟件操作簡單功能多。DNATools設(shè)計的用戶友好、強壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫查詢獲得的序列相關(guān)信息。DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當(dāng)程序不能辨別序列的格式時（通過尋找常用序列格式的特征），會顯示這個文件

10、的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個項目中可以加入幾千個序列或引物，并在整個項目中分析這些序列及標題。這個程序的一個特點是給每個序列或引物添加文本標題。這樣就可以用自定義的標題識別序列，而不必通過它們的文件名。Bioedit一個具有序列

11、簡單分析和序列對比功能的軟件。該軟件有一個簡單親切的界面，集成其他已經(jīng)很有效果的序列比對軟件。另外該軟件還有很多有用的相關(guān)站點連接。雖然該軟件看起來結(jié)構(gòu)簡單，但卻又很強的可充性，可以自由整合許多軟件，例如viewtree.Jellyfish2.1只水母不簡單，可以用來進行DNA翻譯，序列排隊比較，限制酶消化，提交序列進行BLAST，研究項目管理等。操作十分簡單，只需拖動與點擊便可。GeoolsGenebio公司的核酸序列分析軟件，雖然不

12、及vectNTI和DSgene強大，它具有repeatvectfind使其他分析軟件所不具有的，值得一提的是該軟件具有的CpGisl分析。DNAMAN限制酶分析，引物設(shè)計，對排（aligment）翻譯，數(shù)據(jù)庫操作，Blast，序列裝配（Sequenceassembly）.易學(xué)易用，操作方便。四、限制酶切位點分析：DNAssist2.0大多軟件只對線性序列進行分析，那么NNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcI的位點。DNAssis