豬Sirt2、PPARδ、Suv39h1-2基因的SNPs檢測(cè)及性狀關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、分子標(biāo)記輔助選擇(marker assisted selection, MAS)糅合傳統(tǒng)育種方法,在動(dòng)物遺傳育種過(guò)程中得到了廣泛應(yīng)用。這種方法使得豬遺傳改良的進(jìn)程加快,在豬育種工作中占據(jù)愈加重要的作用。尋找并選擇與豬的生產(chǎn)或繁殖性狀相關(guān)的主效基因,是分子標(biāo)記輔助選擇的基礎(chǔ)。本研究選取了 NAD+依賴性去乙酰酶沉默信息調(diào)節(jié)因子-2(NAD+-dependent deacetylase sirtuin-2, Sirt2)、過(guò)氧化物酶體增殖物

2、激活受體δ(Peroxisome proliferator activated receptorsδ, PPARδ)、花斑抑制因子同源物1/2(suppressor of variegation3-9 homolog1/2, Suv39h1/2)個(gè)候選基因進(jìn)行了研究。實(shí)驗(yàn)中,以豬毛囊為試驗(yàn)材料提取了537份長(zhǎng)白豬、50份約克夏基因組DNA,另有實(shí)驗(yàn)室保存的36份杜洛克豬、24份嵊縣花豬和50份嘉興黑豬的基因組DNA,設(shè)計(jì)引物,通過(guò) PC

3、R擴(kuò)增得到各個(gè)基因位于外顯子的部分序列,測(cè)序比對(duì)篩選各基因SNPs并對(duì)其等位基因頻率和基因型頻率以及 Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)做了分析。對(duì)537只長(zhǎng)白豬中得到的SNPs與部分生產(chǎn)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。
　　獲得結(jié)果如下:
　　1. Sirt2基因的表達(dá)產(chǎn)物為一種保守的 NAD+依賴性去乙酰酶沉默信息調(diào)節(jié)因子,試驗(yàn)中于目的片段測(cè)序區(qū)共得到4個(gè)SNPs:59A/C、303A/G、350C/G和488A/G。測(cè)序峰圖顯示每

4、個(gè)SNP處都有三種基因型,分別命名為AA、AB、BB、CC、CD、DD、EE、EF、FF、GG、GH和HH?？ǚ綑z驗(yàn)表明,59A/C和303A/G兩個(gè)基因座均處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài),350C/G、488A/G顯著偏離平衡狀態(tài)。59A/C和303A/G六種基因型與長(zhǎng)白豬生產(chǎn)性狀關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明,AA型個(gè)體初生重顯著高于AB和 BB型個(gè)體(P<0.05);DD型個(gè)體平均日增重極顯著高于 CD型個(gè)體(P<0.01),顯著優(yōu)于

5、CC型個(gè)體(P<0.05)。
　　2. PPARδ基因的表達(dá)產(chǎn)物過(guò)氧化物酶體增殖物激活受體是核激素受體超家族成員,試驗(yàn)中于目的片段測(cè)序區(qū)共得到1個(gè)SNP:69586A/G,測(cè)序峰圖顯示三種基因型,分別命名為II、IJ和JJ。卡方檢驗(yàn)表明,此位點(diǎn)顯著偏離Hardy-Weinberg平衡狀態(tài),性狀關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示,JJ型個(gè)體背膘厚顯著優(yōu)于II、IJ型個(gè)體(P<0.05)。
　　3. Suv39h1基因的表達(dá)產(chǎn)物是組蛋白甲基化轉(zhuǎn)移

6、酶家族的一個(gè)成員,試驗(yàn)中于目的片段測(cè)序區(qū)得到2處SNPs:655A/G、920C/T,測(cè)序峰圖顯示六種基因型,分別命名為 KK、KL、LL、MM、MN和 NN?？ǚ綑z驗(yàn)表明,兩位點(diǎn)均極顯著偏離Hardy-Weinberg平衡狀態(tài),性狀關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示,KK、KL和LL型個(gè)體之間均無(wú)顯著差異;MM型個(gè)體100 kg日齡顯著低于MN、NN型個(gè)體(P<0.05)。
　　4. Suv39h2基因是組蛋白甲基化轉(zhuǎn)移酶家族的一個(gè)成員,試驗(yàn)中目