利用單體型進行中國西門塔爾牛全基因組選擇的初步研究.pdf

1、全基因組選擇就是利用覆蓋全基因組范圍內(nèi)的標(biāo)記進行標(biāo)記輔助選擇，結(jié)合表型和該個體的遺傳標(biāo)記信息進行基因組育種值估計，它能夠進行個體早期選擇，縮短世代間隔，降低育種成本。因此，全基因組選擇已經(jīng)成為世界各國育種工作者的研究熱點。利用SNP標(biāo)記進行基因組選擇的前提是假設(shè)SNP與QTL之間存在連鎖不平衡，而SNP間相互獨立，逐一估計每個SNP的效應(yīng)值再進行累加即可得到基因組育種值。但實際上，SNP之間也存在著廣泛的連鎖不平衡。因此，本研究將單體型

2、引入到全基因組選擇中。
　　本研究中選取1141頭來自內(nèi)蒙古烏拉蓋管理區(qū)的中國西門塔爾牛，均使用Illumina BovineHD芯片進行基因分型。利用質(zhì)量控制后的501951個SNPs位點，根據(jù)不同的連鎖不平衡閾值D’≥0.45，D’≥0.55，D’≥0.65，D’≥0.75構(gòu)建肉?；蚪M單體型塊，探索適合中國西門塔爾牛群體的連鎖不平衡閾值。通過單體型塊結(jié)構(gòu)構(gòu)建單體型信息矩陣，利用GBLUP，BayesA和BayesCπ三種方法

3、分別估計宰前活重、胴體重、屠宰率和凈肉率的基因組育種值，比較基于單體型與基于單位點的育種值估計的準(zhǔn)確性。結(jié)果顯示，宰前活重、胴體重和屠宰率三個性狀的結(jié)果呈一定規(guī)律性，對于GBLUP，BayesA和BayesCπ三種模型，均為當(dāng)連鎖不平衡閾值為D’≥0.55時，育種值估計的準(zhǔn)確性最高。而對于凈肉率性狀來說，GBLUP方法利用SNP估計育種值準(zhǔn)確性性最高；BayesA方法在閾值為 D’≥0.55時，育種值估計的準(zhǔn)確性最高；而BayesCπ方