SARS病人肺部組織cDNA文庫的分析.pdf

1、2002年11月,中國廣東出現(xiàn)了一種新的傳染病,嚴重急性呼吸道綜合癥(SARS),疾病迅速向全世界傳播,感染的死亡率約為10％。SARS冠狀病毒(SARS-Coy)被確認為是這種傳染病的病原體。SARS在2003年冬天至2004年春天,出現(xiàn)了第二輪零星的發(fā)病個案。
　　 SARS通過多種因素造成了肺部的損傷,發(fā)病機理十分復(fù)雜。宿主對病源體SARS冠狀病毒的反應(yīng)的分子機制仍然很不清楚。
　　 本研究對一份SARS病人肺部尸

2、檢組織的樣本構(gòu)建了cDNA文庫,并進行詳盡的分析。文庫的構(gòu)建使用隨機引物,測序的10870個克隆可以拼接成270個拼接序列(contig)及7710個單克隆(singleton)。文庫中發(fā)現(xiàn)了SARS冠狀病毒的RNA序列及其他肺炎相關(guān)微生物的序列。
　　 完成拼接的序列通過與人類基因組及核酸數(shù)據(jù)庫的比對,確定了7872個序列來自人類肺部組織,這些序列中,僅有占總數(shù)14.10％的序列與人類蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列具有顯著相似性,36.

3、56％的序列與人類核酸數(shù)據(jù)庫序列具有顯著相似性,其余大部分的序列是全新的轉(zhuǎn)錄本。同時發(fā)現(xiàn),587個序列與非編碼RNA具有顯著的相似性,其中283個序列既能與編碼基因比對得上,又能夠與非編碼轉(zhuǎn)錄本比對得上。這些結(jié)果與當前在哺乳動物基因組研究上的很多觀點一致,如大部分的基因組是轉(zhuǎn)錄的,總RNA中存在著大量的不具有Poly(A)尾巴的轉(zhuǎn)錄本(即poly A-RNA),轉(zhuǎn)錄的情況比原來的認識要復(fù)雜得多等。
　　 通過相似性搜索,本研究表

4、列整理出了文庫中免疫相關(guān)的基因,這有助于了解宿主免疫系統(tǒng)對SARS冠狀病毒感染的反應(yīng)。
　　 本研究從NCBI dbEST數(shù)據(jù)庫中下載了來自腫瘤、胎兒及正常成人等6個人類肺部cDNA文庫,通過基因本體論(GO)的注釋系統(tǒng),將SARS冠狀病毒感染的文庫與這些文庫進行基因表達譜的比較。比較發(fā)現(xiàn),與其他文庫相比,人類內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒(HERV)、突觸相關(guān)蛋白、發(fā)動機蛋白和信號傳導(dǎo)蛋白等的表達在SARS冠狀病毒感染的文庫中較為活躍。

5、r>　　 分析結(jié)果提示,在SARS病人生命最后階段的肺部組織中,SARS冠狀病毒的RNA在轉(zhuǎn)錄本中大量存在,伴隨著好幾種類型的并發(fā)感染,同時,SARS冠狀病毒可能依然活躍地在細胞間傳播。
　　 分析結(jié)果提供了更進一步研究SARS病理學(xué)的基礎(chǔ),提升了當前對于宿主感染SARS冠狀病毒后的反應(yīng)在轉(zhuǎn)錄水平上的認識。另外,這些數(shù)據(jù)對于人類基因組轉(zhuǎn)錄本,特別是對poly A-RNA轉(zhuǎn)錄本是一個有用的補充。
　　 SARS冠狀病毒感