狐貍Agouti基因序列測定及SNPs檢測.pdf

1、為了探明狐貍Agouti基因的序列結(jié)構(gòu)及其對狐貍毛色的調(diào)控機制，本研究通過PCR擴增、測序和染色體步移等技術(shù)獲得了銀黑狐Agouti基因12670bp的序列，其中5' UTR區(qū)、外顯子2、內(nèi)含子2、外顯子3、內(nèi)含子3和外顯子4序列長分別為8022bp、157bp、1251bp、62bp、3098bp和80bp。隨后繼續(xù)利用PCR擴增和直接測序的方法對我國5個狐種58只狐貍的Agouti基因部分序列進(jìn)行了SNPs篩查和單倍型分析。結(jié)果表明

2、，在已測序的58只狐貍中首次發(fā)現(xiàn)6個SNPs(g.269G＞T、g.295C＞T、g.325T＞G、g.518G＞A、g.608C＞A和g.846G＞A)，它們?nèi)看嬖谟趦?nèi)含子2上。狐屬的所有個體（25只）在以上6個位點全部為純合子基因型，依次為GG、CC、TT、GG、CC和GG型，而北極狐屬的所有個體（33只）在這些位點則均為另一種純合子基因型，依次為TT、TT、GG、AA、AA和AA型。6個SNPs形成兩種單倍型:單倍型1(H1:

3、GCTGCG)和單倍型2(H2: TTGAAA)，分布頻率分別為42.1％和57.9％。單倍型1(H1)分布于狐屬3個狐種的所有受試個體中，單倍型2(H2)分布于北極狐屬2個狐種的所有受試個體中。進(jìn)一步分析沒有發(fā)現(xiàn)6個SNPs及其單倍型與毛色的明顯關(guān)聯(lián)性，但推測它們是區(qū)分狐屬和北極狐屬的重要功能位點和重要單倍型。
　　進(jìn)一步用DNAMAN(5.2.9)軟件和在線軟件Neural Network PomoterPrediction等

4、對銀黑狐Agouti基因5'UTR區(qū)進(jìn)行了生物信息學(xué)分析，綜合分析結(jié)果推測銀黑狐Agouti基因啟動子活性區(qū)序列可能是CACACAGCCGCTTAAATAGCAGGTACATCCAGGTGGCCTGACTCCCCTTT，轉(zhuǎn)錄起始位點A在ATG上游-543bp處，并預(yù)測發(fā)現(xiàn)了TATA-box和CAAT-box，但沒有發(fā)現(xiàn)GC-box，該序列還包含Sp1、Ets和NF-1等多個潛在的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點。
　　基于Agouti基因編碼區(qū)序