豬IFIT2-5基因的克隆、序列分析及表達(dá).pdf

1、IFIT家族也稱ISG56家族，是一類干擾素誘導(dǎo)基因，在進(jìn)化上高度保守，包括IFIT1（也稱ISG56）、IFIT2（也稱ISG54）、IFIT3（也稱ISG60）和IFIT5（也稱ISG58）4個(gè)成員。該家族成員成簇定位在同一染色體上，各個(gè)基因都包含2個(gè)外顯子和1個(gè)內(nèi)含子。在干擾素、病毒、脂多糖等條件的刺激下，該家族基因高效表達(dá)。其表達(dá)的蛋白主要作用于翻譯的起始、病毒的復(fù)制、Ⅰ型于擾素的反饋調(diào)節(jié)、細(xì)胞的遷移和增殖等。本研究首次克隆了豬

2、IFIT2和IFIT5基因的完整編碼區(qū)，并對(duì)IFIT2和IFIT5的外顯子2進(jìn)行了多態(tài)位點(diǎn)鑒定和群體遺傳學(xué)分析，采用Real-time PCR技術(shù)構(gòu)建了豬IFIT2和IFIT5的組織表達(dá)譜，通過(guò)構(gòu)建報(bào)告基因缺失載體和生物信息學(xué)方法對(duì)豬IFIT2的啟動(dòng)子進(jìn)行活性分析，同時(shí)進(jìn)行了豬IFIT2/5抗病分子機(jī)制的初步研究。得到的主要結(jié)果如下:
　　 1.豬IFIT2基因編碼區(qū)（Coding sequence，CDS)全長(zhǎng)為1407 bp

3、，包含2個(gè)外顯子，其中CDS區(qū)的前5個(gè)核苷酸位于外顯子1上，其余在外顯子2上，共編碼468個(gè)氨基酸。豬IFIT2基因cDNA序列已提交到GenBank上(GenBank accession No.JX070559)。
　　 2.豬IFIT5基因CDS區(qū)全長(zhǎng)為1449 bp，包含2個(gè)外顯子，其中CDS區(qū)的前5個(gè)核苷酸位于外顯子1上，其余在外顯子2上，共編碼482個(gè)氨基酸。豬IFIT5基因cDNA序列已提交到GenBank上(Gen

4、Bank accession No.JX280459)。
　　 3.豬IFIT2基因外顯子2上檢測(cè)到5個(gè)單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)(Single nucleotidepolymorphisms，SNPs)，分別是c.259G＞A、c.520T＞G、c.571C＞T、c.879A＞G和c.889A＞G。其中4個(gè)是錯(cuò)義突變，引起多肽鏈上p.Gly87Ser、p.Phe174Val、p.Pro191Ser和p.A la297Thr替代。運(yùn)用生物

5、信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)c.259G＞A(p.Gly87Ser)和c.520T＞G(p.Phe174Val)可能會(huì)影響蛋白的結(jié)構(gòu)功能。
　　 4.豬IFIT5基因外顯子2上檢測(cè)到1個(gè)SNP(c.462A＞G)，為非錯(cuò)義突變。
　　 5.豬IFIT2和IFIT5在1月齡民豬的心、肝、脾、肺、腎、胃、大腸、小腸、膀胱、腿肌和淋巴組織中均表達(dá)，但表達(dá)量存在著差異。其中，IFIT2在脾、肝和心臟中的表達(dá)量高于其他組織;IFIT5在肝、心和

6、小腸中表達(dá)量較高。
　　 6.豬IFIT2啟動(dòng)子的最小活性區(qū)位于-162～-126 bp;-1838～-1759 bp和-389～-310 bp存在著負(fù)調(diào)控元件;-1661～-1579 bp、-310～-225 bp和-225～-162 bp存在著正調(diào)控元件。生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)ISRE結(jié)合因子、NF-kappaB、Delta EF1、c-Re1和Id3可能是調(diào)控IFIT2基因表達(dá)的重要轉(zhuǎn)錄因子。
　　 7.豬IFIT2和