基于全基因組重測序篩選湖羊四乳頭性狀相關(guān)基因的初步研究.pdf

1、部分綿羊具有四個(gè)或更多的乳頭，但有關(guān)這一性狀的遺傳機(jī)理研究報(bào)道較少。為了探究其遺傳差異，本研究對(duì)四乳頭湖羊基因組進(jìn)行了重測序分析，篩選出與該性狀相關(guān)的候選基因。
　　1、采集四乳頭湖羊（試驗(yàn)組）和兩乳頭湖羊（對(duì)照組）血液樣本，提取血樣DNA進(jìn)行全基因組重測序，測序結(jié)果與綿羊參考基因組（Ovis aries Oar3.1）比對(duì)，結(jié)果表明:
　　(1)使用GATK算法比對(duì)測序結(jié)果，查找湖羊基因組的突變位點(diǎn)。其中在基因編碼區(qū)中，試

2、驗(yàn)組中共有42001個(gè)SNP/InDel位點(diǎn)，對(duì)照組共有50010個(gè)SNP/InDel位點(diǎn)。
　　(2)對(duì)SNP/InDel位點(diǎn)進(jìn)行維恩分析，得到試驗(yàn)組湖羊特有的SNP/InDel位點(diǎn)39個(gè)，提示這些突變位點(diǎn)可能是四乳頭性狀的潛在關(guān)聯(lián)位點(diǎn)。
　　(3)對(duì)試驗(yàn)組特有的39個(gè)SNP/InDel位點(diǎn)進(jìn)行注釋，共計(jì)注釋到21個(gè)基因。并對(duì)這21個(gè)基因進(jìn)行GO富集分析和KEGG通路分析，涉及物質(zhì)代謝、免疫應(yīng)答、細(xì)胞生長、機(jī)體發(fā)育和信號(hào)通

3、路等功能。
　　2、對(duì)湖羊基因組重測序得到試驗(yàn)組中的33個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行了驗(yàn)證，利用Sanger測序法和SNaPshot技術(shù)對(duì)變異位點(diǎn)進(jìn)行SNP分型，結(jié)果表明：
　　(1)與參考基因組對(duì)比，33個(gè)變異位點(diǎn)中，有18個(gè)位點(diǎn)堿基沒有發(fā)生改變，15個(gè)位點(diǎn)發(fā)生了堿基變化。其中ZEB1基因中sheep13-32879407位點(diǎn)和DEPDC7基因中sheep15-61871375位點(diǎn)試驗(yàn)組相比于對(duì)照組存在較高的突變率。sheep13-3

4、2879407G＞C位點(diǎn)在四乳頭樣本中的突變率為91％，在對(duì)照組中的突變率為30％;sheep15-61871375G＞C位點(diǎn)在四乳頭樣本中的突變率為72％，在對(duì)照組中的突變率為29％。
　　(2)對(duì)ZEB1基因的sheep13-32879407G＞C位點(diǎn)與湖羊四乳頭發(fā)育等級(jí)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。在總樣本中，基因型CC和GC分別比基因型GG個(gè)體擁有更高的四乳頭等級(jí)(P＜0.01)。在試驗(yàn)組中，基因型CC和GC分別比基因型GG個(gè)體擁有更高的