牙鲆微衛(wèi)星分子標(biāo)記的篩選及多態(tài)性檢測.pdf

1、本文以牙鲆(ParalichthysolivaceusTemmincketSchlegel)為材料，基因組DNA經(jīng)Sau3AⅠ進(jìn)行部分酶切后，選取400～1200bp大小的片段連接到經(jīng)BamHⅠ酶切的pUC19質(zhì)粒中，連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化大腸桿菌DH5α構(gòu)建了牙鲆選擇片段基因組文庫。運(yùn)用菌落雜交的方法，在牙鲆(ParalichthysOlivaceus)的小片段基因組文庫中篩選含有微衛(wèi)星序列的重組陽性克隆。使用(AC)10和(AG)10為探針經(jīng)

2、過兩次雜交后，共獲得了20個(gè)牙鲆的微衛(wèi)星序列，分別位于16個(gè)陽性克隆中，其中完全型13個(gè)，不完全型5個(gè)，復(fù)合型2個(gè)。 利用生物信息學(xué)的方法，使用實(shí)驗(yàn)室自制軟件RepeatReporter1.5對(duì)牙鲆ESTs數(shù)據(jù)庫中的2992條EST序列進(jìn)行了微衛(wèi)星序列的篩選，結(jié)果得到265條含有微衛(wèi)星序列的牙鲆EST序列(標(biāo)準(zhǔn)是：7次以上重復(fù)的雙堿基重復(fù)序列，5次以上重復(fù)的三堿基重復(fù)序列，4次以上重復(fù)的四堿基重復(fù)序列，3次以上重復(fù)的五堿基及六堿

3、基重復(fù))，占整個(gè)ESTs數(shù)據(jù)庫的8.9％。其中雙堿基重復(fù)序列為¨4個(gè)，三堿基重復(fù)序列88個(gè)，分別占微衛(wèi)星序列總數(shù)的43％和33.2％。在發(fā)現(xiàn)的微衛(wèi)星重復(fù)序列中重復(fù)次數(shù)介于3到31之間，在114個(gè)雙堿基重復(fù)中數(shù)量最多的為AC/TG型重復(fù)，占雙堿基重復(fù)總數(shù)的71.7％。在三堿基重復(fù)序列中，除CTT重復(fù)較多，占全部三堿基重復(fù)序列的14.8％外，其余各種類型微衛(wèi)星序列含量較為平均。 在含有微衛(wèi)星的序列中選取了28條設(shè)計(jì)引物，19對(duì)能夠擴(kuò)