細(xì)菌分子鑒定專家系統(tǒng)的初步建立.pdf

1、細(xì)菌是一類與我們生活息息相關(guān)的微生物，細(xì)菌出現(xiàn)在大約38億年前，它們極其微小、形態(tài)簡單，在環(huán)境中分布廣泛，包括一些極端環(huán)境。細(xì)菌在生化循環(huán)(碳、氮以及其他礦物質(zhì))、能源轉(zhuǎn)化、生物催化等方面扮演著重要角色，這使得細(xì)菌在新的工業(yè)和生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域成為重要的特殊資源，然而目前我們已知的細(xì)菌種類還很有限，大概有6370多種而已。
　　 細(xì)菌傳統(tǒng)分類的困難在于可以依據(jù)的形態(tài)特征十分有限。這些表型特征在一定程度上反映了細(xì)菌的進(jìn)化過程和現(xiàn)存菌種的

2、親緣關(guān)系。細(xì)菌分類鑒定方法由表型鑒定和分子鑒定構(gòu)成，主要包括細(xì)菌形態(tài)鑒定、生理生化鑒定、蛋白質(zhì)水平鑒定和核酸水平鑒定。核酸序列分析方法包括:DNA堿基序列組成(G+Cmol%)、DNA-DNA雜交、DNA-rRNA雜交、核酸探針、rDNA指紋圖譜、16S rDNA全序列測(cè)定等方法。
　　 本研究主要是將已經(jīng)發(fā)表的細(xì)菌16S rDNA序列信息按照不同種屬、不同菌種進(jìn)行有目標(biāo)性的重新收集，通過利用生物信息學(xué)軟件對(duì)數(shù)據(jù)庫中龐大的細(xì)菌1

3、6S rDNA序列進(jìn)行篩選，初步得到目標(biāo)序列。然后將目標(biāo)序列再次進(jìn)行種屬內(nèi)的種間和種內(nèi)比較，核實(shí)收集過程是否有錯(cuò)誤。通過上述過程證明收集的序列符合收集要求、信息相對(duì)可靠。進(jìn)一步將收集、整理、分析好的細(xì)菌16S rDNA序列形成數(shù)據(jù)庫，以供使用。通過對(duì)數(shù)據(jù)庫中有關(guān)16S rDNA序列信息的限制性酶切位點(diǎn)分析，建立酶切體系，該體系根據(jù)不同種菌株16S rDNA基因酶切位點(diǎn)有無、多少、形成片段大小的不同，鑒定不同屬細(xì)菌的種，區(qū)別于以往的16S