胡蘿卜軟腐歐文氏菌黑脛亞種蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè).pdf

1、胡蘿卜軟腐歐文氏菌黑脛亞種(Eca1043)專一性感染馬鈴薯導(dǎo)致其發(fā)病，且造成很大的經(jīng)濟(jì)損失。目前越來越多的研究旨在探究其致病機(jī)制，想從根本上防治該軟腐病。在本研究中，我們運(yùn)用了兩種預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)相互作用的方法（直系同源法和結(jié)構(gòu)域組合法）及一種驗(yàn)證方法（K最近鄰算法），構(gòu)建了胡蘿卜軟腐菌歐文氏菌黑脛亞種(Eca1043)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)。
　　 預(yù)測(cè)得到的胡蘿卜軟腐菌Eca1043PPI網(wǎng)絡(luò)共包含2370個(gè)蛋白

2、質(zhì)及31692對(duì)相互作用。我們從網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)出發(fā)證實(shí)了網(wǎng)絡(luò)具有較高的可靠性。除此之外，我們還對(duì)網(wǎng)絡(luò)的基本屬性以及一些重要子網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行了后續(xù)分析，具體從分泌系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)、鞭毛合成以及趨化系統(tǒng)相關(guān)子網(wǎng)絡(luò)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)著手，對(duì)Eca1043的PPI網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行生物學(xué)功能分析。分析發(fā)現(xiàn)，在胡蘿卜軟腐菌Eca1043中，Ⅱ型分泌系統(tǒng)通過控制重要酶類（蛋白酶和裂解酶）的分泌，直接影響其致病性。除了分泌系統(tǒng)外，我們還發(fā)現(xiàn)鞭毛蛋白FliM和FliN是重要的鞭毛