應(yīng)用全基因組重測序技術(shù)初步探討瘢痕增生的發(fā)病機(jī)制.pdf

1、目的:應(yīng)用全基因重測序技術(shù)研究瘢痕增生的發(fā)病機(jī)制,以期發(fā)現(xiàn)與瘢痕增生機(jī)制相關(guān)的可能基因和(或)基因間的相互作用。為瘢痕增生類疾病病理機(jī)制闡明、可能的基因途徑預(yù)測及相關(guān)治療藥物研發(fā)提供新的理論基礎(chǔ)。
　　方法:
　　1、研究對象:
　　1)通過流行病學(xué)調(diào)查收集連續(xù)3代及以上瘢痕疙瘩(KD)家系;2)收集散發(fā)瘢痕疙瘩、增生性瘢痕(HS)及正常人群病例。
　　2、應(yīng)用全基因重測序技術(shù)篩選相關(guān)基因
　　1)選取瘢痕

2、疙瘩家系樣本(4例患者,1例正常人)抽取外周血DNA,行全基因組重測序技術(shù);2)通過比對篩選出4例患者共有而未患病者不存在的基因變異或突變;3)通過生物信息學(xué)分析對已篩選基因進(jìn)行GO注釋和信號通路分析,確定與瘢痕增生相關(guān)的可能基因。
　　3、應(yīng)用Sequenome SNP檢測技術(shù)進(jìn)行驗(yàn)證
　　1)散發(fā)人群中,將已篩選出的SNP和INDEL基因的變異位點(diǎn)設(shè)計(jì)合適的引物,利用瘢痕疙瘩人群,增生性瘢痕人群和正常人群樣本進(jìn)行驗(yàn)證。兩

3、兩組間對比分析。
　　2)瘢痕疙瘩家系中,將已篩選SNP和INDEL進(jìn)行驗(yàn)證,以家系中正常人作對照,比對瘢痕疙瘩患者,增生性瘢痕患者中共有突變及差異表達(dá)突變。
　　結(jié)果:
　　1、收集獲得4個(gè)瘢痕疙瘩家系,從其中一個(gè)家系中選取5人進(jìn)行全基因重測序,篩選出與瘢痕增生相關(guān)的25個(gè)SNP,19個(gè)INDEL,2個(gè)SV和15個(gè)CNV;
　　2、經(jīng)過GO注釋和信號通路分析,共有19個(gè)基因與細(xì)胞凋亡、細(xì)胞周期、細(xì)胞表皮形成與分

4、化,細(xì)胞外分泌及細(xì)胞粘附有關(guān)。1)其中5個(gè)CNV分別是GRB7,MAP3K15,MAP4K4,KLF7和NKX2-2;2)2個(gè)SV分別是ZAN和TSPAN8一段168bp的基因倒置;
　　3、Sequenome SNP在散發(fā)人群中的驗(yàn)證結(jié)果:1)與N組比較,ITGB5和ZAN的變異在HS和KD兩組之間有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;2)與HS組比較,KD組HUS1B、SIRT3、MYH8和GPR126基因相應(yīng)位點(diǎn)的變異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
　　4

5、、Sequenome SNP在家系中的驗(yàn)證結(jié)果:1)家系病例中KD患者均伴有COL17A1和SH3RF1的突變;2)家系中HS病例均伴有COL17A1的突變;3)家系中一位5歲兒童伴有COL17A1和SH3RF1的突變但未發(fā)生KD。
　　結(jié)論：
　　1、中國漢族瘢痕疙瘩家系符合常染色體顯性遺傳,伴外顯不完全。
　　2、根據(jù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果我們提出以下結(jié)論
　　1)與瘢痕增生密切相關(guān)是MAP3K15、MAP4K4這兩個(gè)基因