消化系統(tǒng)腫瘤組織身源鑒定策略探索.pdf

1、組織身源認(rèn)定是當(dāng)前司法鑒定領(lǐng)域中的重要內(nèi)容之一。腫瘤組織中由于STR基因座的變異導(dǎo)致采用似然率進(jìn)行個(gè)體識(shí)別的方法不再適用于腫瘤組織身源鑒定,這就需要對(duì)腫瘤組織身源鑒定提出新的策略。
　　本課題通過(guò)比較69例結(jié)直腸癌和31例胃癌組織與其身源正常組織Identifiler系統(tǒng)15個(gè)STR基因座(ShortTandemRepeatLocus,STR)及Amelogenin性別基因座的分型檢測(cè)結(jié)果,發(fā)現(xiàn)在常見(jiàn)消化系統(tǒng)腫瘤組織中,存在等位基

2、因增加(AdditionalAllele,Aadd)、出現(xiàn)新等位基因(NewAllele,Anew)、完全雜合性丟失(CompleteLostofHeterozygosity,LOH)和部分雜合性丟失(PartialLostofHeterozygosity,pLOH)四種不同的變異類(lèi)型。腫瘤組織中可導(dǎo)致STR基因座基因型改變(STRGenotypicAlteration,STRGA)的變異類(lèi)型包括Aadd、Anew和LOH三種,其總檢出

3、率依次為3.69％(95％CI:2.82％～4.73％)、0.75％(95％CI:0.39％～1.31％)和0.81％(95％CI:0.43％～1.39％)。STRGA變異在消化系統(tǒng)腫瘤組織中的總檢出率為5.25％(95％CI:4.21％～6.46％。從個(gè)體水平看,100例消化系統(tǒng)腫瘤組織中有32例檢出STRGA變異,即至少一個(gè)STR基因座出現(xiàn)STRGA變異的個(gè)體占32.00％(95％CI:23.02％～42.08％)。其中87.5％(

4、95％CI:71.01％～96.49％)的個(gè)體基因型改變的STR基因座數(shù)少于4個(gè)。無(wú)論是STRGA變異的總檢出率,還是個(gè)體水平的檢出率,在結(jié)直腸癌和胃癌組織中均無(wú)顯著差異(P>0.05)。
　　通過(guò)比較STR共有基因座數(shù)(NumberofMatchedSTRLocus)和共有等位基因數(shù)(NumberofIdenticalAllele,Ian)在2003對(duì)無(wú)關(guān)個(gè)體對(duì)、280對(duì)全同胞對(duì)和和先期完成的50對(duì)結(jié)直腸癌-身源組織對(duì)中的分布,

5、采用Fisher判別分析獲得了一組可用于消化系統(tǒng)腫瘤組織身源鑒定的判別分析函數(shù),其對(duì)這50例結(jié)直腸癌的身源誤判率為0.00％(95％CI:0.00％～7.11％)。采用該組函數(shù)進(jìn)行身源鑒定時(shí),對(duì)69例結(jié)直腸癌和31例胃癌組織進(jìn)行身源鑒定時(shí),有4例STRGA變異基因座個(gè)數(shù)≥4的腫瘤組織出現(xiàn)身源誤判,誤判率為4.00％(95％CI:1.10％～9.93％)。根據(jù)上述研究結(jié)果,課題組提出了依據(jù)Identifiler系統(tǒng)分型結(jié)果進(jìn)行消化系統(tǒng)腫瘤

6、組織身源鑒定的判別準(zhǔn)則為:①消化系統(tǒng)腫瘤的手術(shù)(或活檢)及治療等相關(guān)病史的確認(rèn);②檢材為消化系統(tǒng)腫瘤組織的病理診斷;⑧了解結(jié)直腸癌患者直系親屬的情況,尤其是有無(wú)同卵雙胎兄弟或姐妹,必要時(shí)爭(zhēng)取其兄弟或姐妹參與鑒定;④在滿(mǎn)足以上3條準(zhǔn)則的基礎(chǔ)上,如Ian值不小于26(A2值不小于11),則不排除腫瘤組織與參與比對(duì)的正常組織來(lái)自同一個(gè)體。如已明確腫瘤患者無(wú)全同胞或半同胞兄弟姐妹,若Ian值不小于23(A2值不小于8),則不排除腫瘤組織與參與比

7、對(duì)的正常組織來(lái)自同一個(gè)體。
　　結(jié)合Galaxy系統(tǒng)中的人類(lèi)基因組瀏覽器(Genomebrowser)和dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù),按照一定的篩選標(biāo)準(zhǔn),獲得一個(gè)包含837個(gè)插入/缺失多態(tài)性(Insertion/DeletionPolymorphism,InDel)位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù)。通過(guò)引物設(shè)計(jì)最終形成了一個(gè)包含40個(gè)InDel位點(diǎn)和Amelogenin基因座的41重PCR擴(kuò)增體系。采用該系統(tǒng)對(duì)108名中國(guó)漢族無(wú)關(guān)個(gè)體進(jìn)行InDel分型,依據(jù)最低

8、等位基因頻率(MinorAlleleFrequency,MAF)≥0.25的標(biāo)準(zhǔn),確定了35個(gè)InDel位點(diǎn)。這35個(gè)InDel位點(diǎn)在該組無(wú)關(guān)個(gè)體中的頻率分布達(dá)到了遺傳平衡,連鎖不平衡分析表明,位于同一條染色體上的位點(diǎn)互不連鎖。計(jì)算35個(gè)InDel位點(diǎn)的法醫(yī)學(xué)參數(shù)顯示,MAF介于0.273～0.495,期望雜合度(ExpectedHeterozygosity,He)介于0.397～0.500,多態(tài)信息含量(PolymorphismInf

9、ormationContent,PIC)介于0.318～0.375,個(gè)體識(shí)別效能(ProbabilityofDiscriminationPower,PD)介于0.535～0.650,累積個(gè)體識(shí)別率(CumulatedProbabilityofDiscriminationPower,CPD)達(dá)到了0.999999987。采用該多重PCR系統(tǒng)對(duì)100對(duì)腫瘤-身源組織對(duì)進(jìn)行檢測(cè)后發(fā)現(xiàn),腫瘤組織中檢出pLOH和LOH兩種InDel位點(diǎn)變異類(lèi)型,

10、LOH即InDel位點(diǎn)基因型改變(InDelGenotypicAlteration,IDGA)的總檢出率為O.25％(95％CI:0.11％～0.47％),約為STRoA總檢出率的1/21,二者差異顯著(P=2.771×10-33);個(gè)體水平上,IDGA變異的檢出率為7.00％(95％CI:2.86％～13.89％),約為STRGA的1/4.57,二者差異顯著(P=1.056×10-5)。從個(gè)體水平看,InDel和STR兩種遺傳標(biāo)記在消

11、化系統(tǒng)腫瘤中的基因型改變發(fā)生率無(wú)相關(guān)性(P=1.0000)。
　　總之,基于Identifiler系統(tǒng)共有基因座數(shù)和共有等位基因數(shù)的Fisher判別分析函數(shù)是一種可行的、有效的消化系統(tǒng)腫瘤組織身源鑒定方法,其應(yīng)用前提是STRGA變異基因座個(gè)數(shù)不宜超過(guò)3個(gè);聯(lián)合應(yīng)用35個(gè)InDel位點(diǎn)和Amelogenin基因座已獲得與Identifiler系統(tǒng)相似的個(gè)體識(shí)別效能;InDel位點(diǎn)在消化系統(tǒng)腫瘤組織中的遺傳穩(wěn)定性顯著高于Identif