基于abeemσπ模型能量求解并行處理的研究

1、學位論文獨創(chuàng)性聲明本人承諾：所呈交的學位論文是本人在導師指導下所取得的研究成果。論文中除特別加以標注和致謝的地方外，不包含他人和其他機構(gòu)已經(jīng)撰寫或發(fā)表過的研究成果，其他同志的研究成果對本人的啟示和所提供的幫助，均已在論文中做了明確的聲明并表示謝意。學位論文作者簽名：雕＆三壘學位論文版權(quán)的使用授權(quán)書本學位論文作者完全了解遼寧師范大學有關(guān)保留、使用學位論文的規(guī)定，及學校有權(quán)保留并向國家有關(guān)部門或機構(gòu)送交復印件或磁盤，允許論文被查閱和借閱。本

2、文授權(quán)遼寧師范大學，可以將學位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫并進行檢索，可以采用影印、縮印或掃描等復制手段保存、匯編學位論文，并且本人電子文檔的內(nèi)容和紙質(zhì)論文的內(nèi)容相一致。保密的學位論文在解密后使用本授權(quán)書。學位論文作者簽名：且趣厶蓬指導教師簽名：亟!!盔盤簽名日期：勁【『年占月f0日遼寧師范大學碩士學位論文摘要目前，分子動力學模擬是應用前景最廣泛的計算大型復雜生物體系的方法之一。伴隨著分子力學模擬技術(shù)的的飛速發(fā)展，分子動力學模擬技

3、術(shù)應用在許多生物大分子體系中，如水分子化合物、多肽化合物、多糖等。該技術(shù)使得多種大型復雜生物體系的多種物理化學性質(zhì)在計算時的準確性都有大幅度提升。分子動力學模擬是將這些力場及牛頓運動力學原理通過計算機模擬而發(fā)展起來的一種新興的計算方法。動力學模擬的優(yōu)點在于為模擬環(huán)境中粒子的運動提供正確的理論根據(jù)，并可同時獲得系統(tǒng)的動力學及其它的統(tǒng)計資料；模擬結(jié)果的準確性較高，普遍的適用于多種系統(tǒng)及各種特性的研討中。本文給出了力場中能量求解并行化的設(shè)計和

4、實現(xiàn)方法。其主要工作有：1對ABEEMoTr力場模型中能量求解的串行程序代碼進行分析。ABEEMon生物大分子體系模型力場中能量的求解，即求體系中所有原子、o鍵、孤對電子、Ⅱ鍵位點之間的能量之和。原程序中求解能量項采用串行的嵌套多層迭代來實現(xiàn)，這種方法求解大分子體系的能量作用項時需要很長時間，使研究問題的效率有所降低。2針對大分子體系下能量求解的弊端，提出了針對ABEEMo兀力場模型并行化的處理方案。將MPIOpenMP混合并行方法應用

5、到ABEEMon生物大分子體系力場模型中，并成功地實現(xiàn)了ABEEM07【力場模型中所有能量項的并行求解。3通過分析比較OpenMP的幾種調(diào)度策略，將不同的調(diào)度策略應用到能量求解的并行化程序中。實驗證明，采用不同的調(diào)度策略，程序的并行性能也不相同。成功的找到了一種適合ABEEMo，t生物大分子體系模型力場中能量求解的調(diào)度策略，縮短了并行程序執(zhí)行時間。4引入了IntelThreadChecker線程檢查工具，并對采用MPIOpenMP混合并