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文檔簡介
1、有機(jī)污染物類比技術(shù)對(duì)于有機(jī)化合物的生態(tài)風(fēng)險(xiǎn)性評(píng)價(jià)與管理具有重要意義,在歐美等發(fā)達(dá)國家已得到應(yīng)用。類比技術(shù)能夠簡單而快速地判別污染物的毒性級(jí)別,對(duì)其進(jìn)行大體上的分類,為環(huán)境風(fēng)險(xiǎn)因子識(shí)別提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。 MOLPRINT2D是一個(gè)基于相似性原理的計(jì)算分子相似性的軟件,在計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)、食品和化妝品研究等相關(guān)領(lǐng)域都有應(yīng)用。該軟件通過表征分子結(jié)構(gòu),采用Tanimoto方法計(jì)算相似性,具有計(jì)算快速,結(jié)果準(zhǔn)確的優(yōu)點(diǎn)。 本研究選
2、取了1093種有機(jī)污染物,以其中644種化合物為訓(xùn)練集,另外339種化合物和110種化合物作為兩個(gè)驗(yàn)證集,以這些化合物對(duì)淡水四膜蟲(Tetrahymenapyriformis(strainGL-C))半數(shù)生長活性抑制濃度(pIGC50)為毒性指標(biāo),應(yīng)用OpenBabel和MOLPRINT2D軟件,選取合適的計(jì)算參數(shù),對(duì)驗(yàn)證集化合物進(jìn)行相似性計(jì)算,并應(yīng)用此類比方法,對(duì)驗(yàn)證集化合物毒性進(jìn)行了預(yù)測。具體工作包括: (1)利用Open
3、Babel和MOLPRINT2D軟件中的Mol22aefp程序,將數(shù)據(jù)集化合物分子結(jié)構(gòu)表示法由Smiles格式轉(zhuǎn)變?yōu)镾ybylmol2格式。然后應(yīng)用MOLPRINT2D軟件中的其他程序進(jìn)行后續(xù)計(jì)算。 (2)通過對(duì)數(shù)據(jù)的分析,選取最優(yōu)的分子結(jié)構(gòu)層次和分子結(jié)構(gòu)描述參數(shù),以簡化對(duì)驗(yàn)證集2的計(jì)算和分析的工作。 (3)根據(jù)對(duì)驗(yàn)證集1的結(jié)論,提出利用MOLPRINT2D方法計(jì)算后的化合物分類方案,對(duì)驗(yàn)證集2的化合物的半數(shù)生長活性
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