r第一章r語(yǔ)言的下載及安裝

1、R語(yǔ)言,,課程簡(jiǎn)介,R 是一個(gè)有著統(tǒng)計(jì)分析功能及強(qiáng)大作圖功能的軟件系統(tǒng)，是由奧克蘭大學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)系的Ross 和 Robert共同創(chuàng)立。R是主要用于統(tǒng)計(jì)分析、繪圖的語(yǔ)言，通過(guò)對(duì)R語(yǔ)言的學(xué)習(xí)，將有助于未來(lái)的生物信息領(lǐng)域的學(xué)習(xí)。注意！R語(yǔ)言適合統(tǒng)計(jì)分析，不適合做文本分析，太慢！,R語(yǔ)言與生物信息學(xué),生物信息學(xué)：運(yùn)用計(jì)算機(jī)技術(shù)和信息技術(shù)開發(fā)新的算法和統(tǒng)計(jì)方法，對(duì)生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，確定數(shù)據(jù)所含的生物學(xué)意義，并開發(fā)新的數(shù)據(jù)分析工具以實(shí)現(xiàn)對(duì)各種

2、信息的獲取和管理的學(xué)科。目前R語(yǔ)言是生物信息學(xué)常用的統(tǒng)計(jì)分析與繪圖軟件。,,課程特點(diǎn)與考核,特點(diǎn)：應(yīng)用性較強(qiáng)理論：R語(yǔ)言的基本命令授課方式：理論講解、實(shí)例分析及操作課堂紀(jì)律：認(rèn)真聽講、積極討論、動(dòng)手操作,參考教材,書籍R 的官方網(wǎng)頁(yè)擁有大量英文學(xué)習(xí)資源，百度上也擁有大量資源。,課程內(nèi)容,第一章：R語(yǔ)言的下載及安裝第二章：R語(yǔ)言的向量操作第三章：R語(yǔ)言的數(shù)值計(jì)算第四章：R語(yǔ)言的繪圖第五章：R語(yǔ)言的基本統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

3、,第一章：R語(yǔ)言的安裝及調(diào)用,§1.1 R語(yǔ)言的下載及安裝§1.2 R語(yǔ)言的界面介紹(※)§1.3 R語(yǔ)言的簡(jiǎn)單操作(▲),§1.1 R語(yǔ)言的下載及安裝,首先R語(yǔ)言是免費(fèi)的，下載地址為https://www.r-project.org/,,R語(yǔ)言界面,,,R語(yǔ)言命令提示符：在后面直接輸入命令,R界面雖然支持中文，但是不建議使用中文。因?yàn)镽語(yǔ)言為英語(yǔ)開發(fā)，所以不會(huì)太支持中文。,示例

4、,下表為某中學(xué)6個(gè)同學(xué)的體重，請(qǐng)計(jì)算其體重均值直接輸入命令行：> x1 ave<-mean(x1)#結(jié)果 [1] 45.83333,注意！R的一切操作符都必須為英文格式,在中文格式下輸入會(huì)出錯(cuò)。,如果該變量大家不想用了，想刪掉，那么可以輸入rm(x1);,程序說(shuō)明,“#”為注釋符號(hào)，一切#后面的命令均不執(zhí)行，其作用是為了增強(qiáng)程序的可讀性，方便反復(fù)使用時(shí)觀看?！?lt;-”為賦值符號(hào)，相當(dāng)于“=”R語(yǔ)言中常用“

5、<-”，而不是“=”，c()為連接函數(shù)，其內(nèi)部數(shù)據(jù)表示向量，x1<-c()表示用一組數(shù)據(jù)為變量賦值。mean表示均值函數(shù)。,簡(jiǎn)單繪圖,x1 <- c(20,30,40,50,21,32,54,11,22,45);x2 <- c(10,15,23,45,67,42,32,12,34,21);plot(x1,x2)hist(x1),菜單欄介紹,,1、新建R腳本文件：1）可用于輸入R代碼2）直接執(zhí)行代碼

6、2、打開R腳本文件：1）打開后綴為.R的文件3、顯示文件內(nèi)容：1）顯示文件的內(nèi)容，但是不可以進(jìn)行編輯,,4、加載(保存)工作空間：*.RData格式文件，可以保存自己電腦正在運(yùn)行中的環(huán)境(數(shù)據(jù)、代碼、參數(shù)……)5、改變工作目錄：為參數(shù)、圖片、文件等默認(rèn)保存地址。,修改方式：1、直接通過(guò)菜單欄進(jìn)行修改。2、setwd(“D:/space”)或者setwd(“D:\\space”)。獲取工作目錄方式：getwd(),R包

7、的安裝,R包是R語(yǔ)言的功能之根本，我們常用的函數(shù)均源于基礎(chǔ)R包，而且R包還可以自行編寫，功能強(qiáng)大，如果自己做出一個(gè)功能十分強(qiáng)大，而且適用范圍廣泛的R包，還可以發(fā)文章，供大家使用。,安裝方法,1、命令行：install.packages(“R包名字”)，R包識(shí)別大小寫，切勿寫錯(cuò)。2、使用快捷菜單安裝：程序包->安裝程序包->選擇鏡像(隨便選，只是下載站點(diǎn))->選擇安裝的R包。3、從網(wǎng)站下載R包，程序包->從本

8、地zip文件安裝程序包。,,,如果沒(méi)有找到R包怎么辦呢？,這可能是由于R包不存在于默認(rèn)包庫(kù)中，默認(rèn)庫(kù)為CRAN，所以我們可以將庫(kù)設(shè)置為BioCsoftware，設(shè)置位置在程序包菜單欄下面。,,,,Windows下升級(jí)R，但不想重裝packages ？,在其他目錄下安裝R ，再將舊版本保留的library 目錄下的文件拷貝至新版本library 目錄下，然后update.packages() ；或卸載R ，把R 裝到舊的目錄下，然后up

9、date.packages(),包的調(diào)用,通常情況下，R包在安裝完以后不能直接調(diào)用其函數(shù)，需要使用命令library(包名)進(jìn)行調(diào)用，然后在使用其中的命令。,示例,library(mgcv)y <- c(rep(1,10),rep(0,20),rep(1,40),rep(0,10),rep(1,40),rep(0,40))x <- 1:160b <- glm(y~x,family=binomial)par(m

10、frow=c(2,2))qq.gam(b)qq.gam(b,rep=50,level=1),R函數(shù)幫助,help(qq.gam)help(“qq.gam”)？qq.gam輸入以上任意一條命令均可以出現(xiàn)對(duì)該函數(shù)的介紹，其中有示例，我們可以通過(guò)示例進(jìn)行簡(jiǎn)單的函數(shù)操作。,,如何知道目前加載了哪些包？search();如何知道目前安裝了哪些包？.packages(all.available=TRUE),課堂練習(xí),1、下載R3.2

11、.2以及2.15.3并且安裝2、建立R腳本文件，將代碼x1 <- c(50, 49, 45, 40, 45, 46)ave<-mean(x1)寫入文本，并保存成exam1.R并運(yùn)行。3、嘗試修改工作目錄到D盤。4、加載foreign包。5、通過(guò)鏡像下載RODBC包，使用命令行下載survival包(查詢survival包)。,,6、查看qq.gam()的功能并且分析參數(shù)(如果示例中包含其他未知參數(shù)繼續(xù)查)。把q