基于全基因組關(guān)聯(lián)研究技術(shù)篩選雞產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀相關(guān)候選基因.pdf

1、產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀是雞重要經(jīng)濟(jì)性狀，受飼糧營養(yǎng)和遺傳因子的協(xié)同作用。隨著分子營養(yǎng)研究的逐步深入，探明影響目標(biāo)性狀的關(guān)鍵調(diào)控基因及分子機(jī)制至關(guān)重要。隨著雞高密度SNP分型芯片的出現(xiàn)以及統(tǒng)計(jì)分析方法的日臻成熟，應(yīng)用全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）挖掘和鑒定雞產(chǎn)肉和肉品性狀的功能基因成為可能。
　　試驗(yàn)選用北京油雞公雞和科寶公司的快大型白羽肉雞母雞雜交構(gòu)建了中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院（CAAS）雞F2資源群體。選取資源群體中6個(gè)半同胞家系，共計(jì)400只雞

2、，包括親本14只，F(xiàn)1代19只，F(xiàn)2代公雞184只、母雞183只。在93日齡時(shí)進(jìn)行屠宰，測(cè)定11個(gè)產(chǎn)肉和16個(gè)肉品質(zhì)性狀。使用雞60K SNP分型芯片對(duì)個(gè)體gDNA進(jìn)行基因分型。分型結(jié)果經(jīng)過質(zhì)量控制后，剩余328只F2代個(gè)體和42585個(gè)SNPs。使用廣義的線性模型(GLM)和壓縮的混合線性模型(MLM)對(duì)雞產(chǎn)肉和肉品質(zhì)性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)研究。模型中以群體結(jié)構(gòu)中的第一主成分為協(xié)變量，批次、性別為固定效應(yīng)。在MLM中，親緣全系矩陣為隨機(jī)

3、效應(yīng)。結(jié)果以MLM分析為主，同時(shí)兼顧GLM模型。同時(shí)，選取GWAS中鑒定的基因在高性狀值組和低性狀值組中進(jìn)行表達(dá)驗(yàn)證。結(jié)果表明:
　　(1)本研究鑒定出11個(gè)產(chǎn)肉性狀的64個(gè)SNPs效應(yīng)位點(diǎn)，達(dá)到全基因組顯著或潛在關(guān)聯(lián)水平（P＜2.98×10-6或5.96×10-5）。其中有22個(gè)SNPs效應(yīng)位點(diǎn)在GLM模型中達(dá)到全基因組顯著水平（P＜2.98×10-6）。其中4號(hào)染色體78.11-84.94 Mb(6.83 Mb)區(qū)間內(nèi)7個(gè)SN

4、Ps與多個(gè)產(chǎn)肉性狀關(guān)聯(lián)，區(qū)間內(nèi)涉及到4個(gè)基因，包括SLIT2、QDPR、AFAP1和LRPAP1，它們的功能與產(chǎn)肉性狀密切相關(guān)。此外，WNT信號(hào)通路中翅膀重的候選基因RUVBL1，腿肌重候選基因WNT4;其它染色體上影響多個(gè)產(chǎn)肉性狀的候選基因包括SYT1、WAPALMAPK和EFNA5。
　　(2)本研究發(fā)現(xiàn)33個(gè)SNPs與10個(gè)肉品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)(P＜4×10-4)，這些性狀包括胸肌干物質(zhì)含量、腿肌干物質(zhì)含量、胸肌肌內(nèi)脂肪含量、肉色

5、L*和b*、皮膚顏色L*、a*和b*，腹脂重和腹脂率。其中8個(gè)重要候選基因的功能與肉品質(zhì)性狀密切相關(guān)，包括胸肌肌內(nèi)脂肪含量的候選基因TYRO3和MGST1，胸肌肉色的獲選基因COL1A2，皮膚顏色的候選基因SPINK5，腹脂重和/或腹脂率的候選基因RET、NPPB、SREBF1和LOC431251。
　　(3)4個(gè)胸肌重的候選基因RAB2A、QDPR、EFNA5和OTUD6B在高胸肌重組中顯著下調(diào)表達(dá)(P＜0.01)。肉品質(zhì)性狀的