水稻抗白葉枯病基因Xa31(t)的精細(xì)定位及2個(gè)候選基因的比對(duì)分析.pdf

1、水稻是世界上最重要的糧食作物之一,由革蘭氏陰性菌黃單胞桿菌(Xanthomonasoryzaepv.Oryzae,Xoo)引起的白葉枯病是水稻最嚴(yán)重的病害之一。開發(fā)和合理利用抗性品種是控制這些病害最經(jīng)濟(jì)安全的手段。迄今為止,已報(bào)道的抗水稻白葉枯病基因38個(gè)(其中26個(gè)顯性基因,12個(gè)隱性基因)。
　　本實(shí)驗(yàn)室在云南地方品種扎昌龍(ZCL)中發(fā)現(xiàn)一個(gè)新的白葉枯病抗性基因Xa31(t),初定位于水稻4號(hào)染色體C600和G235兩個(gè)RL

2、FP標(biāo)記之間,大約100kb。在此基礎(chǔ)上,本研究對(duì)Xa31(t)進(jìn)一步精細(xì)定位,對(duì)其候選基因進(jìn)行篩選與分析。主要結(jié)果如下:
　　1.根據(jù)白葉枯病抗性基因Xa31(t)前期定位的結(jié)果,以水稻品種日本晴序列為參考序列,分別與9311,廣陸矮,嘉平中4號(hào)染色體C600和G235之間相應(yīng)的序列進(jìn)行BLAST比對(duì)分析,選擇具有多態(tài)性的序列位點(diǎn),用Primer3.0設(shè)計(jì)了128對(duì)引物,篩選出4個(gè)InDel標(biāo)記和2個(gè)SNP標(biāo)記。
　　2.

3、構(gòu)建了含有294株的F2代群體和286株的F3代分離群體(抗病親本ZCL,感病親本IRBB1)等遺傳作圖群體。利用篩選出的4個(gè)InDel標(biāo)記和2個(gè)SNP標(biāo)記進(jìn)一步精細(xì)定位,將白葉枯病抗性基因Xa31(t)限定于分子標(biāo)記NG1與ZC4之間,大約34kb范圍內(nèi)。
　　3.以日本晴基因組序列為參考,用生物信息學(xué)方法,對(duì)白葉枯病抗性基因Xa31(t)所在區(qū)域內(nèi)約34kb序列進(jìn)行分析,預(yù)測(cè)得到2個(gè)功能候選基因。據(jù)此設(shè)計(jì)的引物分別對(duì)感病親本和