胃癌前病灶癌變信息篩查及判癌公式初步建立.pdf

1、浙江大學醫(yī)學院博士學位論文胃癌前病灶癌變信息篩查及判癌公式初步建立姓名：趙淵申請學位級別：博士專業(yè)：內科學（消化系?。┲笇Ы處煟烘∶糁芴烊A20090401浙江大學博士學位論文中文摘要分子信息，在病理形態(tài)學改變前甄別出早期胃癌，是胃癌一級預防研究的根本所在，也將可能為胃癌早期診斷早期治療的實現(xiàn)奠定有效的基礎。本研究收集胃癌、癌前病灶以及近似正常的淺表性胃炎胃粘膜的組織樣本，以及樣本對應患者的臨床資料信息，采用HuamnGenomeU13

2、3plus2寡核苷酸芯片分析技術，檢測了33個胃癌、癌前病灶及淺表性胃炎組織，獲取胃癌與癌前病灶組織的基因表達譜的差異，并通過多種生物信息學方法如SAM(微陣列置信度分析Significanceanalysisofmicroarray)、R語言平臺、SVM(支持向量機Supportvectormachine)留一法等篩選驗證可區(qū)分胃癌及癌前病灶的差異表達基因亞集，通過GENMAPP相關生物學網站及軟件，篩選可能相關的生物學通路，同時采用

3、熒光實時定量PCR、原位雜交等技術對通路中部分膠原基因進一步驗證。此外，我們還將以上基因芯片分析結果信息數(shù)據(jù)綜合，通過Logistic回歸分析，初步建立起胃癌前病灶癌變可能的預測公式，用ROC曲線進行了評估。并將基因芯片基因表達值進行信號轉換后再次推導可能的癌變預測公式，下載NCBIGEO公共數(shù)據(jù)庫中數(shù)據(jù)進行了初步的驗證性判別。通過上述實驗，我們成功地建立起可供研究使用的胃癌以及癌前病灶臨床組織數(shù)據(jù)庫，為臨床胃癌一級預防數(shù)據(jù)庫的建立打下

4、堅實基礎；發(fā)現(xiàn)了可以將胃癌與癌前病灶相區(qū)分的基因亞集并進行了功能注釋；同時發(fā)現(xiàn)了一條與粘附相關的生物學通路，并得到了通路相關的細胞外基質基因亞集以及膠原基因亞集，而這些基因亞集同樣能夠有效地將胃癌與癌前病灶相區(qū)分。而膠原系列的基因表達譜可能成為胃癌潛在的分類器。此外我們還發(fā)現(xiàn)了GS003，這個在病理組織學上仍然為癌前病灶，而基因水平已被分類為胃癌的樣本，它有可能是存在于胃癌前病灶向胃癌轉變過程中重要階段的組織類型，有可能為準確判斷胃癌前