尖孢鐮刀菌西瓜?；头肿訖z測技術(shù)的建立及其效應(yīng)子的初步鑒定.pdf

1、目前，對于西瓜枯萎病的防治主要依靠化學(xué)藥劑，但藥劑殘留嚴(yán)重，危害人類的健康，破壞全球環(huán)境。因此，加快西瓜枯萎病致病機(jī)理的研究是尋找有效防治方法的重要前提。效應(yīng)子基因在病原菌侵染植物過程中起到關(guān)鍵的作用，對效應(yīng)子基因進(jìn)行初步功能研究，有助于在分子水平上了解病原菌的致病機(jī)制，為西瓜枯萎病菌的防治提供理論依據(jù)。
　　本研究主要包括以下幾個(gè)方面：
　　1.在對全基因組測序和重測序的基礎(chǔ)上，基于生物信息學(xué)分析結(jié)果，篩選出115個(gè)西瓜專

2、化型的特異基因組片段。對其中2個(gè)最長的基因組片段設(shè)計(jì)引物，經(jīng)過常規(guī)PCR反應(yīng)，篩選并鑒定出FOW-2F/FOW-2R、FOW-3F/FOW-3R、FOW-4F/FOW-4R和FOW-6F/FOW-6R引物，可快速檢測出西瓜枯萎病菌。結(jié)合西瓜枯萎病菌特異性引物和尖孢鐮刀菌通用引物，設(shè)計(jì)一個(gè)雙重PCR體系，可準(zhǔn)確、快速檢測出FOW；
　　2．在全基因組測序的基礎(chǔ)上，對基因組進(jìn)行組裝和注釋。其中，F(xiàn)OW1的N50達(dá)到了2.16M。通過生

3、物信息學(xué)分析，篩選出FOW1可能的分泌蛋白有137個(gè)。再用BLASTZ對FOW0、FOW1和FOW2進(jìn)行比較基因組分析，鑒定出FOW1可能的效應(yīng)子有27個(gè)。再使用Ka_Ks_Caculator軟件計(jì)算基因組區(qū)域受到的選擇壓力，有7個(gè)受到正選擇壓力的影響；
　　3．利用FOW1美國標(biāo)準(zhǔn)菌株侵染西瓜感病品種，對侵染前、后的植株根部提取RNA,進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。結(jié)合基因組分析和轉(zhuǎn)錄組分析，以及和CS-20、黃瓜和甜瓜的同源基因比較分析，比

4、較培養(yǎng)狀態(tài)下的RNA-seq數(shù)據(jù)，鑒定出14個(gè)差異表達(dá)的基因；
　　4.經(jīng)qRT-PCR驗(yàn)證分析，F(xiàn)OW1A_02929、FOW1A_10400、FOW1A_08150、FOW1A_12121和 FOW1A_05310效應(yīng)子的表達(dá)量明顯上調(diào)，可能是致病效應(yīng)子。
　　綜上所述：本研究利用雙重PCR快速檢測出FOW；通過比較基因組分析，對FOW1的致病相關(guān)蛋白進(jìn)行分析，預(yù)測出候選效應(yīng)子；通過基因組和轉(zhuǎn)錄組分析，預(yù)測出FOW1A候