2023年全國碩士研究生考試考研英語一試題真題(含答案詳解+作文范文)_第1頁
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文檔簡介

1、如何查找基因序列,GenBank數(shù)據(jù)庫,GenBank---序列數(shù)據(jù)庫包括EMBL和DDBJ是NIH遺傳序列數(shù)據(jù)庫,一個所有可以公開獲得的DNA序列的注釋過的收集?;蛐蛄锌梢酝ㄟ^訪問GenBank ---- 通過Entrez Nucleotides,利用accession number,作者姓名,物種,基因/蛋白名字,還有許多其他的文本術(shù)語來查詢。,PubMed,美國家醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)下屬的國家生物技術(shù)信息中心(NCB

2、I)開發(fā)的、基于WWW的查詢系統(tǒng)。是NCBI Entrez 數(shù)個數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)下中的一個。提供免費的MEDLINE、PREMEDLINE與其他相關(guān)數(shù)據(jù)庫接入服務(wù)PubMed也包含著與提供期刊全文的出版商網(wǎng)址的鏈接,來自第三方的生物學(xué)數(shù)據(jù),序列中心的數(shù)據(jù)等等。網(wǎng)址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,查找序列,根據(jù)文獻根據(jù)已經(jīng)獲得的基因的相關(guān)信息,1. 根據(jù)文獻查找基因序列,若在

3、閱讀文獻中看到過你感興趣的基因,而且文中還提到了該基因在Genbank中的ID號直接打開http://www.ncbi.nlm.nih.gov ,在Search后的下拉框中選擇Nucleotide,把Genbank ID號輸入GO前面的文本框中點“GO”,例,Mycobacterium tuberculosis esterase/lipase gene Gi:1661228 U76006.1,,,,1661228,,點擊后

4、出現(xiàn)一個小菜單,里面是與該基因相關(guān)的鏈接,很有用的,值得一個一個地去看看,,,,,,若只想獲得序列(例如設(shè)計PCR引物),可以選擇FASTA格式FASTA格式的序列文件,沒有其他數(shù)字和格式的干擾,,,,,2. 根據(jù)已經(jīng)獲得的基因的相關(guān)信息進行查找,如果只是知道基因的名字 – 假單胞菌pseudomonas的lipase基因打開http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面的下拉框中選擇Gene在中間

5、的文本框中輸入基因名稱“VEGF”點擊GO...,,,,可能會有很多……1244條,哪一條是呢?(這也許是大多數(shù)人對Genbank的第一印象,即東西太多了,不知道是哪個。)利用去偽存真的秘密武器—Limits(Limits的意思其實就是高級檢索,你可以在這里對檢索詞進行很多限制,這樣能大大精簡查詢結(jié)果)。,,,,,先選Gene name(基因名稱);然后再選擇Limit by Taxonomy(生物分類限定)中的pseudom

6、onas然后再點擊“GO”,3 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、啟動子,打開Map viewer頁面,網(wǎng)址為:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html在search的下拉菜單里選擇物種,for后面填寫目的基因。,,,,目的基因,物種,點擊“GO”,,,,,點擊"Genes seq",,點擊出現(xiàn)的“Download/View Sequence/

7、Evidence ”,即有下載查看序列等功能,,,,,在Sequence Format(序列輸出格式)后面是一個下拉式選擇菜單,默認的為FASTA格式,只有基因序列。還有一個是GenBank格式,提供了很多該基因的信息。在Sequence Format后選擇GenBank,點擊下面的Display,出現(xiàn)目的基因的相關(guān)信息和序列。可看到基因長度,基因序列,以及這個基因是如何被報道出來的等各種信息。點擊后如圖所示:,,釀酒酵母基因組序列查

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