genbank數(shù)據(jù)庫(kù)檢索及其應(yīng)用-浙江大學(xué)郵件系統(tǒng)

1、GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)檢索及其應(yīng)用——Entrez檢索功能,重慶醫(yī)科大學(xué)圖書館李 軼,簡(jiǎn)介,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)是由美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心（NCBI）維護(hù)的一級(jí)核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)。,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)來(lái)源有三種：1、直接來(lái)源于測(cè)序工作者提交的序列；2、與其它數(shù)據(jù)機(jī)構(gòu)協(xié)作交換的數(shù)據(jù)；3、美國(guó)專利局提供的專利數(shù)據(jù)。,NCBI網(wǎng)站網(wǎng)址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov,GenBank和PubMed(

2、序列數(shù)據(jù))檢索的比較：,1、GenBank的檢索結(jié)果是序列及其注釋信息； PubMed的檢索結(jié)果是與序列數(shù)據(jù)相關(guān)的文獻(xiàn)信息。2、GenBank數(shù)據(jù)更新早于PubMed，GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)的檢全率高于PubMed。3、 GenBank可對(duì)序列數(shù)據(jù)進(jìn)行限制檢索，而PubMed只能對(duì)文獻(xiàn)、雜志、作者等進(jìn)行限制檢索，因而GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)的檢準(zhǔn)率也高于PubMed。,檢索界面,簡(jiǎn)介,,基本檢索輸入框,基本檢索界面：,,

3、,執(zhí)行檢索按鈕,,,基本檢索輸入框,基本檢索界面：,ras[GENE],,點(diǎn)擊進(jìn)入跨庫(kù)檢索,,,跨庫(kù)檢索界面：,ras[GENE],,執(zhí)行檢索按鈕,跨庫(kù)檢索界面：,,,點(diǎn)擊進(jìn)入GenBank數(shù)據(jù)庫(kù),,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)界面：,,,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)界面：,,點(diǎn)擊進(jìn)入核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)檢索界面,GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)界面：,,,特征欄提供輔助檢索功能,核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)檢索界面：,核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)檢索界面：,,,,,簡(jiǎn)介,檢索界面,基本檢

4、索功能,（一）名稱、作者姓名、截詞檢索、布爾邏輯運(yùn)算,（二）特殊標(biāo)志符檢索,（五）范圍檢索,（三）序列長(zhǎng)度檢索,（四）分子重量檢索,簡(jiǎn)介,檢索界面,基本檢索功能,（一）名稱、作者姓名、截詞檢索、布爾邏輯運(yùn)算,檢索限定詞：,1、基因名稱的檢索限定詞：[GENE]2、生物體名稱的檢索限定詞：[ORGN]3、作者姓名的檢索限定詞：[AUTH],,,,,簡(jiǎn)介,檢索界面,基本檢索功能,（一）名稱、作者姓名、截詞檢索、布爾邏輯運(yùn)算,（二）特殊標(biāo)

5、志符檢索,特殊標(biāo)志符的格式（核酸序列） ：,2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受號(hào)： (1)1個(gè)字母+5個(gè)阿拉伯?dāng)?shù)字 e.g.：U12345 (2)2個(gè)字母+6個(gè)阿拉伯?dāng)?shù)字 e.g.：AY123456，Af123456,1、序列辨認(rèn)號(hào)（GI）：一串阿拉伯?dāng)?shù)字 e.g.：6995995,（1）mRNA 記錄（NM_*）: e.g.:NM_0

6、00492（2）基因組DNA重疊群（NT_*）: e.g.:NT_000347（3）完整的基因組或染色體（NC_*）: e.g.:NC_000907（4）基因組的局部區(qū)域（NG_*）: e.g.:NG_000019（5）從人類基因組序列注釋、加工得到的序列模型記錄（XM，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483,特殊標(biāo)志符的格式（核酸序列）：,3、RefSeq（Referen

7、ce Sequence）序列接受號(hào):,特殊標(biāo)志符的格式（核酸序列）：,4 、 PDB序列接受號(hào)：１個(gè)阿拉伯?dāng)?shù)字＋３個(gè)字母 e.g.：１TUP,序列接受號(hào)的檢索限定詞為[ ACCN]or[ACCESSION],,AF123456[ACCN],,簡(jiǎn)介,檢索界面,基本檢索功能,（一）名稱、作者姓名、截詞檢索、布爾邏輯運(yùn)算,（二）特殊標(biāo)志符檢索,（三）序列長(zhǎng)度檢索,,1510[SLEN],序列長(zhǎng)度的檢索限定詞：[SLEN],簡(jiǎn)介,檢

