genbank數(shù)據(jù)庫(kù)檢索及其應(yīng)用（2017）ppt

1、,GenBank(Nucleotide)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索及其應(yīng)用,重慶醫(yī)科大學(xué)圖書館 李 軼,NCBI網(wǎng)站簡(jiǎn)介,內(nèi) 容,NCBI網(wǎng)站簡(jiǎn)介,http://www.ncbi.nlm.nih.gov,,NCBI網(wǎng)站簡(jiǎn)介,NCBI的任務(wù),1,為儲(chǔ)存和分析分子生物學(xué)、生物化學(xué)、遺傳學(xué)知識(shí)創(chuàng)建自動(dòng)化系統(tǒng) ；從事研究基于計(jì)算機(jī)的信息處理過(guò)程的高級(jí)方法，用于分析生物學(xué)上重要的分子和化合物的結(jié)構(gòu)與功能; 促進(jìn)生物技術(shù)研究者和醫(yī)藥治療人員對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)和軟

2、件的使用；促進(jìn)全世界范圍內(nèi)的生物技術(shù)信息收集的合作。,生物信息學(xué)網(wǎng)站,NCBI網(wǎng)站簡(jiǎn)介,NCBI的任務(wù),NCBI的資源與工具,1,2,,,,,數(shù)據(jù)庫(kù),工具,數(shù)據(jù)提交,培訓(xùn),NCBI的資源與工具,,數(shù)據(jù)庫(kù),NCBI的資源與工具,,,,分子數(shù)據(jù)庫(kù),基因組數(shù)據(jù)庫(kù),NCBI的資源與工具,文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù),,工具,NCBI的資源與工具,,,,檢索工具,數(shù)據(jù)分析工具,下載工具,程序軟件,,NCBI的資源與工具,,數(shù)據(jù)提交,NCBI的資源與工具,,,NC

3、BI的資源與工具,,培訓(xùn),NCBI網(wǎng)站簡(jiǎn)介,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法,內(nèi) 容,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù),1,簡(jiǎn) 介,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)是由美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心（NCBI）維護(hù)的一級(jí)核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)。,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)來(lái)源有三種：1. 直接來(lái)源于測(cè)序工作者提交的序列；2. 與其它數(shù)據(jù)機(jī)構(gòu)協(xié)作交換的數(shù)據(jù)；3. 美國(guó)專利局提供的專利數(shù)據(jù)。,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù),1,2,簡(jiǎn) 介,Entrez檢索功能,1. 檢索

4、界面,Entrez檢索界面,基本檢索界面,,,Entrez基本檢索界面,,Entrez基本檢索界面,,,,,Entrez基本檢索界面,,,Entrez基本檢索界面,Nucleotide數(shù)據(jù)庫(kù)分為三個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)：,EST :表達(dá)序列標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(kù)GSS :基因組測(cè)序序列數(shù)據(jù)庫(kù)CoreNucleotide :包含所有未被以上兩個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的核苷酸序列,Entrez檢索界面,跨庫(kù)檢索界面,,Entrez跨庫(kù)檢索界面,,,Entrez跨庫(kù)檢

5、索界面,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù),1,2,簡(jiǎn) 介,Entrez檢索功能,1. 檢索界面2. 基本檢索功能,Entrez基本檢索功能,字段限制檢索,,“ras”,Entrez基本檢索功能,,Entrez基本檢索功能,“ras”,檢索限定詞：,1. 基因名稱的檢索限定詞： [GENE] or [GENE NAME]2. 生物體名稱的檢索限定詞：[ORGN] or [ORGANISM]3. 作者姓名的檢索限定詞： [

6、AUTH] or [AUTHOR]4. 序列接受號(hào)的檢索限定詞：[ACCN]or [ACCESSION],,“ras”[GENE],Entrez基本檢索功能,,Entrez基本檢索功能,“ras”[GENE],Entrez基本檢索功能,特殊標(biāo)志符檢索,特殊標(biāo)志符的格式（核酸序列）：,1. 序列辨認(rèn)號(hào)（GI）：一串阿拉伯?dāng)?shù)字 e.g.：77682378,,GI:77682378,Entrez基本檢索功能,特殊標(biāo)志符的格式

7、（核酸序列）：,1. 序列辨認(rèn)號(hào)（GI）：一串阿拉伯?dāng)?shù)字 e.g.：77682378,2. GenBank/EMBL/DDBJ序列接受號(hào)： (1)1個(gè)字母+5個(gè)阿拉伯?dāng)?shù)字 e.g.：U12345 (2)2個(gè)字母+6個(gè)阿拉伯?dāng)?shù)字 e.g.：AY123456，Af123456,,AE014298.5,Entrez基本檢索功能,特殊標(biāo)志符的格式（核酸序列）：,

8、3. RefSeq（Reference Sequence）序列接受號(hào):,（1）mRNA 記錄（NM_*）: e.g.:NM_000492（2）基因組的DNA重疊群（NT_*）: e.g.:NT_000347（3）完整的基因組或染色體（NC_*）: e.g.:NC_000907（4）基因組的局部區(qū)域（NG_*）: e.g.:NG_000019（5）從人類基因組注釋、加工得到的序列模型（XM