8、索界面,基本檢索功能,（一）名稱、作者姓名、截詞檢索、布爾邏輯運(yùn)算,（二）特殊標(biāo)志符檢索,（三）序列長(zhǎng)度檢索,（四）分子重量檢索,,2009[MOLWT],分子重量的檢索限定詞：[MOLWT],簡(jiǎn)介,檢索界面,基本檢索功能,（一）名稱、作者姓名、截詞檢索、布爾邏輯運(yùn)算,（二）特殊標(biāo)志符檢索,（五）范圍檢索,（三）序列長(zhǎng)度檢索,（四）分子重量檢索,范圍檢索：中間用冒號(hào)連接,1、序列接受號(hào)范圍檢索： AF114696:AF114

9、714[ACCN]2、序列長(zhǎng)度范圍檢索： 3000：4000[SLEN]3、分子重量范圍檢索： 2002：2009[MOLWT]4、日期范圍檢索： 2005/01：2006/09/26[MDAT]or[PDAT],簡(jiǎn)介,檢索界面,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,限制檢索（Limits）,預(yù)檢索/索引檢索（Preview/Index）,檢索史管理（History）,剪貼板管理（Clipboard）,

10、詳細(xì)匹配過(guò)程（Details）,限制檢索,預(yù)檢索/索引檢索,檢索史管理,剪貼板管理,詳細(xì)匹配過(guò)程,簡(jiǎn)介,檢索界面,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,限制檢索（Limits）,限制檢索界面：,,限制檢索界面：,核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)分為三個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)：,EST :表達(dá)序列標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(kù)GSS :基因組測(cè)序序列數(shù)據(jù)庫(kù)CoreNucleotide :包含所有未被以上兩個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的核苷酸序列,,,核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)檢索界面：,,核苷酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)檢索界

11、面：,限制檢索界面：,,限制檢索界面：,,檢索結(jié)果顯示界面：,限制檢索范圍,限制檢索（Limits）：,限制檢索范圍,ras,,,,,,,,,排除某種類型的序列,限制分子類型,限制分子類型,限制基因位點(diǎn),限制基因位點(diǎn),限制序列片段的顯示,限制序列片段的顯示,限制數(shù)據(jù)來(lái)源,限制數(shù)據(jù)來(lái)源,限制數(shù)據(jù)修訂日期,限制數(shù)據(jù)修訂日期,,簡(jiǎn)介,檢索入口,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,限制檢索（Limits）,預(yù)檢索/索引檢索（Preview/Index

12、）,,預(yù)檢索/索引檢索界面：,hepatitis b,,,索引檢索輸入框,索引檢索按鈕,,,,索引檢索按鈕,,,序列特性關(guān)鍵詞索引,ras[GENE],,,,,,,,,序列特性關(guān)鍵詞索引,,,,簡(jiǎn)介,檢索界面,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,限制檢索（Limits）,預(yù)檢索/索引檢索（Preview/Index）,檢索史管理（History）,剪貼板管理（Clipboard）,詳細(xì)匹配過(guò)程（Details）,penicillin-bind

13、ing,,,,,mycobacterium tuberculosis,,,,,,,,,,#8 AND #4,,,,penicillin-binding AND mycobacterium tuberculosis[ORGN],簡(jiǎn)介,檢索入口,基本檢索功能,特征欄輔助檢索,檢索結(jié)果的顯示,檢索結(jié)果顯示界面：,,,選擇檢索結(jié)果的顯示格式,選擇檢索結(jié)果的顯示格式,,選擇檢索結(jié)果的顯示格式,摘要格式：,,,,聯(lián)接,Genbank 格式：,,,,

14、,Genbank 格式：,,,Genbank 格式：,,,,,,Genbank 格式：,,,,,,,,,,,,,,,Genbank 格式：,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,Genbank 格式：,,,,,,,,,,Genbank 格式：,,,,,,Genbank 格式：,,GenBank記錄中特性表中的主要關(guān)鍵詞:,,GenBank記錄中特性表中的限定詞:,FASTA格式：,,圖解顯示：,,,,,,,,,,圖解顯示：,,,多態(tài)性