9、，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483,NM_001017003.2,,Entrez基本檢索功能,特殊標(biāo)志符的格式（核酸序列）：,4. PDB序列接受號(hào)：１個(gè)阿拉伯?dāng)?shù)字＋３個(gè)字母 e.g.：１TUP,序列接受號(hào)的檢索限定詞為[ACCN]or[ACCESSION],Entrez基本檢索功能,序列長(zhǎng)度檢索,,1510[SLEN],Entrez基本檢索功能,,Entrez基本檢索功能,Entrez基本

10、檢索功能,范圍檢索,范圍檢索：中間用冒號(hào)連接,1. 序列接受號(hào)范圍檢索： AF114696:AF114714[ACCN] 2. 序列長(zhǎng)度范圍檢索： 3000:4000[SLEN] 3. 日期范圍檢索： 2005/01:2006/09/26[MDAT]or[PDAT],GenBank數(shù)據(jù)庫(kù),1,2,簡(jiǎn) 介,Entrez檢索功能,1. 檢索界面

11、基本檢索功能高級(jí)檢索功能,,Entrez高級(jí)檢索功能,,,,限制檢索及索引檢索框,檢索歷史,Entrez高級(jí)檢索功能,檢索框,限制檢索,Entrez高級(jí)檢索功能,,限制檢索及索引檢索框,Entrez高級(jí)檢索功能：限制檢索,,Entrez高級(jí)檢索功能：限制檢索,,Entrez高級(jí)檢索功能：限制檢索,“ras”,Entrez高級(jí)檢索功能：限制檢索,,Entrez高級(jí)檢索功能：限制檢索,“ras”[Gene Name],,,Entrez高級(jí)

12、檢索功能：限制檢索,索引檢索,Entrez高級(jí)檢索功能,,限制檢索及索引檢索框,Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,hepatitis b,,Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,,乙型肝炎索引,Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,,Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,,,Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,,序列特性關(guān)鍵詞索引,Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,序列特性關(guān)鍵詞索引,,Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,,Entrez高

13、級(jí)檢索功能：索引檢索,,Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,“ras”,Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,,“ras”,Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,(“promoter”[Feature key])AND “ras”[Gene Name],,(“promoter”[Feature key])AND “ras”[Gene Name],Entrez高級(jí)檢索功能：索引檢索,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù),1,2,簡(jiǎn) 介,Entrez檢索功能

14、,1. 檢索界面基本檢索功能高級(jí)檢索功能檢索結(jié)果的顯示,,,,檢索結(jié)果的顯示,,,檢索結(jié)果的顯示,,,,,序列特性表,檢索結(jié)果的顯示,GenBank記錄中特性表中的主要關(guān)鍵詞:,GenBank記錄中特性表中的主要關(guān)鍵詞:,GenBank記錄中特性表中的主要關(guān)鍵詞:,GenBank記錄中特性表中的限定詞:,GenBank記錄中特性表中的限定詞:,GenBank記錄中特性表中的限定詞:,GenBank記錄中特性表中的限定詞:,,序

15、 列,檢索結(jié)果的顯示,,下載序列,,序 列,下載序列,,下載序列,,下載序列,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù),1,2,3,簡(jiǎn) 介,Entrez檢索功能,BLAST檢索功能,blastn (nucleotide blast)是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。庫(kù)中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對(duì)一地核酸序列比對(duì)。blastp (protein blast)是蛋白序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢。庫(kù)中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對(duì)一的

16、序列比對(duì)。blastx是核酸序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會(huì)被翻譯成可能的六條蛋白），再對(duì)每一條作一對(duì)一的蛋白序列比對(duì)。tblastn是蛋白序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。與blastx相反，它是將庫(kù)中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì)。tblastx是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。此種查詢將庫(kù)中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6條可能的蛋白序列），這樣

17、每次比對(duì)會(huì)產(chǎn)生36種比對(duì)陣列。,BLAST,BLAST,,BLAST,,,,,,BLAST,NCBI網(wǎng)站簡(jiǎn)介,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)檢索方法,如何檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,內(nèi) 容,如何檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能：,1,基因名稱,,,通過(guò)基因名稱檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,,通過(guò)基因名稱檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,,“ras”[GENE],通過(guò)基因名稱檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,,通過(guò)基因名稱檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,如何

18、檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能：,1,2,基因名稱,序列接受號(hào),,,NM_001126,通過(guò)序列接受號(hào)檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,,,通過(guò)序列接受號(hào)檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,,,通過(guò)序列接受號(hào)檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,,序列接受號(hào)為NM_001126的核酸序列的GenBank格式,通過(guò)序列接受號(hào)檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,,,通過(guò)序列接受號(hào)檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,,通過(guò)序列接受號(hào)檢索基因或基因編碼產(chǎn)物的功能,如何檢索基因